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- PDB-4jcr: ClpP1 N165D mutant from Listeria monocytogenes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcr
タイトルClpP1 N165D mutant from Listeria monocytogenes
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / Pathogenic bacteria / Virulence factor / regulation / CLP protease family / active catalytic triad
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zeiler, E. / List, A. / Alte, F. / Gersch, M. / Wachtel, R. / Groll, M. / Sieber, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural and functional insights into caseinolytic proteases reveal an unprecedented regulation principle of their catalytic triad.
著者: Zeiler, E. / List, A. / Alte, F. / Gersch, M. / Wachtel, R. / Poreba, M. / Drag, M. / Groll, M. / Sieber, S.A.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,83614
ポリマ－317,83614
非ポリマー00
水21,2761181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41990 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area93180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.270, 147.410, 109.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.617441, 0.689364, -0.378872), (-0.665435, 0.714592, 0.215764), (0.419479, 0.118894, 0.899945)27.77944, 6.4496, -5.87357
3given(-0.215639, 0.880426, -0.422314), (-0.79934, 0.089248, 0.594214), (0.560853, 0.465708, 0.684514)50.40057, -8.2072, 0.9191
4given(-0.89816, 0.426261, -0.107748), (-0.303454, -0.42366, 0.85348), (0.318156, 0.799258, 0.509866)53.02569, -32.64094, 15.04654
5given(-0.891508, -0.315516, 0.325058), (0.437306, -0.412149, 0.799311), (-0.118223, 0.854742, 0.505411)32.35341, -49.09665, 26.24162
6given(-0.225339, -0.792145, 0.567211), (0.881478, 0.082219, 0.465013), (-0.414994, 0.604769, 0.679731)3.65158, -44.4061, 25.92725
7given(0.627164, -0.660623, 0.412604), (0.688199, 0.71808, 0.10365), (-0.364756, 0.218948, 0.904994)-10.1952, -22.07957, 13.70086
8given(0.892558, -0.433524, 0.124082), (-0.433101, -0.900785, -0.031787), (0.125552, -0.025368, -0.991763)-5.21574, -8.47989, 56.90971
9given(0.221479, -0.876646, 0.42713), (-0.87625, -0.371122, -0.307335), (0.427941, -0.306204, -0.850356)-3.52447, 15.86384, 42.67888
10given(-0.627305, -0.683735, 0.372819), (-0.685699, 0.257978, -0.680635), (0.369196, -0.682608, -0.630667)20.2933, 29.68507, 33.46141
11given(-0.999984, 0.005649, -0.000685), (0.003396, 0.495763, -0.868451), (-0.004567, -0.868439, -0.495774)47.79223, 21.65133, 36.38252
12given(-0.618869, 0.667687, -0.413757), (0.662594, 0.160843, -0.731505), (-0.421866, -0.726858, -0.541946)58.29715, -1.92961, 49.14059
13given(0.209144, 0.800947, -0.561019), (0.803146, -0.467981, -0.368714), (-0.557867, -0.373466, -0.741153)44.11512, -22.85497, 62.38254
14given(0.894622, 0.310315, -0.321491), (0.309943, -0.949235, -0.053748), (-0.321849, -0.05156, -0.945386)15.68684, -25.56694, 66.0715

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22702.602 Da / 分子数: 14 / 変異: N165D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: clpP, lmo1138 / プラスミド: pDEST GATEWAY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8Y7Y1, endopeptidase Clp
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M MgCl2, 16% PEG3350 , pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 177318 / Num. obs: 173949 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5E

3v5e


解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.258 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24294 8698 5 %RANDOM
Rwork0.21886 ---
all0.221 165250 --
obs0.22007 165250 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å20 Å20.1 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19040 0 0 1181 20221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01919544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9051.96226404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.35852408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.51625.152924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.003153668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.39915126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.23080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214434
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 621 -
Rwork0.285 11745 -
obs--97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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