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- PDB-4jig: Crystal structure of a putative dehydrogenase from Burkholderia c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jig
タイトルCrystal structure of a putative dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
要素Dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / National Institute for Allergy and Infectious Disease / NADP-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Putative dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2013年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0514
ポリマ－26,8411
非ポリマー2103
水2,738152
1
A: Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,20616
ポリマ－107,3654
非ポリマー84112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area14250 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.890, 102.810, 123.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Dehydrogenase


分子量: 26841.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / 遺伝子: BCAL2369, BceJ2315_23290 / プラスミド: pBG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E5P7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: BuceA.00010.a.B1 PS01733 at 22.8 mg/mL against JCSG+ screen condition D11, 140 mM CaCl2, 70 mM NaOAc pH 4.6, 14% isopropanol, 30% glycerol, crystal tracking ID 242030d11, unique puck ID smk5- ...詳細: BuceA.00010.a.B1 PS01733 at 22.8 mg/mL against JCSG+ screen condition D11, 140 mM CaCl2, 70 mM NaOAc pH 4.6, 14% isopropanol, 30% glycerol, crystal tracking ID 242030d11, unique puck ID smk5-3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 20185 / Num. obs: 20122 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 27.516 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.58
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.85-1.90.4953.326566146199.5
1.9-1.950.4193.796448144699.7
1.95-2.010.3025.396232138699.6
2.01-2.070.2576.146044134999.9
2.07-2.140.217.55870130899.7
2.14-2.210.1579.975748127799.9
2.21-2.290.13411.275520123599.9
2.29-2.390.11512.715364119699.8
2.39-2.490.10314.2650891136100
2.49-2.620.08317.34918108899.9
2.62-2.760.06819.894754105799.9
2.76-2.930.05624.024319965100
2.93-3.130.04528.874204938100
3.13-3.380.03634.923864870100
3.38-3.70.02743.23353881199.8
3.7-4.140.02450.943127718100
4.14-4.780.0256.52281065799.4
4.78-5.850.02153.192442550100
5.85-8.270.01957.53189743799.5
8.270.01668.9895323790.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.74 Å
Translation3 Å19.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IQG

4iqg


解像度: 1.85→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1733 / WRfactor Rwork: 0.1336 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8819 / SU B: 5.331 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1131 / SU Rfree: 0.1168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1986 1021 5.1 %RANDOM
Rwork0.1503 ---
obs0.1526 20060 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.48 Å2 / Biso mean: 25.6368 Å2 / Biso min: 13.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.74 Å20 Å2-0 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 14 152 1838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.9712334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83533794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6175241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0922.46265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18115251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5571519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3791.98954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3491.977951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0222.9521188
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 92 -
Rwork0.182 1297 -
all-1389 -
obs--95.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.7661 Å / Origin y: 10.3567 Å / Origin z: 15.4962 Å
111213212223313233
T0.0439 Å2-0.0205 Å20.0214 Å2-0.032 Å2-0.0138 Å2--0.0252 Å2
L0.1255 °2-0.0444 °2-0.0756 °2-0.3228 °20.0657 °2--0.2799 °2
S-0.0456 Å °0.043 Å °-0.009 Å °-0.0248 Å °0.0226 Å °0.0036 Å °0.0775 Å °0.0128 Å °0.0229 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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