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- PDB-4j4c: Structure of P51G Cyanovirin-N swapped dimer in the P3221 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4c
タイトルStructure of P51G Cyanovirin-N swapped dimer in the P3221 space group
要素Cyanovirin-N
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CVNH fold / carbohydrate binding protein / antiviral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
HIV-inactivating Protein, Cyanovirin-n / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N / Cyanovirin-N superfamily / CVNH domain / CVNH / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Koharudin, L.M.I. / Liu, L. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Different 3D domain-swapped oligomeric cyanovirin-N structures suggest trapped folding intermediates.
著者: Koharudin, L.M. / Liu, L. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2013年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanovirin-N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9821
ポリマ－10,9821
非ポリマー00
水1,54986
1
A: Cyanovirin-N

A: Cyanovirin-N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9642
ポリマ－21,9642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6480 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.928, 47.928, 78.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

HOH

21A-286-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyanovirin-N / CV-N


分子量: 10982.026 Da / 分子数: 1 / 変異: P51G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc ellipsosporum (バクテリア)
プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P81180
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% w/v PEG8000, 0.1 M sodium phosphate/citrate, pH 4.2, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月12日 / 詳細: HF VariMax
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.73 Å / Num. all: 8694 / Num. obs: 8659 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 14.28 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 14.17 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 612 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EZM

3ezm


解像度: 1.9→36.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.286 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 412 4.8 %RANDOM
Rwork0.19389 ---
obs0.19539 8246 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.29 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数768 0 0 86 854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9391074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.54526.31638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05515139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.683153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.581.5503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9172811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4183288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0914.5261
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 24 -
Rwork0.21 588 -
obs-588 98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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