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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jhb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F | ||||||
要素 | Transcription factor RelB | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / intertwined dimer / non-canonical side-by side dimer / transcription factor (転写因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / T-helper 1 type immune response / non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation ...T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / T-helper 1 type immune response / non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / response to cytokine / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 自然免疫系 / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / シナプス / クロマチン / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, D.B. / Vu, D. / Ghosh, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F 著者: Huang, D.B. / Vu, D. / Ghosh, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jhb.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jhb.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jhb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jhb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zk9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12418.055 Da / 分子数: 1 / 断片: Dimerization domain / 変異: Y300F, I335F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Relb / 参照: UniProt: Q04863 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 6185 / Num. obs: 5543 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1zk9 解像度: 2.44→28.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 348568.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3414 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→28.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.44→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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