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- PDB-4ja0: Crystal structure of the invertebrate bi-functional purine biosyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ja0
タイトルCrystal structure of the invertebrate bi-functional purine biosynthesis enzyme PAICS at 2.8 A resolution
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
キーワードPROTEIN BINDING / SAICAR PurE / Purine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class II PurE / : / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase ...Class II PurE / : / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Taschner, M. / Basquin, J. / Benda, C. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the invertebrate bifunctional purine biosynthesis enzyme PAICS at 2.8 angstrom resolution.
著者: Taschner, M. / Basquin, J. / Benda, C. / Lorentzen, E.
履歴
登録2013年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,26321
ポリマ－189,6304
非ポリマー1,63317
水2,306128
1
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子

A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
B: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
C: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
D: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,52542
ポリマ－379,2598
非ポリマー3,26634
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area45970 Å2
ΔGint-606 kcal/mol
Surface area116800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.729, 219.726, 60.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / Uncharacterized protein


分子量: 47407.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: Q1HQ66
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Tris, 2M Ammonium sulfate, 1% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 46866 / Num. obs: 46715 / % possible obs: 0.997 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H31

2h31


解像度: 2.8→46.711 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 2338 5 %
Rwork0.1994 --
obs0.2026 46715 99.71 %
all-46866 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11870 0 85 128 12083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24516586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5614344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7962-2.85330.34341320.27172463X-RAY DIFFRACTION96
2.8533-2.91530.3331350.24312571X-RAY DIFFRACTION100
2.9153-2.98310.37091340.2452555X-RAY DIFFRACTION100
2.9831-3.05770.31371380.2322597X-RAY DIFFRACTION100
3.0577-3.14030.29671360.22562583X-RAY DIFFRACTION100
3.1403-3.23270.34121350.23882595X-RAY DIFFRACTION100
3.2327-3.3370.33071360.22042579X-RAY DIFFRACTION100
3.337-3.45630.26041360.21222578X-RAY DIFFRACTION100
3.4563-3.59460.29791370.20042599X-RAY DIFFRACTION100
3.5946-3.75810.24851380.19192610X-RAY DIFFRACTION100
3.7581-3.95620.24961360.17292577X-RAY DIFFRACTION100
3.9562-4.20390.2311370.16872634X-RAY DIFFRACTION100
4.2039-4.52820.19391390.15422612X-RAY DIFFRACTION100
4.5282-4.98350.22151390.15472644X-RAY DIFFRACTION100
4.9835-5.70350.26511390.19362652X-RAY DIFFRACTION100
5.7035-7.18160.26621420.23532692X-RAY DIFFRACTION100
7.1816-46.71740.24461490.21182836X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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