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- PDB-4jjh: Crystal structure of the D1 domain from human Nectin-4 extracellu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jjh
タイトルCrystal structure of the D1 domain from human Nectin-4 extracellular fragment [PSI-NYSGRC-005624]
要素Poliovirus receptor-related protein 4
キーワードCELL ADHESION / Nectin-4 / Ig-like D1 domain / Ig superfamily / IMMUNE SYSTEM / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nectin/Necl trans heterodimerization / Adherens junctions interactions / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / adherens junction / virus receptor activity / receptor ligand activity / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nectin-4 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...Nectin-4 / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. ...Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D. / Celikigil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J. / Patel, H. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the D1 domain of human Nectin-4 extracellular fragment [NYSGRC-005624]
著者: Kumar, P.R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
履歴
登録2013年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 4
B: Poliovirus receptor-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9403
ポリマ－28,8782
非ポリマー621
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Poliovirus receptor-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5012
ポリマ－14,4391
非ポリマー621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Poliovirus receptor-related protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4391
ポリマ－14,4391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.193, 35.193, 205.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 4 / Ig superfamily receptor LNIR / Nectin-4 / Processed poliovirus receptor-related protein 4


分子量: 14439.062 Da / 分子数: 2 / 断片: D1 domain (UNP residues 32-153) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNIR, Nectin-4, PRR4, PVRL4 / プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96NY8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.1M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl, pH 6.5); Cryoprotection (Reservoir + final concentration of 20%(v/v) Ethylene ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.1M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl, pH 6.5); Cryoprotection (Reservoir + final concentration of 20%(v/v) Ethylene glycol), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 11848 / Num. obs: 11529 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.299.50.2625850.8421100
2.29-2.33100.2736000.8541100
2.33-2.389.90.2625940.8331100
2.38-2.42100.2415540.9051100
2.42-2.48100.2036250.9121100
2.48-2.539.90.1826000.9971100
2.53-2.69.90.1665611.0331100
2.6-2.679.90.1545811.0191100
2.67-2.759.70.136091.1331100
2.75-2.839.40.1095561.1721100
2.83-2.949.40.0986421.21100
2.94-3.059.10.0825471.205199.8
3.05-3.1990.0796171.2381100
3.19-3.368.40.0675741.231199.8
3.36-3.577.90.0615791.158196.3
3.57-3.857.80.0585601.114194.8
3.85-4.236.80.0545141.071188
4.23-4.856.40.0534711.011178.1
4.85-6.17.70.0515660.95194.3
6.1-508.30.0535940.984196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FRW

4frw


解像度: 2.25→35.193 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.754 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 31.56 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2921 541 4.72 %RANDOM
Rwork0.2222 ---
obs0.2257 11454 97.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.53 Å2 / Biso mean: 31.2146 Å2 / Biso min: 9.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→35.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 4 1 1727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4882400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.216659
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2529-2.47880.3011250.25512805293096
2.4788-2.83560.28781470.24632740288795
2.8356-3.56570.32081400.23362800294094
3.5657-15.69310.27661280.19072520264886
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60440.6878-0.60240.3371-0.41221.9620.1437-0.03850.017-0.3051-0.1328-0.02950.12910.3278-0.09470.36750.05930.04030.1034-0.00930.146410.83816.85438.8493
20.94950.37430.20472.4122-0.43641.65640.15560.20110.3479-0.406-0.0390.2041-0.2627-0.0859-0.09560.2871-0.02910.06080.1693-0.0180.13824.424230.11138.3973
32.0956-0.3116-0.50761.1282-0.08572.25140.335-0.30840.25720.0141-0.1546-0.0131-0.21770.3006-0.09580.2018-0.03950.01480.112-0.01270.15329.119324.095115.6561
40.7936-0.29340.08921.5272-0.89171.560.12920.0041-0.0649-0.5916-0.01610.22130.060.04420.33480.33150.0301-0.07950.21890.00630.03383.295415.88739.3497
50.94050.85921.30061.2080.81452.12-0.0312-0.51230.01820.1830.153-0.1276-0.3007-0.0872-0.050.27510.0298-0.01060.3067-0.07860.139616.787410.923134.0479
62.547-0.8312-0.23590.8658-0.36032.15790.0018-0.2065-0.5370.26320.1527-0.1516-0.16480.2274-0.09150.13550.02180.00570.3006-0.0070.116929.75094.766233.9077
71.93530.3840.38941.31980.08551.5667-0.44560.0550.04860.03580.40620.0562-0.18090.44110.06720.18890.0298-0.00550.203-0.04550.135123.05079.68326.7705
80.90030.81320.61971.16780.53581.508-0.0081-0.4351-0.24050.0799-0.107-0.09850.0228-0.09460.19080.1961-0.01930.08710.35840.05980.097515.68693.756232.7558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 60 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 93)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 120 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 153 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 36 through 60 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 61 through 93 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 94 through 120 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 121 through 153 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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