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万見
- PDB-4jbn: Crystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase from Entamoeba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jbn
タイトルCrystal structure of O-Acetyl Serine Sulfhydrylase from Entamoeba histolytica in complex with Serine acetyl transferase derived tetrapeptide, SPSI
要素
  • Cysteine synthase
  • SAT derived tetrapeptide
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Cysteine Synthase / peptide inhibitor / PLP fold type 2 / Tryptophan synthase family / lyase / Serine Acetyl Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Raj, I. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of ligand recognition by OASS from E. histolytica: insights from structural and molecular dynamics simulation studies
著者: Raj, I. / Mazumder, M. / Gourinath, S.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
C: SAT derived tetrapeptide
B: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7724
ポリマ－74,6763
非ポリマー961
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.515, 80.515, 112.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase / O-Acetyl Serine Sulfhydrylase


分子量: 37136.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhOASS / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15570
#2: タンパク質・ペプチド SAT derived tetrapeptide


分子量: 402.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.1M AmSO4, 150mM NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月30日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→27.47 Å / Num. all: 58947 / Num. obs: 58645 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 5.3 / Observed criterion σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.868→1.917 Å / % possible all: 90.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PQM

2pqm


解像度: 1.87→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 2873 4.9 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
all0.2398 ---
obs0.1861 58645 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.2 Å2 / Biso mean: 27.6853 Å2 / Biso min: 11.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5192 0 5 251 5448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0195254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.131.9847090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5225673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94625.419203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24315960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.591520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213846
LS精密化 シェル解像度: 1.868→1.917 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 177 -
Rwork0.277 3788 -
all-3965 -
obs--90.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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