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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jf2
タイトルStructure of a class II preQ1 riboswitch reveals ligand recognition by a new fold
要素PreQ1-II Riboswitch
キーワードRNA / Riboswitch / H-type Pseudoknot
機能・相同性: / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Liberman, J.A. / Wedekind, J.E.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of a class II preQ1 riboswitch reveals ligand recognition by a new fold.
著者: Liberman, J.A. / Salim, M. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PreQ1-II Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,12121
ポリマ－24,8511
非ポリマー2,27020
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.036, 85.972, 98.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-35-

U

21A-76-

G

31A-261-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 PreQ1-II Riboswitch


分子量: 24850.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription / 由来: (合成) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O
#3: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 14.8% PEG 6000, 160 mM MgCl2, 50 mM Na-cacodylate pH 6.0, 1 mM spermine, 150 mM CsCl, Vapor Diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 12133 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.283.10.2818491.072167.2
2.28-2.373.80.28210981.008186
2.37-2.484.40.20412440.998199.8
2.48-2.614.40.14512660.997199.8
2.61-2.774.30.10812621.03199.2
2.77-2.994.40.06812551.003199.9
2.99-3.294.40.04312821.029199.5
3.29-3.764.20.04512670.985198.9
3.76-4.744.20.0412970.984199.1
4.74-503.90.03913131.027195.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1290精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.28→25.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.7879 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 1117 9.93 %Random
Rwork0.1925 ---
obs0.1977 11247 97.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.81 Å2 / Biso mean: 30.586 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→25.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1644 32 152 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3682935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.62925
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2801-2.38380.3251190.23191132125188
2.3838-2.50940.32191410.234112601401100
2.5094-2.66650.36981400.24412791419100
2.6665-2.87210.2931410.24241277141899
2.8721-3.16070.28041420.192312731415100
3.1607-3.6170.20061440.16161282142699
3.617-4.55290.18411420.15271291143399
4.5529-25.69710.23961480.2041336148497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.5179-0.6191-1.2522-0.15910.22110.64910.20180.20890.1095-0.1130.0031-0.104-0.318-0.18890.1290.2255-0.00520.07540.368-0.0420.202412.213731.674729.142
22.8075-2.75481.80263.036-1.11732.13640.3067-1.55980.59461.23730.03010.8607-0.0533-0.54832.33350.4912-0.20930.24060.4698-0.28990.3358-6.473432.77864.084
33.33741.0941-0.91551.2589-0.73640.3059-0.06010.2208-0.3571-0.1682-0.0351-0.1818-0.0053-0.0415-0.12880.1841-0.00420.01340.1414-0.03850.17782.527621.233246.5271
46.1998-0.2817-0.19055.6097-0.0022.5072-0.4591-1.81020.33081.31950.01660.4016-0.33340.7271-1.82290.3061-0.16630.07120.02790.0482-0.1328-0.954723.707165.0851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 35 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 69 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 77 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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