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万見
- PDB-4jgw: The conformation of a docking site for SH3 domains is pre-selecte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jgw
タイトルThe conformation of a docking site for SH3 domains is pre-selected in the Guanine Nucleotide Exchange Factor Rlf
要素Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / REM-domain / CDC25-homology domain / Guanine Nucleotide Exchange Factor / small G-protein binding / SH3 domain binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Ral protein signal transduction / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rehmann, H. / Popovic, M. / Jakobi, A.J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: The guanine nucleotide exchange factor Rlf interacts with SH3 domain-containing proteins via a binding site with a preselected conformation.
著者: Popovic, M. / Jakobi, A.J. / Rensen-de Leeuw, M. / Rehmann, H.
履歴
登録2013年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2282
ポリマ－104,2282
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1141
ポリマ－52,1141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1141
ポリマ－52,1141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.930, 75.620, 101.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 / RalGDS-like 2 / RalGDS-like factor / Ras-associated protein RAB2L


分子量: 52113.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-514 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rgl2, Rab2l, Rlf / プラスミド: pGEX6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: Q61193
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON AND CDNA WAS OBTAINED FROM R. M. WOLTHUIS, ET AL., RALGDS LIKE FACTOR (RLF) ...THE SEQUENCE IS BASED ON AND CDNA WAS OBTAINED FROM R. M. WOLTHUIS, ET AL., RALGDS LIKE FACTOR (RLF) IS A NOVEL RAS AND RAP 1A-ASSOCIATING PROTEIN, 13(2), 353 (1996). THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (Q61193 RGL2_MOUSE) SHOWS 147 H -> Y, 402 M -> T IN THIS REFERENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 0.2M NaNO3, 12% PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→31 Å / Num. all: 47332 / Num. obs: 46676 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.73 % / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.94 % / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Num. unique all: 5592 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QXL, 2IJE

3qxl

2ije


解像度: 2.3→30.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.633 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28793 2335 5 %RANDOM
Rwork0.25156 ---
obs0.25337 44339 100 %-
all-47332 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.568 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å2-0.59 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6117 0 0 182 6299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8871.9798477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9545780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.73622.657271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.799151012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0891564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2591.53950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.48426338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52432285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9594.52139
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 169 -
Rwork0.287 3228 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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