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万見
- PDB-4jew: N-acetylornithine aminotransferase from S. typhimurium complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jew
タイトルN-acetylornithine aminotransferase from S. typhimurium complexed with L-canaline
要素Acetylornithine/succinyldiaminopimelate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / PLP dependent fold type I sub class II aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyldiaminopimelate transaminase / succinyldiaminopimelate transaminase activity / acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / arginine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl/Succinylornithine transaminase family, bacteria / Acetylornithine/Succinylornithine transaminase family / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Acetyl/Succinylornithine transaminase family, bacteria / Acetylornithine/Succinylornithine transaminase family / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-P00 / PICRIC ACID / Acetylornithine/succinyldiaminopimelate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Bisht, S. / Bharath, S.R. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Conformational transitions, ligand specificity and catalysis in N-acetylornithine aminotransferase: Implications on drug designing and rational enzyme engineering in omega aminotransferases.
著者: Bisht, S. / Bharath, S.R. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylornithine/succinyldiaminopimelate aminotransferase
B: Acetylornithine/succinyldiaminopimelate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,28719
ポリマ－91,4782
非ポリマー1,80917
水12,250680
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.020, 112.330, 65.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21B-835-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetylornithine/succinyldiaminopimelate aminotransferase / ACOAT / DapATase / Succinyldiaminopimelate transferase


分子量: 45738.957 Da / 分子数: 2 / 変異: A298T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: argD, dapC, dtu, STM3468 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) Rosetta
参照: UniProt: P40732, acetylornithine transaminase, succinyldiaminopimelate transaminase

-
非ポリマー , 5種, 697分子

#2: 化合物 ChemComp-P00 / (2S)-2-azanyl-4-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]oxy-butanoic acid


分子量: 363.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N3O8P
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TNF / PICRIC ACID / 2,4,6-TRINITROPHENOL


分子量: 229.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3N3O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.5M ammonium acetate, 0.1M CAPSO pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月18日 / 詳細: Bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→112.33 Å / Num. obs: 119395 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.48-1.565.20.344.717063198.6
4.68-28.085.80.0333.94064199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PB0

2pb0


解像度: 1.48→28.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17212 5970 5 %RANDOM
Rwork0.15319 ---
obs0.15414 113363 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→28.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5949 0 120 680 6749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.968678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7055839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63424.029278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37915996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5741531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214946
LS精密化 シェル解像度: 1.479→1.517 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 419 -
Rwork0.204 7804 -
obs--97.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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