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- PDB-4j5m: Structure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Vb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j5m
タイトルStructure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Vb
要素Unconventional myosin-Vb
キーワードPROTEIN TRANSPORT / intracellular traffic / organelles / vesicles / human myosin Vb
機能・相同性
機能・相同性情報


apical cortex / myosin complex / endosomal transport / microfilament motor activity / renal water homeostasis / vesicle-mediated transport / cytoplasmic vesicle membrane / actin filament organization / small GTPase binding / actin filament binding ...apical cortex / myosin complex / endosomal transport / microfilament motor activity / renal water homeostasis / vesicle-mediated transport / cytoplasmic vesicle membrane / actin filament organization / small GTPase binding / actin filament binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein transport / actin cytoskeleton / calmodulin binding / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin 5b, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Myosin 5b, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Unconventional myosin-Vb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Nascimento, A.F.Z. / Trindade, D.M. / Mahajan, P. / Berridge, G. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Tonoli, C.C.C. / Assis, L.H.P. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into Functional Overlapping and Differentiation among Myosin V Motors.
著者: Nascimento, A.F. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C. / de Giuseppe, P.O. / Assis, L.H. / Honorato, R.V. / de Oliveira, P.S. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Larson, R.E. / Murakami, M.T.
履歴
登録2013年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-Vb
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6343
ポリマ－45,5101
非ポリマー1242
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.093, 78.200, 151.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2194-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-Vb


分子量: 45510.414 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Globular Tail / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1119, MYO5B / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) (Rosetta 2) / 参照: UniProt: Q9ULV0
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月17日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 25401 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.57
反射 シェル解像度: 2.07→2.1108 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAdata acquisition softwareデータ収集
Rosettaモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→49.006 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 -5.09 %
Rwork0.1894 --
obs0.1915 25401 97.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.88 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6466 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.915 Å2-0 Å2
3---0.2684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→49.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 0 8 206 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9924102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8861153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.11080.33571430.28642239X-RAY DIFFRACTION82
2.1108-2.15670.27661250.26322505X-RAY DIFFRACTION93
2.1567-2.20690.30711370.25132650X-RAY DIFFRACTION99
2.2069-2.26210.27541580.2232722X-RAY DIFFRACTION99
2.2621-2.32330.23691380.2172638X-RAY DIFFRACTION99
2.3233-2.39160.26211130.21252720X-RAY DIFFRACTION99
2.3916-2.46880.24381500.2152672X-RAY DIFFRACTION98
2.4688-2.5570.2241540.19552615X-RAY DIFFRACTION98
2.557-2.65940.24211240.19772703X-RAY DIFFRACTION99
2.6594-2.78040.26891660.1912652X-RAY DIFFRACTION99
2.7804-2.9270.24431590.18892664X-RAY DIFFRACTION99
2.927-3.11040.24021510.18912657X-RAY DIFFRACTION98
3.1104-3.35050.16951310.18492691X-RAY DIFFRACTION98
3.3505-3.68760.22231400.17842663X-RAY DIFFRACTION98
3.6876-4.22090.20441490.15252616X-RAY DIFFRACTION98
4.2209-5.31690.21311390.15172678X-RAY DIFFRACTION98
5.3169-49.01990.21831250.18962664X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5216-1.47960.98535.3446-2.6774.4053-0.0186-0.4761-0.28361.05740.33210.5738-0.4855-0.1556-0.18480.386-0.00510.11490.26630.03650.167328.911616.818277.3568
20.77421.2884-0.4095.4299-2.27131.50440.0375-0.095-0.10130.15920.05520.08580.0195-0.0551-0.04570.1208-0.02470.00710.1750.0050.110134.566320.794662.6156
30.43530.5982-0.3213.1316-1.59212.56210.0868-0.07840.05360.603-0.1213-0.1488-0.48760.040.00570.1269-0.0321-0.00570.1427-0.03390.11743.290547.927753.8443
41.94231.5277-1.49943.8482-2.41273.65060.1198-0.01360.05650.1881-0.0741-0.2123-0.318-0.0276-0.02290.09550.00380.04160.1654-0.01230.198751.525154.680638.9543
54.27221.6961-2.14281.1620.31673.8907-1.06330.4048-1.1141-0.72780.4636-0.72431.1718-0.35330.37340.414-0.12720.17290.273-0.08410.399750.67949.958326.1114
61.24730.7127-0.41014.3998-4.48415.3785-0.2377-0.0263-0.10450.3834-0.0894-0.5912-0.35380.20560.32440.2152-0.0043-0.02490.1232-0.02770.136842.295129.47353.5832
76.7278-4.42661.34135.5998-2.57193.0127-0.4432-1.21850.27061.49640.48430.1857-0.91610.1372-0.00610.6073-0.00210.15630.4636-0.03640.22531.356718.238380.6893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1459:1499)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 1500:1622)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 1623:1725)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 1726:1790)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 1791:1810)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 1811:1830)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 1831:1848)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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