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- PDB-4jek: Structure of dibenzothiophene monooxygenase (DszC) from Rhodococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jek
タイトルStructure of dibenzothiophene monooxygenase (DszC) from Rhodococcus erythropolis
要素Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
機能・相同性
機能・相同性情報


dibenzothiophene catabolic process / dibenzothiophene monooxygenase / 3-methylbutanoyl-CoA dehydrogenase activity / L-leucine catabolic process / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...: / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dibenzothiophene monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, L. / Duan, X.L. / Zhou, D.M. / Li, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization and preliminary structural analysis of dibenzothiophene monooxygenase (DszC) from Rhodococcus erythropolis
著者: Duan, X. / Zhang, L. / Zhou, D. / Ji, K. / Ma, T. / Shui, W. / Li, G. / Li, X.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
B: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
C: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
D: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
E: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
F: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
G: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
H: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,2338
ポリマ－391,2338
非ポリマー00
水10,269570
1
A: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
F: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
G: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
H: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,6164
ポリマ－195,6164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14060 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area53830 Å2
手法PISA
2
B: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
C: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
D: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C
E: Dibenzothiophene desulfurization enzyme C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,6164
ポリマ－195,6164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14020 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area53820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.160, 96.270, 98.563
Angle α, β, γ (deg.)81.03, 67.57, 85.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 19:417 )
211chain B and (resseq 19:417 )
311chain C and (resseq 19:417 )
411chain D and (resseq 19:417 )
511chain E and (resseq 19:417 )
611chain F and (resseq 19:417 )
711chain G and (resseq 19:417 )
811chain H and (resseq 19:417 )

-
要素

#1: タンパク質
Dibenzothiophene desulfurization enzyme C / DBT sulfur dioxygenase


分子量: 48904.117 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: IGTS8 / 遺伝子: soxC, dszC / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P54998
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17.5% PEG3350, 200mM Bis-Tris, 200mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U11.005
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年3月1日
RAYONIX MX-2252CCD2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0051
20.9791
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 127397 / Num. obs: 122302 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.4-2.49195.9
2.49-2.59196.1
2.59-2.7196.5
2.7-2.85197
2.85-3.02196.8
3.02-3.26196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 6118 5.01 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2089 122103 96.21 %-
all-122631 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.345 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8161 Å27.61 Å23.1791 Å2
2---9.0435 Å25.9699 Å2
3---16.8596 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24328 0 0 570 24898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01424928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24934000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8888744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0833704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064520
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.121
13C3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.112
14D3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.102
15E3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
16F3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
17G3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.103
18H3041X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.42260.30461530.2825266867
2.4226-2.45110.36711970.2898389597
2.4511-2.4810.35832190.2868389897
2.481-2.51240.30652130.2746389497
2.5124-2.54540.32432130.2717386897
2.5454-2.58030.32842130.256389297
2.5803-2.61720.30592050.2433388697
2.6172-2.65620.31712190.2408391397
2.6562-2.69770.30092210.247386097
2.6977-2.74190.30881970.2339394497
2.7419-2.78920.27211790.239389297
2.7892-2.83990.30712250.2322394598
2.8399-2.89450.30932170.2283389098
2.8945-2.95360.31692070.2334387597
2.9536-3.01780.28782090.2263396297
3.0178-3.0880.29211930.2264391298
3.088-3.16510.25412180.2177389297
3.1651-3.25070.29451900.2225389897
3.2507-3.34630.2691780.2225396398
3.3463-3.45430.25892050.2112389597
3.4543-3.57760.22542000.2081390397
3.5776-3.72080.22762150.2037389397
3.7208-3.890.23611870.1914390597
3.89-4.09490.21491940.176389396
4.0949-4.35120.19752150.1716389197
4.3512-4.68670.19851810.1821378394
4.6867-5.15750.20872060.1832390397
5.1575-5.90180.19782210.20593979100
5.9018-7.42820.21241960.18984043100
7.4282-400.18832320.1597395099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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