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万見
- PDB-4jd2: Crystal structure of Bos taurus Arp2/3 complex binding with Mus m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jd2
タイトルCrystal structure of Bos taurus Arp2/3 complex binding with Mus musculus GMF
要素
  • (Actin-related protein ...) x 7
  • Glia maturation factor gamma
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin filament polymerization and branching
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament debranching / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis ...actin filament debranching / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cortical actin cytoskeleton / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / Neutrophil degranulation / cell projection / growth factor activity / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / cell migration / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / neuron projection / synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glia maturation factor / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 ...Glia maturation factor / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Yope Regulator; Chain: A, / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / ATPase, nucleotide binding domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha Horseshoe / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin-related protein 2 / Actin-related protein 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B / Glia maturation factor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Nolen, B.J. / Luan, Q.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for regulation of Arp2/3 complex by GMF.
著者: Luan, Q. / Nolen, B.J.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32013年9月18日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-related protein 3
B: Actin-related protein 2
C: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
D: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
E: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
F: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
G: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
H: Glia maturation factor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,45514
ポリマ－240,9728
非ポリマー1,4836
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26730 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area79480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.538, 231.538, 109.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質 Actin-related protein 3 / Actin-2 / Actin-like protein 3


分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61157
#2: タンパク質 Actin-related protein 2 / Actin-like protein 2


分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A7MB62
#3: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B / Arp2/3 complex 41 kDa subunit / p41-ARC


分子量: 41030.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q58CQ2
#4: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Arp2/3 complex 34 kDa subunit / p34-ARC


分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3MHR7
#5: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit / p21-ARC


分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T035
#6: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Arp2/3 complex 20 kDa subunit / p20-ARC


分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q148J6
#7: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Arp2/3 complex 16 kDa subunit / p16-ARC


分子量: 16251.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3SYX9

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#8: タンパク質 Glia maturation factor gamma / GMF-gamma


分子量: 16771.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9ERL7

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.08→35.82 Å / Num. obs: 61305

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.08→35.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 43.455 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 3097 5.1 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.21125 57721 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→35.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15926 0 90 0 16016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01916360
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.111.96322139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.726336021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85851996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04523.829747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.114152814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1415109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 213 -
Rwork0.319 3844 -
obs--89.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86410.039-0.38940.9664-0.03020.8889-0.0050.04350.3469-0.0383-0.04510.39070.106-0.13180.05010.144-0.12150.05690.1355-0.05820.276938.5643-93.288812.1318
22.3803-0.0561-0.1522.1224-0.55350.8479-0.07140.40060.4292-0.13130.110.5186-0.1842-0.0761-0.03860.3639-0.1937-0.12110.29840.11810.236766.1999-60.6301-11.6883
32.38380.2817-0.02082.8577-0.38041.45580.1994-0.28530.1480.3053-0.2098-0.2146-0.2490.2480.01040.3917-0.2663-0.03310.44420.05320.038497.1346-63.146514.2384
41.72131.63670.26973.58510.33180.60170.1010.0756-0.31070.0862-0.10430.04990.36610.02450.00320.3785-0.1140.07860.2208-0.05570.182850.5769-126.54266.292
52.61020.4184-0.85481.4040.21472.68260.2375-0.57851.30510.4031-0.10320.0964-0.5973-0.1321-0.13430.5171-0.17640.35080.4758-0.65061.232217.0414-68.50238.9969
61.73471.7343-0.29192.8337-0.81050.81030.0529-0.202-0.30090.1122-0.2467-0.28340.07190.15410.19380.2626-0.0740.04390.27040.08760.103582.0359-98.147812.227
72.2356-0.39820.30372.1631-0.48571.3205-0.2138-0.1-0.50280.0923-0.0782-0.6020.25090.37130.2920.2895-0.02310.07570.38340.16670.3905107.0983-97.24017.9711
84.8148-0.7425-0.73174.5954-0.79384.30710.16990.78510.5156-0.3143-0.7574-0.388-0.53260.74950.58750.8249-0.5592-0.11170.89040.43680.319293.4405-44.6811-24.8176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 372
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7G9 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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