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- PDB-4jhg: Crystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhg
タイトルCrystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in complex with trans-zeatin
要素MtN13 protein
キーワードPLANT PROTEIN / PR-10 FOLD / nodulin / nodulation / legume-bacteria symbiosis / nitrogen fixation / CYTOKININ BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nodulation / cytokinin-activated signaling pathway / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / Nodulin-13
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Tusnio, K. / Ciesielska, A. / Brzezinski, K. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2013
タイトル: Structural and functional aspects of PR-10 proteins.
著者: Fernandes, H. / Michalska, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Lupinus luteus pathogenesis-related protein as a reservoir for cytokinin.
著者: Fernandes, H. / Pasternak, O. / Bujacz, G. / Bujacz, A. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Cytokinin-induced structural adaptability of a Lupinus luteus PR-10 protein.
著者: Fernandes, H. / Bujacz, A. / Bujacz, G. / Jelen, F. / Jasinski, M. / Kachlicki, P. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Vigna radiata cytokinin-specific binding protein in complex with zeatin.
著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Mol.Plant Microbe Interact. / 年: 1998
タイトル: Symbiosis-specific expression of two Medicago truncatula nodulin genes, MtN1 and MtN13, encoding products homologous to plant defense proteins.
著者: Gamas, P. / de Billy, F. / Truchet, G.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年3月20日ID: 3RWS
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MtN13 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1636
ポリマ－18,7731
非ポリマー3905
水2,180121
1
A: MtN13 protein
ヘテロ分子

A: MtN13 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,32712
ポリマ－37,5462
非ポリマー78110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area4590 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.110, 96.110, 113.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 MtN13 protein


分子量: 18773.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MtN13 / プラスミド: PET TOPO 151D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: P93330
#2: 化合物 ChemComp-ZEA / (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / TRANS-ZEATIN / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン


分子量: 219.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.9 M SODIUM MALONATE, 200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, protein was incubated overnight with trans-zeatin prior to crystallization, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 26897 / Num. obs: 26831 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.092 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.928.90.9812.126271.118100
1.92-1.9910.40.8043.726261.106100
1.99-2.0810.80.525.726411.117100
2.08-2.1910.80.3738.326431.129100
2.19-2.3310.90.24512.426451.119100
2.33-2.5110.80.18315.426801100
2.51-2.7610.80.12421.126740.984100
2.76-3.1610.80.07430.627000.943100
3.16-3.9810.60.06635.227451.26199.9
3.98-309.90.03552.629161.14999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2qim

2qim


解像度: 1.85→24.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: R-free / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 1349 5.03 %random
Rwork0.182 ---
obs0.1837 26803 99.72 %-
all-26831 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.28 Å2 / Biso mean: 47.6 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 26 121 1429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5781861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.988516
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.920.27911230.2532482260599
1.92-20.23931140.224424972611100
2-2.090.24691280.207325002628100
2.09-2.20.20191490.189424852634100
2.2-2.330.22081360.187825032639100
2.33-2.510.26071450.190325232668100
2.51-2.770.25351450.206925272672100
2.77-3.170.24491410.19925552696100
3.17-3.990.18151280.162826192747100
3.99-24.920.19311400.164427632903100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9787-2.73314.02913.747-1.24515.2407-0.1671-0.0482-0.05140.26930.1541-0.204-0.0655-0.0202-0.00220.31710.00560.01470.1414-0.02890.319344.38362.59448.102
25.27641.1664-2.42288.79332.55224.0054-0.17540.47740.0582-0.73930.18380.6132-0.7763-0.4610.02980.45820.1868-0.14210.4380.02570.435526.499819.6073-1.0304
32.7271-1.4368-1.79313.662.39785.1657-0.0593-0.03950.2302-0.11810.11540.0652-0.5594-0.2488-0.08450.42680.122-0.01960.23570.03240.28337.457523.19515.89
48.28071.28563.45183.73091.89745.3328-0.3532-0.0982-0.0720.03940.23650.2143-0.3296-0.09890.07920.26940.06980.05580.12250.03970.215840.948311.99265.5839
50.04150.38320.07263.84330.95891.0591-0.2137-0.1168-0.4792-0.2080.1380.7077-0.2831-0.54730.0650.28690.0221-0.00090.35870.03850.432131.95.62561.7274
68.1938-4.0523.71414.8301-2.14523.4102-0.12340.23080.04290.4036-0.11020.0337-0.07960.05150.2430.48430.0667-0.00070.3654-0.06460.369232.326811.593110.5159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID -4:12 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 13:34 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 35:74 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 75:106 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 107:122 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 123:158 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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