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- PDB-4j7h: Crystal structure of EvaA, a 2,3-dehydratase in complex with dTDP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7h
タイトルCrystal structure of EvaA, a 2,3-dehydratase in complex with dTDP-benzene and dTDP-rhamnose
要素EvaA 2,3-dehydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Nudix hydrolase superfamily / dehydration
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-glucopyranose 2,3-dehydratase / antibiotic biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
EvaA sugar 2,3-dehydratase subunit / dTDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-glucopyranose 2,3-dehydratase / dTDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-glucopyranose 2,3-dehydratase superfamily / NDP-hexose 2,3-dehydratase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TLO / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-4-dehydro-6-deoxy-alpha-D-glucopyranose 2,3-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Holden, H.M. / Kubiak, R.L. / Thoden, J.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of EvaA: A Paradigm for Sugar 2,3-Dehydratases.
著者: Kubiak, R.L. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EvaA 2,3-dehydratase
B: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,42712
ポリマ－106,0022
非ポリマー2,42610
水14,376798
1
A: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子

A: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,55114
ポリマ－106,0022
非ポリマー2,55012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area33760 Å2
手法PISA
2
B: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子

B: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,30310
ポリマ－106,0022
非ポリマー2,3028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area33820 Å2
手法PISA
3
A: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子

A: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子

B: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子

B: EvaA 2,3-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,85424
ポリマ－212,0034
非ポリマー4,85120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1/2,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area17500 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area66500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.681, 108.635, 110.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 EvaA 2,3-dehydratase / PCZA361.3


分子量: 53000.762 Da / 分子数: 2 / 変異: R381A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
株: NRRL 18098 / 遺伝子: EvaA / プラスミド: pET-28JT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O52793
#2: 化合物 ChemComp-TLO / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phenoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]thymidine / thymidine diphosphate phenol


分子量: 478.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O11P2
#3: 化合物 ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス


分子量: 548.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O15P2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月9日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→110.13 Å / Num. all: 135159 / Num. obs: 135159 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 55.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 12455 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→110.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.439 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19072 6793 5 %RANDOM
Rwork0.16468 ---
obs0.166 128340 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→110.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 0 156 798 8067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2471.96310307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.365907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08823.255384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.267151163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3061574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1381.54485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.35327284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.39833054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.74.53011
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 422 -
Rwork0.202 8268 -
obs--85.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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