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- PDB-4jiv: VCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jiv
タイトルVCA0105 PAAR-repeat protein from Vibrio cholerae in complex with a VgrG-like beta-helix that is based on a fragment of T4 gp5
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • Tail-associated lysozyme
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / PAAR-repeat motif / membrane piercing / type VI secretion system / Vibrio cholerae VgrG2 / cell puncturing device / beta-helix / T4 gp5 / VgrG tip / T6SS spike / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #60 / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Gp5, C-terminal / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / PAAR motif / PAAR motif / Tumour Suppressor Smad4 / : ...Tumour Suppressor Smad4 - #60 / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Gp5, C-terminal / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / PAAR motif / PAAR motif / Tumour Suppressor Smad4 / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-OCTADECENOIC ACID / PALMITIC ACID / STEARIC ACID / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Buth, S.A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: PAAR-repeat proteins sharpen and diversify the type VI secretion system spike.
著者: Shneider, M.M. / Buth, S.A. / Ho, B.T. / Basler, M. / Mekalanos, J.J. / Leiman, P.G.
履歴
登録2013年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail-associated lysozyme
B: Tail-associated lysozyme
C: Tail-associated lysozyme
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5519
ポリマ－38,6384
非ポリマー9135
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24940 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.703, 113.703, 76.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

21A-820-

HOH

31B-745-

HOH

41B-759-

HOH

51C-809-

HOH

61C-812-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tail-associated lysozyme / Protein Gp5 / Gp5* / Gp5C


分子量: 9847.715 Da / 分子数: 3 / 断片: gp5G484, UNP RESIDUES 484-575 / 変異: T566H, D568V, R571A, D573N, I574L, G575N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 5 / プラスミド: pEEva2, a pET-23a derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P16009, lysozyme
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein / VCA0105


分子量: 9095.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_A0105 / プラスミド: pATE, a pACYCDuet-1 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9KN60

-
非ポリマー , 6種, 458分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#6: 化合物 ChemComp-ELA / 9-OCTADECENOIC ACID / エライジン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 13-15% PEG 2000, 100mM NaAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→80.4 Å / Num. all: 75604 / Num. obs: 75505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.97
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / Num. unique all: 12269 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.903→80.4 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 3781 5.01 %RANDOM
Rwork0.1636 ---
all0.1657 75604 --
obs0.1657 75476 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→80.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2667 0 60 453 3180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9954108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7091096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003548
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9033-1.92740.22881340.2285259497
1.9274-1.95280.21011410.21832672100
1.9528-1.97950.23791410.21722666100
1.9795-2.00780.26841330.20932635100
2.0078-2.03780.23281400.20222659100
2.0378-2.06960.21691380.19482655100
2.0696-2.10360.22731440.20322674100
2.1036-2.13980.27381430.1982665100
2.1398-2.17880.21181400.19392659100
2.1788-2.22070.26671360.17562628100
2.2207-2.2660.19151410.17872669100
2.266-2.31530.19921400.18012676100
2.3153-2.36910.19321370.17562652100
2.3691-2.42840.22041370.17642640100
2.4284-2.49410.23391460.19392659100
2.4941-2.56740.21611410.18182636100
2.5674-2.65030.25171440.18612678100
2.6503-2.74510.25891400.18132669100
2.7451-2.8550.23971370.17652667100
2.855-2.98490.2541440.17842656100
2.9849-3.14230.17731370.16952624100
3.1423-3.33920.20741450.16052686100
3.3392-3.5970.20181400.1372631100
3.597-3.95890.2021460.13262661100
3.9589-4.53180.17321420.13152653100
4.5318-5.70930.16451370.13072674100
5.7093-80.4720.19981370.16892657100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.68823.4922-2.17667.8547-0.92824.3750.1628-0.18620.5342-0.34330.164-0.2034-0.44190.2879-0.24150.4299-0.02430.0680.3361-0.01940.4678118.688-11.96934.5512
22.06020.6788-1.00891.9189-0.17971.11540.10020.01610.0194-0.42330.00620.4364-0.2118-0.193-0.2330.33560.0789-0.03790.33250.00520.3592104.4216-19.147832.6053
35.17583.3074-5.31693.0021-3.31885.6221-0.19910.48570.0611-0.80940.21050.1390.0901-0.16560.02580.86830.0236-0.03830.30090.08690.3086109.7477-17.299314.6207
42.4704-1.3025-0.58471.0466-0.51352.05420.1341-0.11830.1668-0.29240.1314-0.4785-0.41220.39430.08260.436-0.08330.13690.15860.01480.4218125.2172-19.129623.5421
52.03850.3866-0.63710.74520.16232.3197-0.05850.0490.2202-0.58890.05760.03420.0630.02090.05460.4350.0172-0.0350.22180.03640.2474112.6176-31.079122.9011
60.2778-0.1436-0.05651.0425-0.62041.3979-0.2126-0.0120.0128-0.99510.1417-0.6790.1777-0.03190.0510.5577-0.03070.1550.2678-0.01970.5038126.9685-34.228420.2674
72.20810.1516-0.24393.0122-0.66525.09870.1042-0.0055-0.1515-0.51910.0656-0.27650.0888-0.0033-0.09240.35210.00850.04520.1962-0.00930.2197117.1012-44.894324.7788
81.9597-0.1551-0.76270.0644-0.01790.397-0.03610.2760.0242-0.66310.01-0.19340.0693-0.0387-0.12820.9681-0.00930.22980.2302-0.00920.1937123.4672-44.71459.8497
90.7386-0.2315-0.08190.09520.0290.0154-0.01140.0963-0.0021-1.01140.2276-0.7217-0.17520.206-0.02420.6497-0.02940.25720.2307-0.04210.4265126.146-56.21616.6088
103.48210.52790.06011.9261.8134.6049-0.43580.27280.3959-0.45010.68450.3377-0.3078-0.5321-0.12581.04880.01830.09960.47910.10250.5515115.147-8.712816.8512
113.51460.9014-0.84052.9684-0.21722.91890.3229-0.2067-0.0737-0.0866-0.0345-0.4927-0.41890.3307-0.35370.29890.00740.05820.1956-0.0150.2925116.5295-16.814531.9868
123.27390.5508-2.60090.1048-0.51447.0784-0.06420.35250.2235-0.98750.040.1708-0.4608-0.27080.050.59010.0023-0.08250.25490.05490.2998109.2348-23.330818.49
134.3893-0.52764.26030.77010.19744.93190.10390.46430.5945-0.34970.0497-0.193-0.40430.3958-0.13110.5596-0.05070.14540.28520.02210.424125.2134-22.246919.0157
146.73953.4853-2.74592.5987-1.5851.55360.2294-0.11230.0186-0.25750.075-0.4549-0.05040.1456-0.35650.2802-0.01050.07070.2544-0.01740.3921122.4288-30.820329.5605
152.78380.3693-0.71030.5407-0.59111.4633-0.1144-0.1615-0.0446-0.9355-0.1445-0.07620.02670.1514-0.53780.6717-0.03980.05890.16120.02990.2438117.2159-36.320817.4645
164.08872.9161-1.36042.5838-1.83572.54030.0551-0.374-0.1056-0.3398-0.0083-0.9156-0.12670.2818-0.15510.388-0.01330.16420.2385-0.07330.3992127.0991-42.935924.7068
170.5160.2882-1.42020.5886-0.46244.16790.16190.4350.0578-1.15210.293-0.4219-0.2044-0.30172.29480.8389-0.01150.280.20640.01750.0508120.6625-49.804913.2408
180.7782-0.41420.43930.39730.37482.41020.33780.00350.1351-0.50560.1899-0.8821-0.0890.35180.38070.5732-0.01280.28340.229-0.06710.5129129.6287-57.775418.0233
194.50972.8585-4.15766.9701-1.37465.9530.28960.02540.0392-0.98750.10060.2568-0.5083-0.3932-0.3640.65660.2091-0.21450.48250.03260.7141102.1033-15.722527.9911
201.50730.7405-2.53242.295-0.79984.45990.2290.52010.2413-1.25240.10990.7803-0.9114-0.2015-0.30840.86230.0206-0.01260.32080.13170.4426113.6376-13.209616.7919
210.11420.1718-0.12970.4028-0.38130.40880.058-0.0256-0.0918-0.10360.0081-0.4351-0.16630.1756-0.07570.3206-0.04450.05630.2594-0.00850.3896121.7758-18.643429.7049
222.73590.4629-2.12792.9411-1.97482.690.20690.0072-0.0056-0.65270.10780.4909-0.131-0.3643-0.26950.3356-0.0066-0.04820.22760.02660.2775108.0271-28.379325.5181
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250.3074-0.0907-0.31080.3012-0.28451.17550.12720.2539-0.0018-0.97330.0593-0.4395-0.0531-0.1020.03690.6313-0.02250.18540.189-0.02790.3419122.6452-41.968517.8094
261.7391-0.8351-0.03950.65140.02737.1058-0.0204-0.0808-0.0426-0.61410.3297-0.2786-0.19180.4112-0.08430.5971-0.0140.09030.1928-0.03160.3064120.4535-53.165620.0371
270.23370.08280.18760.9201-0.02210.16860.08880.0890.0761-0.74460.1057-0.6737-0.3220.12780.27510.85170.00340.35870.3296-0.04590.5033130.3122-55.95810.9466
281.08670.01150.48870.79960.33781.35560.24090.1679-0.1127-0.40660.1111-0.5824-0.0710.14840.21210.93090.10060.35340.0621-0.19630.4187132.4544-80.17947.8015
292.47870.41991.98250.98251.07272.21060.1931-0.2461-0.1663-0.1704-0.0065-0.1028-0.0525-0.4394-0.06390.70560.00630.15320.2899-0.00910.3991124.489-68.117615.9249
300.5196-0.4857-0.22771.55680.84830.82110.1245-0.11220.1433-0.12710.1392-0.6165-0.03170.2233-0.20860.6260.02250.12750.2668-0.06650.4841133.813-81.346712.4373
311.76721.41581.27582.45682.16741.9278-0.1596-0.13440.20830.38510.218-0.3608-0.43560.06280.12660.5720.02950.01710.3194-0.06450.5248141.441-95.57488.7953
320.3754-0.09230.22750.41670.22650.33220.1659-0.04180.5180.10560.1714-0.5337-0.07890.11450.19880.7299-0.02330.41250.2241-0.20750.9096138.6712-70.944412.5375
330.61610.1890.11490.87230.68860.53250.0828-0.09030.0582-0.27560.2752-0.61750.10970.11060.40780.84330.02540.44730.1537-0.15810.702138.259-73.50319.8806
342.9969-1.08030.66911.71371.42062.2380.53570.35130.1843-0.7406-0.1301-0.32-0.41760.1541-0.0411.14930.06810.33640.3056-0.06240.4318129.7862-68.44855.0238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 483:488)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 489:495)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 496:501)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 502:510)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 511:525)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 526:536)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 537:544)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 545:553)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 554:575)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 483:488)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 489:500)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 501:510)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 511:515)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 516:522)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 523:537)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 538:548)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 549:560)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 561:575)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN C AND RESID 483:488)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN C AND RESID 489:496)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN C AND RESID 497:506)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN C AND RESID 507:514)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN C AND RESID 515:522)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN C AND RESID 523:530)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN C AND RESID 531:552)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN C AND RESID 553:562)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN C AND RESID 563:575)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN D AND RESID 2:27)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN D AND RESID 28:32)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN D AND RESID 33:49)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN D AND RESID 50:54)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN D AND RESID 55:67)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN D AND RESID 68:84)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN D AND RESID 85:94)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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