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- PDB-4jfq: A2 HLA complex with L8A heteroclitic variant of Melanoma peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfq
タイトルA2 HLA complex with L8A heteroclitic variant of Melanoma peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • L8A heteroclitic Melanoma peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / HLA / TCR / Melanoma / High Affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Madura, F. / Sewell, A.K. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: T-cell receptor specificity maintained by altered thermodynamics.
著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, ...著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, B.K. / Sewell, A.K. / Cole, D.K.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Database references
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: L8A heteroclitic Melanoma peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: L8A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,68827
ポリマ－89,5486
非ポリマー2,14021
水14,142785
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: L8A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,98215
ポリマ－44,7743
非ポリマー1,20812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: L8A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,70612
ポリマ－44,7743
非ポリマー9329
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.096, 58.359, 89.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12E
22B
13F
23C
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Roseatta DE3 / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド L8A heteroclitic Melanoma peptide


分子量: 943.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: L8A Heteroclitic variant of Melanoma motif

-
非ポリマー , 3種, 806分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 mM MES, 24% PEG 3350, 10 mM NaCl, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 1-BM-C
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→84.22 Å / Num. all: 64546 / Num. obs: 64546 / % possible obs: 100 %

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→84.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.2739 / WRfactor Rwork: 0.2015 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7815 / SU B: 9.895 / SU ML: 0.157 / SU R Cruickshank DPI: 0.1989 / SU Rfree: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 3275 5.1 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2198 64546 99.58 %-
all-64546 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.07 Å2 / Biso mean: 19.2976 Å2 / Biso min: 3.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.91 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→84.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6305 0 138 785 7228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0216688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7971.9389058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.989311116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7025783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.65623.171350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.636151067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.241557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8891.53890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3091.51571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47826281
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.54332798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7754.52777
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1D3784MEDIUM POSITIONAL0.40.5
1D3784MEDIUM THERMAL0.682
2E1393MEDIUM POSITIONAL0.340.5
2E1393MEDIUM THERMAL0.652
3F102MEDIUM POSITIONAL0.340.5
3F102MEDIUM THERMAL1.352
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 247 -
Rwork0.266 4395 -
all-4642 -
obs--97.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13731.35730.35292.4643-0.18650.53710.0198-0.02670.08210.1199-0.0651-0.18190.05430.06250.04520.04060.026-0.01880.0424-0.0040.04421.1053-25.0444-38.4389
25.3688-2.3898-0.91822.86050.51481.2824-0.0661-0.2164-0.08250.22270.01630.0118-0.0189-0.05870.04980.0302-0.0094-0.00870.02630.00690.0075-14.82335.8781-34.967
31.58410.7669-0.19565.0005-0.66152.0858-0.01750.14520.0743-0.2971-0.0163-0.2011-0.07840.01110.03380.02670.00950.00970.041-0.00170.0223-7.3328-3.9656-53.1813
42.1891-1.3028-0.33943.2324-0.07220.28160.03310.0477-0.0762-0.1576-0.0253-0.285-0.02170.02-0.00780.0437-0.02490.02410.0367-0.01360.064-14.0441-6.1475-3.5246
52.56912.49920.31493.90070.38990.3564-0.07730.1477-0.0314-0.25920.1017-0.0118-0.0026-0.0602-0.02440.03490.01230.00830.06370.0210.0164-28.6944-34.6138-7.0847
62.0574-0.95530.10545.1744-0.32711.3928-0.0198-0.1993-0.15530.43620.1033-0.16240.02210.0351-0.08350.0417-0.0011-0.02150.04610.00550.0306-22.5193-26.948911.0536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 275
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
7X-RAY DIFFRACTION5F1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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