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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j9u | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the TrkH/TrkA potassium transport complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium transport / membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / potassium channel activity / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Gating of the TrkH ion channel by its associated RCK protein TrkA. 著者: Cao, Y. / Pan, Y. / Huang, H. / Jin, X. / Levin, E.J. / Kloss, B. / Zhou, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j9u.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j9u.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4j9u_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4j9u_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4j9u_validation.xml.gz | 131.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4j9u_validation.cif.gz | 175.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an hexamer generated from the chains A, B, E, F, G, and H. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53104.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: trkH, VP0032 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87TN7 #2: タンパク質 | 分子量: 50193.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP3045 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87KD2 #3: 化合物 | ChemComp-TBR / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-NAD / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.75 詳細: 37.5% PEG 400, 400 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 6.75, microbatch, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2515 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2515 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 61373 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.25 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.8→49.791 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.7828 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 539.5 Å2 / Biso mean: 89.6396 Å2 / Biso min: 13.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.791 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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