PDB-4jes: 1.6A resolution Apo structure of the hemophore HasA from Yersinia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jes

タイトル

1.6A resolution Apo structure of the hemophore HasA from Yersinia pestis (Hexagonal Form)

要素

Hemophore HasA

キーワード

HEME BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kumar, R. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Rivera, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The Hemophore HasA from Yersinia pestis (HasAyp) Coordinates Hemin with a Single Residue, Tyr75, and with Minimal Conformational Change.
著者: Kumar, R. / Lovell, S. / Matsumura, H. / Battaile, K.P. / Moenne-Loccoz, P. / Rivera, M.

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jes.cif.gz	160 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jes.ent.gz	126.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jes_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jes_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4jes_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	4jes_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jerSC 4jetC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jet-10 4xzd-1 4jet-8 4y1q-4 4y1q-6 4a1v-2 4jet-4 4jet-9 4y1q-8 4xzd-2 4y1q-5 7mjb-2 4jet-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemophore HasA

B: Hemophore HasA

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemophore HasA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hemophore HasA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.071, 75.071, 129.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-205- TAM
2	1	B-205- TAM

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hemophore HasA / Secreted hemophore 分子量: 21025.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: hasA, y0314, YP_3127, YPO3922 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q7CL15, UniProt: Q0WA92*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 266分子

#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	ATOMS N AND C OF THE TAM LIGAND RESIDE ON A SPECIAL POSITION (CRYSTALLOGRAPHIC 3-FOLD). THE ...ATOMS N AND C OF THE TAM LIGAND RESIDE ON A SPECIAL POSITION (CRYSTALLOGRAPHIC 3-FOLD). THE COMPLETE TAM MOLECULE IS GENERATED BY APPLYING THE FOLLOWING SYMMETRY OPERATORS: -Y, X-Y, Z + (0-10) AND -X+Y, -X, Z + (-1 -1 0).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 HEPES, 0.5% (v/v) Jeffamine ED-2001, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→65.013 Å / Num. all: 54313 / Num. obs: 54313 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.01257 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2687 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	0.1.27	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1148	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4JER

4jer

解像度: 1.6→37.535 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.72 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1901	2761	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1611	-	-	-
obs	0.1626	54268	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.06 Å² / B_iso mean: 25.8953 Å² / B_iso min: 11.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→37.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2703	0	77	259	3039

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2897
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	3895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.926	1092

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6-1.6276	0.2552	141	0.2386	2554	2695
1.6276-1.6572	0.2772	128	0.2271	2583	2711
1.6572-1.6891	0.2443	150	0.2295	2521	2671
1.6891-1.7235	0.2367	119	0.2168	2611	2730
1.7235-1.761	0.237	149	0.2002	2550	2699
1.761-1.802	0.2176	161	0.2001	2553	2714
1.802-1.8471	0.2	140	0.1771	2567	2707
1.8471-1.897	0.2109	144	0.164	2549	2693
1.897-1.9528	0.1893	141	0.1638	2571	2712
1.9528-2.0158	0.2143	142	0.1608	2569	2711
2.0158-2.0879	0.179	134	0.1534	2593	2727
2.0879-2.1715	0.1788	132	0.1484	2561	2693
2.1715-2.2703	0.1714	145	0.142	2588	2733
2.2703-2.39	0.153	140	0.1453	2563	2703
2.39-2.5397	0.1789	123	0.1529	2593	2716
2.5397-2.7357	0.1874	143	0.1587	2567	2710
2.7357-3.0109	0.1923	144	0.1713	2590	2734
3.0109-3.4463	0.1974	130	0.1649	2579	2709
3.4463-4.341	0.155	124	0.1409	2611	2735
4.341-37.5458	0.2054	131	0.1581	2634	2765

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0926	0.7549	1.2064	1.4506	0.1966	2.2461	-0.0313	0.3221	-0.1137	-0.2019	0.0305	-0.0546	0.13	0.091	-0.0206	0.1732	0.0049	0.0239	0.1752	-0.0176	0.1756	63.5456	-18.0081	-5.6587
2	2.2122	-0.5059	0.7233	2.0612	-0.0572	1.6372	-0.0296	0.0894	-0.0944	-0.0614	-0.0023	0.3077	0.0344	-0.1702	0.0194	0.1258	-0.0313	-0.0051	0.1544	-0.0066	0.1971	51.3688	-15.5573	-0.8437
3	6.2632	-3.6784	-0.6633	4.3467	0.6797	3.2035	0.0286	0.5162	0.4758	-0.4543	-0.0157	0.0414	-0.2344	0.0042	0.0085	0.2152	-0.0484	-0.0333	0.1922	0.0438	0.2572	53.1268	-5.3934	-8.6934
4	2.1876	1.0991	1.569	4.3008	5.4425	6.9361	-0.0072	0.1245	-0.0062	-0.2709	0.0271	-0.1209	-0.1011	-0.0568	-0.0697	0.159	-0.0164	0.0034	0.1505	0.0119	0.1684	63.8716	-6.0932	-5.184
5	4.7738	0.7624	-0.5159	2.3271	-0.6796	3.7464	0.0107	-0.1139	-0.0893	0.0702	-0.1427	-0.2697	0.0413	0.2972	0.132	0.1147	-0.011	-0.0138	0.1455	-0.0093	0.1532	71.9764	-12.6038	6.4048
6	0.8122	0.233	-0.3204	1.591	-1.0615	2.3945	-0.1438	-0.5346	-0.1685	0.4507	0.1134	0.2404	0.0626	0.0481	-0.1512	0.2596	0.0532	0.0829	0.2746	0.068	0.17	61.1551	-15.0337	31.4844
7	3.5043	0.9711	0.0185	0.3479	-0.4557	2.7004	0.1175	-0.2538	-0.4083	0.5206	0.3227	0.6532	-0.0612	-0.1985	-0.0047	0.3169	0.0114	0.0324	0.184	0.1327	0.3498	67.6338	-35.6799	28.1723
8	0.9942	-0.3281	0.7842	0.7742	-0.584	1.407	0.047	-0.2828	-0.1968	0.2694	0.1246	0.265	0.1125	-0.0685	-0.1275	0.2457	0.0039	0.0412	0.2112	0.0874	0.2106	67.7914	-28.9096	31.787
9	1.9326	-0.1536	0.7879	1.8162	-0.4294	1.4612	0.1096	-0.0935	-0.1434	0.0813	0.0517	0.3084	0.0722	-0.1	-0.1562	0.2064	-0.0087	0.0142	0.1928	0.0608	0.2117	61.5265	-25.0188	23.8324
10	3.4222	-1.5706	2.0722	1.6242	-0.4284	1.5564	-0.0293	-0.0696	-0.0051	0.2829	-0.5157	-0.6493	-0.0422	1.0659	0.3842	0.2168	-0.0006	-0.0717	0.4812	0.206	0.297	81.4492	-25.2901	27.1467
11	2.2436	-1.1113	1.1975	3.451	0.7116	3.6646	-0.009	-0.8341	-0.4873	0.7855	-0.0931	-0.2444	-0.5665	0.3935	0.1411	0.4072	-0.0898	-0.0413	0.3575	0.1152	0.2031	76.2454	-22.924	35.1025
12	8.9367	2.5634	-7.1396	5.4768	-5.22	8.4634	-0.1483	-0.4518	0.2228	0.5649	0.0221	-0.1515	-0.291	0.0115	0.134	0.2681	-0.0157	-0.0491	0.2287	-0.0046	0.1208	72.719	-12.7656	31.7147
13	1.6711	0.026	0.5673	5.3027	0.3097	4.1583	-0.0787	-0.1218	0.3201	0.0961	-0.0831	0.2787	-0.2249	-0.0944	0.1812	0.1772	0.0041	0.0227	0.1177	0.0195	0.1324	64.1308	-6.914	20.1714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 41 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 130 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 131 THROUGH 148 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 160 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 161 THROUGH 180 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 37 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 38 THROUGH 53 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 82 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 117 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 118 THROUGH 130 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 131 THROUGH 148 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 149 THROUGH 160 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 161 THROUGH 180 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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