PDB-4jgx: The Structure of Sterol Carrier Protein 2 from the Yeast Yarrowia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jgx

タイトル

The Structure of Sterol Carrier Protein 2 from the Yeast Yarrowia Lipolytica

要素

Fatty acid-binding protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / non specific lipid transfer / long chain fatty acids and CoA esters

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Yarrowia lipolytica (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

De Berti, F.P. / Capaldi, S. / Acierno, J.P. / Klinke, S. / Monaco, H.L. / Ermacora, M.R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of sterol carrier protein 2 from Yarrowia lipolytica and the evolutionary conservation of a large, non-specific lipid-binding cavity.
著者: De Berti, F.P. / Capaldi, S. / Ferreyra, R. / Burgardt, N. / Acierno, J.P. / Klinke, S. / Monaco, H.L. / Ermacora, M.R.

履歴

登録	2013年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jgx.cif.gz	109.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jgx.ent.gz	85.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/4jgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iktS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bwo-d 4o8z-d 3tub-d 5d7n-3 7avx-2 6sgh-d 2qoo-d 4bn5-1 6tg1-2 3eci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein

B: Fatty acid-binding protein

ヘテロ分子

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.350, 67.350, 117.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein / Sterol carrier protein 2 / YLSCP2 分子量: 14055.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 株: CX-121-1B / 遺伝子: SCP2, YALI0E01298g / プラスミド: pET9b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80547
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.4M SODIUM CITRATE, 100MM HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.19 Å / Num. all: 16154 / Num. obs: 16152 / % possible obs: 99.93 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.2→2.257 Å / Num. unique all: 989 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ikt

1ikt

解像度: 2.2→29.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 10.454 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21714	812	5 %	RANDOM
R_work	0.18661	-	-	-
all	0.18815	15338	-	-
obs	0.18815	15338	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.608 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	-0.42 Å²	0 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1883	0	62	75	2020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.277	1.992	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.446	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.113	27.073	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.823	15	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.33	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	59	-
R_work	0.208	989	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6219	-0.837	0.7095	3.4952	-0.7473	1.1105	-0.0758	-0.2373	0.0109	0.2438	0.1242	0.116	-0.153	-0.0747	-0.0484	0.0599	0.0071	0.0195	0.0556	0.0228	0.0426	39.6521	-10.772	22.5667
2	5.4693	0.7663	-0.5346	1.3254	0.372	1.3095	-0.0034	-0.0243	0.0336	0.0913	0.0274	-0.0202	0.12	0.0671	-0.0241	0.02	0.0287	0.0078	0.1267	-0.0044	0.0531	33.6553	-29.0524	41.3001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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