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- PDB-4j9u: Crystal Structure of the TrkH/TrkA potassium transport complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j9u
タイトルCrystal Structure of the TrkH/TrkA potassium transport complex
要素
  • Potassium uptake protein TrkA
  • Trk system potassium uptake protein TrkH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium transport / membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium ion binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily ...Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Trk system potassium uptake protein TrkA / Trk system potassium uptake protein TrkH
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Gating of the TrkH ion channel by its associated RCK protein TrkA.
著者: Cao, Y. / Pan, Y. / Huang, H. / Jin, X. / Levin, E.J. / Kloss, B. / Zhou, M.
履歴
登録2013年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trk system potassium uptake protein TrkH
B: Trk system potassium uptake protein TrkH
C: Trk system potassium uptake protein TrkH
D: Trk system potassium uptake protein TrkH
E: Potassium uptake protein TrkA
F: Potassium uptake protein TrkA
G: Potassium uptake protein TrkA
H: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,80234
ポリマ－413,1908
非ポリマー39,61226
水00
1
A: Trk system potassium uptake protein TrkH
B: Trk system potassium uptake protein TrkH
E: Potassium uptake protein TrkA
F: Potassium uptake protein TrkA
G: Potassium uptake protein TrkA
H: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,29225
ポリマ－306,9816
非ポリマー29,31119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Trk system potassium uptake protein TrkH
D: Trk system potassium uptake protein TrkH
E: Potassium uptake protein TrkA
F: Potassium uptake protein TrkA
G: Potassium uptake protein TrkA
H: Potassium uptake protein TrkA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,29225
ポリマ－306,9816
非ポリマー29,31119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.725, 146.627, 163.672
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is an hexamer generated from the chains A, B, E, F, G, and H.

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要素

#1: タンパク質
Trk system potassium uptake protein TrkH


分子量: 53104.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: trkH, VP0032 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87TN7
#2: タンパク質
Potassium uptake protein TrkA


分子量: 50193.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP3045 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87KD2
#3: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.75
詳細: 37.5% PEG 400, 400 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 6.75, microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2515 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2515 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 61373 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.25 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.8-3.876.30.81430400.756198.7
3.87-3.946.40.69130190.817199
3.94-4.016.60.56230070.793199.4
4.01-4.096.70.46530750.808199.5
4.09-4.186.90.3630610.867199.4
4.18-4.286.90.32530150.905199.4
4.28-4.3970.2830800.978199.8
4.39-4.57.20.25130581.016199.8
4.5-4.647.20.20930621.0641100
4.64-4.797.40.19130661.0711100
4.79-4.967.50.17530971.0891100
4.96-5.167.60.16930521.031100
5.16-5.397.60.17830711.0321100
5.39-5.677.60.18530921.1361100
5.67-6.037.50.18230631.2261100
6.03-6.497.50.15430841.408199.9
6.49-7.157.50.12130951.654199.9
7.15-8.187.40.09630972.0331100
8.18-10.297.10.08331032.352199.7
10.29-507.40.09731362.599198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.8→49.791 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.7828 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2801 3127 5.1 %RANDOM
Rwork0.2318 ---
obs0.2342 61260 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 539.5 Å2 / Biso mean: 89.6396 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28063 0 504 0 28567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00529486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24242460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0754646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.45410677
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8-3.85940.32781410.29112576271797
3.8594-3.92260.31421480.27652617276599
3.9226-3.99030.32481210.26062615273699
3.9903-4.06280.3111370.2422638277599
4.0628-4.14090.28571480.222726062754100
4.1409-4.22540.25671250.21012659278499
4.2254-4.31720.24731540.199126462800100
4.3172-4.41760.24551430.200126102753100
4.4176-4.5280.26011390.195926092748100
4.528-4.65030.21491360.183326702806100
4.6503-4.7870.25041530.183526352788100
4.787-4.94140.22841340.188126812815100
4.9414-5.11790.23581260.192126612787100
5.1179-5.32250.26051510.196426252776100
5.3225-5.56450.25671330.215126672800100
5.5645-5.85740.29531630.22726502813100
5.8574-6.22380.28811610.244326112772100
6.2238-6.70330.32361470.224826802827100
6.7033-7.37590.30911490.2326532802100
7.3759-8.43870.24691370.210726862823100
8.4387-10.61490.22981300.207526772807100
10.6149-49.79510.36511510.33762661281297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3698-0.80120.2734.5378-1.71922.08490.2362-0.0157-0.31930.2124-0.2734-0.38630.74120.34430.03760.2722-0.0035-0.05990.39450.01670.277134.525422.0277125.2155
21.721-0.2677-0.2334.38551.25331.19010.1337-0.0121-0.4858-0.4401-0.23650.85670.6068-0.2083-0.03790.3206-0.1198-0.19610.4465-0.12360.5116-6.803221.6637118.8828
30.33561.26420.28185.5216-0.25431.950.0761-0.28040.31850.8425-0.155-0.5874-0.7847-0.00810.10070.8791-0.0096-0.10850.4736-0.1550.328811.6072119.3178141.1715
41.6338-1.97630.04582.9919-0.43081.25640.29620.31930.4869-0.7561-0.28010.2075-0.4309-0.0134-0.02540.94570.0751-0.04320.3890.02170.371211.2116119.074999.3435
53.6118-0.260.23711.8391-0.5362.8940.10720.080.2202-0.0514-0.2390.3011-0.2641-0.03130.08480.50090.0175-0.0120.4075-00.391713.423567.552495.1046
61.0129-0.0451-0.40791.9903-0.7031.18790.44390.94630.4898-0.484-0.5582-0.65970.18641.0590.10960.88340.32270.18181.39830.22050.712923.473668.111769.4593
72.1163-0.4259-1.02912.2596-2.24153.84140.24-0.24790.01330.0825-0.154-0.0021-0.09180.3508-0.03230.3716-0.0648-0.05470.5825-0.02910.639238.155573.95124.9768
81.8432-0.42590.03543.031-0.26921.27280.07220.2156-0.1689-0.2136-0.0183-0.1831-0.04220.4255-0.15040.5956-0.05040.07011.2251-0.07840.866564.799275.3645119.8189
93.25480.6845-0.23992.76740.85443.34610.1419-0.18420.1130.0156-0.2239-0.1066-0.3706-0.02870.06140.5290.00550.05680.4728-0.09230.387612.086268.6445147.2748
101.0266-0.028-0.57162.28110.360.72010.1284-1.18980.05280.8076-0.15930.19760.1861-0.42080.00611.1457-0.13810.23151.4823-0.23440.6791.804569.3955172.9066
111.84670.8145-0.20552.611.94653.50980.08410.2253-0.167-0.1903-0.26340.2714-0.1654-0.21690.11770.37360.062-0.03540.6435-0.05720.6536-12.902572.35117.4345
120.8887-0.2137-0.66242.93850.45091.720.1349-0.1255-0.07810.2634-0.51870.38810.023-1.2957-0.03470.65920.02670.03241.5598-0.26631.0679-39.613770.3974124.1699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 502
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 502
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and not (resseq 138:230 or resseq 366:456)E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain E and (resseq 138:230 or resseq 366:456)E138 - 230
7X-RAY DIFFRACTION6chain E and (resseq 138:230 or resseq 366:456)E366 - 456
8X-RAY DIFFRACTION7chain F and not (resseq 138:230 or resseq 366:456)F0
9X-RAY DIFFRACTION8chain F and (resseq 138:230 or resseq 366:456)F138 - 230
10X-RAY DIFFRACTION8chain F and (resseq 138:230 or resseq 366:456)F366 - 456
11X-RAY DIFFRACTION9chain G and not (resseq 138:230 or resseq 366:456)G0
12X-RAY DIFFRACTION10chain G and (resseq 138:230 or resseq 366:456)G138 - 230
13X-RAY DIFFRACTION10chain G and (resseq 138:230 or resseq 366:456)G366 - 456
14X-RAY DIFFRACTION11chain H and not (resseq 138:230 or resseq 366:456)H0
15X-RAY DIFFRACTION12chain H and (resseq 138:230 or resseq 366:456)H138 - 230
16X-RAY DIFFRACTION12chain H and (resseq 138:230 or resseq 366:456)H366 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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