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- PDB-4j80: Thermus thermophilus DnaJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j80
タイトルThermus thermophilus DnaJ
要素Chaperone protein DnaJ 2
キーワードCHAPERONE / molecular chaperone / THERMUS THERMOPHILUS DNAJ2 DELTA MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / unfolded protein binding / protein refolding / DNA replication / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain ...Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain / DnaJ domain / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / HSP40/DNAj peptide-binding domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein DnaJ 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / EPR / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Brosi, R.W. / Steinmetz, A. / Scherer, A. / Hartmann, E. / Eschenbach, J. / Lorenz, T. / Seidel, R. / Shoeman, R. / Zimmermann, S. ...Barends, T.R.M. / Brosi, R.W. / Steinmetz, A. / Scherer, A. / Hartmann, E. / Eschenbach, J. / Lorenz, T. / Seidel, R. / Shoeman, R. / Zimmermann, S. / Bittl, R. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Combining crystallography and EPR: crystal and solution structures of the multidomain cochaperone DnaJ.
著者: Barends, T.R. / Brosi, R.W. / Steinmetz, A. / Scherer, A. / Hartmann, E. / Eschenbach, J. / Lorenz, T. / Seidel, R. / Shoeman, R.L. / Zimmermann, S. / Bittl, R. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaJ 2
B: Chaperone protein DnaJ 2
C: Chaperone protein DnaJ 2
D: Chaperone protein DnaJ 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2654
ポリマ－127,2654
非ポリマー00
水00
1
A: Chaperone protein DnaJ 2
B: Chaperone protein DnaJ 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6322
ポリマ－63,6322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area31630 Å2
手法PISA
2
C: Chaperone protein DnaJ 2
D: Chaperone protein DnaJ 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6322
ポリマ－63,6322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.090, 105.000, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Chaperone protein DnaJ 2


分子量: 31816.145 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 2-114 / 変異: L57(MSE), I142(MSE), L173(MSE), L226(MSE), K231G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: dnaJ2, TTHA1489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56237
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
EPR1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG6000, 0.1 M succinate/BTP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00767 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 34862 / Num. obs: 34862 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 50.613 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30739 1591 5.1 %RANDOM
Rwork0.26489 ---
obs0.26697 29726 98.88 %-
all-29725 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 95.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8460 0 0 0 8460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.99911764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.14751080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62522.5400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.816151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6271596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0226836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.28330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.24202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3831.55408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0431.52184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70128704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61533272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9734.53060
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 103 -
Rwork0.334 2181 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5442-2.18740.67496.8972-0.207113.3801-0.0191-0.0382-0.5757-0.5252-0.0744-0.16330.73290.21190.09350.31650.0601-0.01840.1337-0.08620.2351-1.987419.137989.0911
216.4604-4.50118.08815.3628-0.83678.25330.0811-0.6784-0.60270.2348-0.19740.38080.1404-0.29830.11630.2019-0.0217-0.05650.2288-0.07140.2364-16.826821.026991.0943
31.5942-3.33080.177313.7428-2.56290.74660.0171-0.4681-0.15020.9075-0.1098-0.1545-0.36930.29920.09270.4902-0.0747-0.09160.43630.09790.2977-28.513349.427978.2771
415.8398-12.5717-0.029517.7573-0.71811.6612-0.2002-0.43312.35840.53690.41640.2375-0.47290.6087-0.21620.4798-0.2518-0.06940.27740.00831.1105-42.118579.203765.4749
513.08460.4996-1.487617.76227.813323.53930.65420.36611.202-0.4833-0.34592.4885-0.2914-3.8129-0.30830.5651-0.0206-0.34821.9760.58231.5463-101.055525.535737.6356
634.95844.14636.759816.26263.893613.80040.38980.0942-1.7389-0.58381.36141.29242.5103-2.9365-1.75120.8979-0.5621-0.371.09450.66070.7142-88.508518.144941.5087
72.4373.31691.443913.54016.16723.0170.05080.50350.3597-0.722-0.15250.861-0.3737-0.14210.10160.33130.0410.06270.33440.10790.4071-74.720347.132650.6102
811.454511.86850.646516.19180.72341.6395-0.4340.21342.2174-0.410.27240.5002-0.4832-0.37050.16160.39940.1162-0.02890.09960.00031.3041-62.903277.972263.3012
97.4571-0.8905-0.318311.15480.649210.22350.174-0.4035-0.45880.4887-0.0460.52831.191-0.7778-0.1280.5144-0.19930.01810.44230.05940.269-18.833759.3758102.9353
109.2709-3.6647-0.341214.40778.81815.8730.13450.3370.3223-0.0187-0.52340.58460.0349-0.42670.38890.2488-0.01740.03510.62550.19180.3712-16.659173.9082101.8667
1121.0539-3.3184-10.90150.63251.43936.8423-0.41821.7009-0.9121-0.1006-0.26950.00270.3635-0.9680.68770.61730.11750.1220.6435-0.20210.3736-42.639182.7667115.9735
1220.5874-9.7729-0.40538.6733-0.58463.40670.31611.1925-1.1745-0.3738-0.29332.09320.5913-0.7127-0.02270.2244-0.0978-0.09010.4732-0.13320.7635-74.654390.252128.7797
1318.70879.00876.220918.89650.383720.1086-1.0794-1.92983.77292.3252-0.544-1.429-2.31931.00931.62351.8188-0.5638-0.4181.1419-0.28042.1256-15.7763157.0451156.1243
1417.70361.5103-3.750821.0271.111720.99820.3441-1.75911.03371.08020.04170.4967-2.0237-0.4128-0.38580.7002-0.33610.22510.8576-0.1520.5703-27.2424147.2745154.4942
159.15592.80673.90942.75591.51114.03680.09950.00030.68610.1842-0.14640.0429-0.4096-0.27490.04690.30150.11760.01830.215-0.00840.1541-51.7124128.2129143.8933
1615.080511.98883.126115.46542.18932.1980.2465-0.04740.01840.2914-0.11341.8889-0.1365-0.7563-0.13320.1990.1718-0.0340.51710.05060.6919-78.8847110.4228130.1346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4A177 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6B71 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7B108 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8B177 - 265
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10C71 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11C108 - 176
12X-RAY DIFFRACTION12C177 - 265
13X-RAY DIFFRACTION13D2 - 70
14X-RAY DIFFRACTION14D71 - 107
15X-RAY DIFFRACTION15D108 - 176
16X-RAY DIFFRACTION16D177 - 265

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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