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- PDB-4j5l: Structure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Va -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j5l
タイトルStructure of the Cargo Binding Domain from Human Myosin Va
要素Unconventional myosin-Va
キーワードPROTEIN TRANSPORT / human Myosin Va / C-terminal globular tail / intracellular traffic / vesicles
機能・相同性
機能・相同性情報


post-Golgi vesicle-mediated transport / insulin-responsive compartment / melanosome transport / actin filament-based movement / filopodium tip / vesicle transport along actin filament / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / myosin complex / microfilament motor activity / Insulin processing ...post-Golgi vesicle-mediated transport / insulin-responsive compartment / melanosome transport / actin filament-based movement / filopodium tip / vesicle transport along actin filament / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / myosin complex / microfilament motor activity / Insulin processing / vesicle-mediated transport / ruffle / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / small GTPase binding / cellular response to insulin stimulus / actin filament binding / actin cytoskeleton / melanosome / protein transport / growth cone / calmodulin binding / neuron projection / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-Va
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nascimento, A.F.Z. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C.C. / Assis, L.H.P. / Mahajan, P. / Berridge, G. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2013
タイトル: Structural Insights into Functional Overlapping and Differentiation among Myosin V Motors.
著者: Nascimento, A.F. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C. / de Giuseppe, P.O. / Assis, L.H. / Honorato, R.V. / de Oliveira, P.S. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Larson, R.E. / Murakami, M.T.
履歴
登録2013年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-Va
B: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6704
ポリマ-93,4782
非ポリマー1922
1,65792
1
A: Unconventional myosin-Va


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7391
ポリマ-46,7391
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9313
ポリマ-46,7391
非ポリマー1922
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.799, 79.494, 94.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-Va / Dilute myosin heavy chain / non-muscle / Myosin heavy chain 12 / Myosin-12 / Myoxin


分子量: 46739.176 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal Globular Tail / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYH12, MYO5A / プラスミド: pET28a-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) (Rosetta 2) / 参照: UniProt: Q9Y4I1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M bis-tris, 22% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月24日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.356 Å / Num. obs: 41574 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.2506 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
NatXraysoftwareデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.356 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 2098 5.05 %
Rwork0.2051 --
obs0.2081 41574 99.46 %
all-23270 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.183 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7938 Å2-0 Å2-11.3664 Å2
2---6.7624 Å20 Å2
3---0.9686 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5830 0 10 92 5932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5988022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4562275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25060.41571340.38972460X-RAY DIFFRACTION94
2.2506-2.30680.40891450.32542637X-RAY DIFFRACTION100
2.3068-2.36920.31791440.28542606X-RAY DIFFRACTION100
2.3692-2.43890.32231260.26262630X-RAY DIFFRACTION100
2.4389-2.51760.32551300.24912685X-RAY DIFFRACTION100
2.5176-2.60760.28841330.23972638X-RAY DIFFRACTION100
2.6076-2.7120.31161240.2342637X-RAY DIFFRACTION100
2.712-2.83540.2711370.23582656X-RAY DIFFRACTION100
2.8354-2.98480.26261480.23472611X-RAY DIFFRACTION100
2.9848-3.17170.29511420.2242650X-RAY DIFFRACTION100
3.1717-3.41650.28071670.20942630X-RAY DIFFRACTION100
3.4165-3.76010.24061450.1862636X-RAY DIFFRACTION100
3.7601-4.30360.25561370.1682661X-RAY DIFFRACTION100
4.3036-5.41980.22761340.15932678X-RAY DIFFRACTION100
5.4198-39.36260.21921520.18212661X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8122-1.9987-0.68277.3744-1.12752.211-0.02790.0148-0.08460.1672-0.2846-1.74670.11470.6307-0.98130.82420.2952-0.59070.3284-0.23281.338115.2604-23.654123.1657
23.7341-1.71830.00625.79274.33285.3320.10580.7141-0.67071.47780.02680.01191.660.2178-0.51830.8042-0.0833-0.42330.42110.03511.04042.1665-23.846630.7265
33.07330.17630.55124.30481.40592.57850.49730.0014-0.85980.40330.4711-0.98130.84910.28-0.46630.45290.0834-0.31830.2981-0.12360.80658.6576-17.094127.0703
44.1596-1.2435-1.02299.3654.86037.58150.4453-0.5389-0.80750.9328-0.1350.57280.6582-0.1635-0.11820.5062-0.1439-0.13670.47740.03430.5219-4.3482-11.441133.5526
53.0282-0.4944-0.11975.48861.59032.86730.25410.2051-0.45-0.40270.1431-0.92420.14680.3665-0.41130.26010.01110.01610.3339-0.12710.64558.9596-5.718625.9548
62.9303-0.19050.07570.47670.59360.7460.37380.0821-0.5965-0.61060.4144-2.588-0.73821.1353-0.12320.28350.00830.20380.7388-0.65131.320416.8953-12.266615.7243
71.6845-1.7919-0.73667.01845.05548.53650.09420.0989-0.4281-0.3413-0.54170.5646-0.1463-0.7175-0.05970.2384-0.0641-0.05250.43360.0170.3401-2.31060.333631.2747
86.11641.63230.42048.20823.11593.84580.0623-0.79411.04432.140.54520.00150.6310.6036-0.09870.79310.1279-0.09630.5483-0.03710.3536-1.065918.564954.1278
93.89990.050.79173.66782.52163.71160.0106-0.29950.51671.096-0.4339-0.47110.329-0.5024-0.30950.98520.0718-0.22080.54370.09350.67241.76720.991858.7975
101.2494-0.37210.32315.70443.88113.95540.0458-0.3498-0.23271.32280.5527-1.49990.4386-0.2085-0.49190.62850.1222-0.25080.4346-0.04580.5347.3186.006446.6822
112.9284-2.8114-1.19058.6052.72072.7581-0.0821-0.4996-0.2606-0.13110.328-0.0615-0.05460.3764-0.17820.25680.0097-0.03080.2955-0.02550.3078-0.430216.176240.3674
122.9253-3.7464-1.56138.38633.81243.15080.3033-0.8123-0.0130.31360.6142-1.2936-0.03510.7149-0.29370.4050.0436-0.22090.3639-0.08150.55526.793723.73848.6691
133.9992-2.4346-0.04673.77571.70932.81010.09160.34480.2948-0.39610.2023-1.6741-0.11380.6368-0.47770.3699-0.03980.10570.4617-0.09910.63099.85217.751536.5335
142.1878-1.55970.34818.64042.49123.66870.05240.17490.15550.0206-0.5036-0.2048-0.78720.2672-0.2660.2763-0.03680.04260.30580.01740.30111.048833.568244.4182
152.7590.34620.58033.01843.71684.64970.06970.25820.3905-0.5813-0.0342-0.8653-1.16690.4977-0.24110.5879-0.1264-0.01810.31250.05720.46690.055441.109738.4801
161.78170.33751.05916.08483.7594.1512-0.037-0.30490.3590.4604-0.1417-0.11090.178-0.34220.14470.33340.0139-0.00580.2306-0.01560.2601-7.717536.703948.6346
174.4985-1.2112-0.08457.22241.89728.85920.32510.15320.0895-1.0117-0.31920.056-1.5023-0.66640.23050.64870.0566-0.13010.32820.01950.3389-8.972643.092338.5837
183.8434-1.10350.0212.62472.96923.61380.31820.355-0.5108-1.02810.03351.2079-0.23840.27340.23750.478-0.015-0.09490.3885-0.08470.282-9.241422.075533.7674
191.5842-0.39320.10313.05511.6281.72130.3193-0.3747-0.52960.28750.4441-1.93070.09350.4933-0.64960.30990.004-0.14730.4956-0.22290.81413.3383-7.541428.7425
202.6029-1.6280.80286.17344.35445.53370.78570.3163-0.80740.6439-0.0608-1.95641.01311.1872-0.6381.1730.2189-0.4640.6199-0.03361.19313.0878-26.142929.9594
212.7034-0.1856-0.54026.02450.19174.5183-0.3918-0.36720.70220.0973-0.13611.1166-0.7795-0.56040.32150.51710.1322-0.11210.5751-0.09180.4773-31.993524.738627.671
223.83040.10951.29386.72062.06215.1385-0.0058-0.03010.4362-0.1353-0.31850.6745-0.4261-0.52510.42530.44720.1453-0.06310.3972-0.01210.3353-26.367225.873422.4668
232.40741.24890.86717.58812.32382.5910.1706-0.34540.11420.5555-0.50410.87160.1255-0.29060.21510.30620.04330.02440.3925-0.05180.2197-23.411616.016130.5838
244.55520.02220.41043.5822-0.91943.1629-0.1240.1085-0.27360.8059-0.14882.00410.2357-1.22260.34710.5301-0.1431-0.0210.6064-0.06440.5527-29.20782.875321.052
251.71690.48180.64915.18150.86941.8667-0.19540.27490.2211-0.4880.1345-0.045-0.54540.03340.18460.39710.0409-0.01910.3377-0.00670.1759-20.771618.76716.9251
267.6901-1.4621.22228.1771-0.65595.7258-0.002-0.51830.4681-1.0825-0.371-0.8293-1.19290.44230.00971.0408-0.05490.1220.7020.01420.6531-10.790228.222310.0735
272.32120.60520.51072.70571.34442.5416-0.10480.23360.2251-0.1912-0.0098-0.2783-0.52180.07860.09690.4351-0.0172-0.04150.35230.06130.2265-16.511219.650419.6975
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402.26840.9499-0.6797.7759-2.14646.5312-0.4054-0.38691.011-0.5076-0.25971.1215-0.4829-1.33030.28260.71480.6879-0.02540.76480.04370.6141-35.349631.12924.2844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1473:1479)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 1480:1493)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 1494:1533)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 1534:1549)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 1550:1579)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 1580:1595)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 1596:1623)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 1624:1634)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 1635:1657)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 1658:1680)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 1681:1709)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 1710:1732)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 1733:1745)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 1746:1758)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 1759:1774)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 1775:1793)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 1794:1811)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 1812:1824)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 1825:1847)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 1848:1855)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 1472:1496)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 1497:1527)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 1528:1546)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 1547:1554)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 1555:1573)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 1574:1580)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 1581:1616)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 1617:1635)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 1636:1680)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 1681:1707)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 1708:1713)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 1714:1735)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 1736:1742)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 1743:1783)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 1784:1788)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 1793:1797)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 1798:1816)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 1817:1827)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN B AND RESID 1828:1849)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN B AND RESID 1850:1855)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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