[日本語] English
万見
- PDB-4jhm: Crystal structure of a putative mandelate racemase/muconate lacto... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhm
タイトルCrystal structure of a putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Pseudovibrio sp.
要素Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
キーワードISOMERASE / mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme / structural genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudovibrio sp. JE062 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hegde, R.P. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Ramagopal, U.A. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Pseudovibrio sp.
著者: Hegde, R.P. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Ramagopal, U.A. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Other
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
D: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
E: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
F: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
G: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein
H: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,7718
ポリマ－350,7718
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29040 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area90730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.793, 117.313, 143.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain protein


分子量: 43846.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudovibrio sp. JE062 (バクテリア)
株: JE062 / 遺伝子: PJE062_89, PJE062_892 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6R2Z8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 8000, 100mM Imidazole/Hydrochloric acid pH 8.0, 200mM sodium chloride, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→55.536 Å / Num. all: 77549 / Num. obs: 77549 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.8-2.953.40.379236558107980.37992.5
2.95-3.133.50.2672.836179104810.26794.1
3.13-3.353.50.1754.33505999600.17595.1
3.35-3.613.60.1255.83367994080.12596.9
3.61-3.963.70.097.73256988150.0998.1
3.96-4.433.90.0749.23078479700.07498.5
4.43-5.113.90.067102779170660.06798.1
5.11-6.263.70.0778.72214959620.07797.9
6.26-8.8540.0758.71830745550.07596.1
8.85-55.5364.10.0758.61030625340.07596.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SJN

3sjn


解像度: 2.8→39.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.2536 / WRfactor Rwork: 0.1931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.816 / SU B: 36.225 / SU ML: 0.316 / SU R Cruickshank DPI: 0.3102 / SU Rfree: 0.4034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3989 5 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1971 75912 98.57 %-
all-75912 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.45 Å2 / Biso mean: 85.245 Å2 / Biso min: 24.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23530 0 0 8 23538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01924162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0221987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.831.95432863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.581350671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16252994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81324.7681143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.909153565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6981591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.23556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02127717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0125.07311992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0125.07311991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5547.60914976
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 292 -
Rwork0.277 5427 -
all-5719 -
obs--96.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9001-0.25840.00022.3446-0.45461.4328-0.0677-0.1699-0.19710.4284-0.0948-0.3072-0.06140.48430.16240.1251-0.0765-0.09520.32840.12780.196362.768-14.882664.6301
20.56830.1022-0.3131.4386-0.60011.7466-0.11880.0344-0.1788-0.1528-0.1083-0.10840.56790.17310.22710.2855-0.02240.11440.0884-0.04510.20544.3648-35.066845.7878
30.70290.2888-0.1262.3168-0.30051.7137-0.00180.073-0.0360.160.04050.5933-0.145-0.5734-0.03870.097-0.05920.07240.3363-0.06640.409615.6568-11.358554.6489
41.5536-0.1376-0.06081.0434-0.43791.2060.05270.273-0.2014-0.3790.04530.60870.1076-0.6332-0.0980.198-0.0535-0.24760.4848-0.08210.452812.8611-7.247421.8135
51.099-0.20460.22391.3775-0.65781.676-0.04330.12760.32-0.0230.07340.3155-0.778-0.3536-0.03020.50890.1592-0.07270.13290.01970.273824.132628.625728.6328
60.77840.0786-0.05662.2862-0.45911.14730.03890.29740.0613-0.5237-0.0674-0.0767-0.4710.04470.02850.6677-0.13950.02440.27420.05870.034848.962721.79448.0934
71.65750.218-0.65151.0956-0.1141.71780.0949-0.03830.1266-0.0444-0.0846-0.3692-0.51470.49-0.01020.431-0.3874-0.00830.36750.06960.333871.189225.006138.9352
81.27730.23450.01921.1745-0.02770.7011-0.04810.1554-0.1468-0.2465-0.0716-0.6615-0.10880.62270.11960.0916-0.13070.13580.67120.08250.488280.4075-5.976331.9384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 376
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 376
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 376
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 376
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 375

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る