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万見
- PDB-4j61: Crystal structure of Ribonuclease A soaked in 40% Cyclopentanone:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j61
タイトルCrystal structure of Ribonuclease A soaked in 40% Cyclopentanone: One of twelve in MSCS set
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Endoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclopentanone / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Kearney, B.M. / Dechene, M. / Swartz, P.D. / Mattos, C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: DRoP: A program for analysis of water structure on protein surfaces
著者: Kearney, B.M. / Roberts, D. / Dechene, M. / Swartz, P.D. / Mattos, C.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1416
ポリマ－13,7081
非ポリマー4335
水1,838102
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子

A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,28212
ポリマ－27,4172
非ポリマー86510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2560 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.462, 63.462, 63.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

21A-365-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MFW / cyclopentanone / シクロペンタノン


分子量: 84.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35% ammonium sulfate, 1.5 M sodium chloride, 35 mg/mL protein in 20 mM sodium phosphate buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月15日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. all: 17106 / Num. obs: 17106 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.349 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.69-1.7510.10.60616620.8551100
1.75-1.8210.80.46416990.9311100
1.82-1.9110.33116790.9591100
1.9-2110.20716930.9861100
2-2.13110.14516931.0671100
2.13-2.29110.10916941.1321100
2.29-2.5211.10.08717091.2651100
2.52-2.89110.06817251.481100
2.89-3.6410.20.04917311.8041100
3.64-5010.40.04918212.962199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RPH

1rph


解像度: 1.69→41.675 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1709 10.01 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
all0.1776 17081 --
obs0.1776 17080 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.24 Å2 / Biso mean: 23.3661 Å2 / Biso min: 10.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→41.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 29 102 1082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1821340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.056386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6903-1.740.21311390.188512621401
1.74-1.79620.23291430.196612681411
1.7962-1.86040.23541410.182912461387
1.8604-1.93490.22571380.179112631401
1.9349-2.02290.17681420.170312651407
2.0229-2.12960.19491390.162212741413
2.1296-2.2630.21851430.168312661409
2.263-2.43770.20731380.173412851423
2.4377-2.6830.19681420.178412751417
2.683-3.07110.19951420.186712911433
3.0711-3.86890.16421480.163213031451
3.8689-41.68790.18481540.181513731527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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