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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jbn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase from Entamoeba histolytica in complex with Serine acetyl transferase derived tetrapeptide, SPSI | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Cysteine Synthase / peptide inhibitor / PLP fold type 2 / Tryptophan synthase family / lyase / Serine Acetyl Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raj, I. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of ligand recognition by OASS from E. histolytica: insights from structural and molecular dynamics simulation studies 著者: Raj, I. / Mazumder, M. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37136.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhOASS / プラスミド: pET21c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 402.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 2.1M AmSO4, 150mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→27.47 Å / Num. all: 58947 / Num. obs: 58645 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 5.3 / Observed criterion σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.868→1.917 Å / % possible all: 90.77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PQM 解像度: 1.87→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.2 Å2 / Biso mean: 27.6853 Å2 / Biso min: 11.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→27.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.868→1.917 Å / Total num. of bins used: 20
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