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- PDB-4jfg: Crystal structure of sfGFP-66-HqAla -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfg
タイトルCrystal structure of sfGFP-66-HqAla
要素Green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / 11-stranded beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / quinolin-8-ol / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Wang, J. / Liu, X. / Li, J. / Zhang, W. / Hu, M. / Zhou, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Significant expansion of the fluorescent protein chromophore through the genetic incorporation of a metal-chelating unnatural amino acid.
著者: Liu, X. / Li, J. / Hu, C. / Zhou, Q. / Zhang, W. / Hu, M. / Zhou, J. / Wang, J.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
E: Green fluorescent protein
F: Green fluorescent protein
G: Green fluorescent protein
H: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,72247
ポリマ－221,4418
非ポリマー5,28139
水2,342130
1
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,98014
ポリマ－55,3602
非ポリマー1,61912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,58111
ポリマ－55,3602
非ポリマー1,2219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Green fluorescent protein
G: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,58111
ポリマ－55,3602
非ポリマー1,2219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: Green fluorescent protein
H: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,58111
ポリマ－55,3602
非ポリマー1,2219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.174, 148.901, 161.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 27680.113 Da / 分子数: 8
変異: S30R, Y39N, Q80R, F99S, N105T, Y145F, M153T, V163A, I171V, A206V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-HQY / quinolin-8-ol / 8-hydroxyquinoline / 8-ヒドロキシキノリン


分子量: 145.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO
#3: 化合物...
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15-20% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.13-0.18M CsCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIHAKU Satun944HG / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 36392 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p


解像度: 3.001→21.841 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 1751 5.09 %
Rwork0.2588 --
obs0.2615 34374 79.73 %
all-36392 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3798 Å20 Å20 Å2
2--5.2437 Å2-0 Å2
3---4.3425 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→21.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13992 0 119 130 14241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98319483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8565213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0013-3.08220.42241630.33063019X-RAY DIFFRACTION98
3.0822-3.17270.35641890.28273058X-RAY DIFFRACTION99
3.1727-3.27470.34811510.28323133X-RAY DIFFRACTION100
3.2747-3.39140.32881510.24923130X-RAY DIFFRACTION100
3.3914-3.52660.31691670.26743065X-RAY DIFFRACTION98
3.5266-3.68640.5102590.41621299X-RAY DIFFRACTION50
3.8797-4.12130.35091080.28971970X-RAY DIFFRACTION66
4.1213-4.4370.29461930.20263104X-RAY DIFFRACTION99
4.437-4.87910.2165620.20051217X-RAY DIFFRACTION39
4.8791-5.57480.22431610.20353170X-RAY DIFFRACTION100
5.5748-6.98530.29851570.26753194X-RAY DIFFRACTION99
6.9853-21.84120.31531900.28983264X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.4139 Å / Origin y: -49.993 Å / Origin z: -57.6708 Å
111213212223313233
T0.0082 Å2-0.0211 Å20.034 Å2-0.0458 Å2-0.0043 Å2--0.0355 Å2
L-0.0163 °20.0532 °20.02 °2-0.0953 °20.0491 °2--0.0695 °2
S-0.029 Å °0.002 Å °0.0057 Å °-0.0343 Å °0.0003 Å °-0.0349 Å °-0.0213 Å °-0.0472 Å °-0.0413 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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