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- PDB-4jaa: Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with consensus ankyrin r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jaa
タイトルFactor inhibiting HIF-1 alpha in complex with consensus ankyrin repeat domain-(d)LEU peptide
要素
  • CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(d)LEU
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
キーワードOXIDOREDUCTASE/PEPTIDE / NON-HEME / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / OXYGENASE / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL / ASPARTYL HYDROXYLASE / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Scotti, J.S. / Ge, W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of an oxygenase in complex with substrate
著者: Scotti, J.S. / Ge, W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
S: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(d)LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9646
ポリマ－42,5602
非ポリマー4054
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.079, 86.079, 147.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AS

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(d)LEU


分子量: 2231.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide.

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非ポリマー , 4種, 124分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 % / Mosaicity: 0.72 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→33.804 Å / Num. obs: 22451 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.565 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.39→2.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3937 / % possible all: 98.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.8 Å
Translation2.5 Å33.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k


解像度: 2.39→33.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8386 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 3688 9.25 %Random
Rwork0.184 ---
obs0.1873 22451 95.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 41.6862 Å2 / Biso min: 13.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 21 120 2898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1423917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9041041
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3895-2.42090.31571290.294112861415141590
2.4209-2.45410.29691260.291212111337133782
2.4541-2.48910.28731260.290512601386138687
2.4891-2.52630.35821440.290513911535153595
2.5263-2.56580.27751480.252814261574157499
2.5658-2.60780.28071510.246314551606160699
2.6078-2.65280.25851420.25214351577157799
2.6528-2.7010.28611500.235414531603160399
2.701-2.75290.30471470.22914311578157899
2.7529-2.80910.24721460.218914321578157899
2.8091-2.87010.27231450.213214351580158098
2.8701-2.93680.23311470.212514401587158799
2.9368-3.01020.24781440.20714311575157598
3.0102-3.09160.22051460.20414551601160199
3.0916-3.18250.24041480.185514411589158999
3.1825-3.28510.22691470.192614221569156998
3.2851-3.40240.21521430.182114111554155496
3.4024-3.53850.19331260.175812261352135285
3.5385-3.69940.19591250.156212181343134383
3.6994-3.89420.1861410.159214291570157098
3.8942-4.13770.19661520.143114301582158299
4.1377-4.45660.16481520.136114381590159099
4.4566-4.90380.17281470.13214201567156798
4.9038-5.61060.2361390.159314101549154997
5.6106-7.05820.20231340.186913711505150593
7.0582-33.80760.19831430.178114231566156698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3553-0.2112-1.5491.7150.17031.8714-0.07420.2009-0.3586-0.061-0.0388-0.07010.24340.0180.06760.18880.0324-0.02840.4135-0.18440.3369-22.008816.3239-17.3659
23.4451-1.22610.52853.46710.18262.8033-0.4208-1.0223-0.34850.96450.21960.10380.14190.20110.19390.49390.1421-0.01470.68380.04710.452-23.717113.38054.3056
33.654-0.5629-1.47460.74740.28872.40730.08970.0126-0.24240.1344-0.0087-0.03050.04810.0965-0.0660.14690.0233-0.03920.3651-0.12080.2877-27.237721.7177-10.81
44.8635-0.8884-1.82572.66410.57151.66-0.0237-0.02910.16960.00210.0824-0.17440.13640.0584-0.06480.27170.02830.03450.2611-0.07280.2588-41.37339.4848-2.451
54.11532.3519-0.30816.5838-2.52046.113-0.8325-0.43781.14350.48660.0042-0.4565-1.219-0.3630.77890.5236-0.0344-0.01060.4535-0.10520.4803-35.823846.758-6.7161
69.5077-6.3847-2.11244.34651.86153.15780.0021-0.69220.63261.0245-0.5084-0.6571-0.5987-0.39980.37520.4745-0.08150.03310.5005-0.23270.5178-27.095632.5602-3.3578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 22:95 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 96:149 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 150:297 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 298:349 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN S AND (RESID 791:796 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN S AND (RESID 797:806 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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