PDB-4j4a: Crystal Structure of Engineered Trimeric Cortexillin-1 Coiled-Coi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j4a

タイトル

Crystal Structure of Engineered Trimeric Cortexillin-1 Coiled-Coil Variant

要素

Cortexillin-1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / trimer / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

lateral part of motile cell / sorocarp stalk morphogenesis / negative regulation of protein localization to cell cortex / actomyosin contractile ring contraction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled cAMP receptor signaling pathway / regulation of myosin II filament assembly / chemotaxis to cAMP / protein localization to cleavage furrow / cell trailing edge / positive regulation of cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6499 Å

データ登録者

Bjelic, S. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the oligomerization-state switch from a dimer to a trimer of an engineered cortexillin-1 coiled-coil variant.
著者: Bjelic, S. / Wieser, M. / Frey, D. / Stirnimann, C.U. / Chance, M.R. / Jaussi, R. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.

履歴

登録	2013年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j4a.cif.gz	133.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j4a.ent.gz	111.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4j4a_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j4a_full_validation.pdf.gz	503 KB	表示
XML形式データ	4j4a_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	4j4a_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2p32-2 2p32-1 2p32-5 2p32-6 2kub-d 1m7k-d 3fxe-d 2p32-3 2p32-4 2vsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cortexillin-1

B: Cortexillin-1

C: Cortexillin-1

D: Cortexillin-1

E: Cortexillin-1

F: Cortexillin-1

G: Cortexillin-1

H: Cortexillin-1

I: Cortexillin-1

J: Cortexillin-1

K: Cortexillin-1

L: Cortexillin-1

ヘテロ分子

37.7 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cortexillin-1

B: Cortexillin-1

C: Cortexillin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.48 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Cortexillin-1

E: Cortexillin-1

F: Cortexillin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.48 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Cortexillin-1

H: Cortexillin-1

I: Cortexillin-1

登録者が定義した集合体
9.39 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Cortexillin-1

K: Cortexillin-1

L: Cortexillin-1

登録者が定義した集合体
9.39 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.880, 78.050, 114.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	Cortexillin-1 / Cortexillin I 分子量: 3128.816 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: ctxA, DDB_G0289483 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) crystal / 参照: UniProt: Q54HG2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.85 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 46235 / Num. obs: 46230 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1042	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6499→46.288 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8169 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2578	4640	10.04 %	Ramdom
R_work	0.2129	-	-	-
all	0.2578	46235	-	-
obs	0.2174	46230	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.64 Å² / B_iso mean: 32.7673 Å² / B_iso min: 11.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6499→46.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2330	0	10	184	2524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.542	3261
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.88	1044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6499-1.6686	0.3075	139	0.2777	1383	1522
1.6686-1.6883	0.2851	161	0.2694	1360	1521
1.6883-1.7089	0.3209	148	0.2677	1355	1503
1.7089-1.7305	0.3029	166	0.2553	1359	1525
1.7305-1.7533	0.3356	158	0.2542	1352	1510
1.7533-1.7773	0.3138	169	0.2404	1347	1516
1.7773-1.8027	0.2666	158	0.2367	1376	1534
1.8027-1.8296	0.2648	158	0.2401	1364	1522
1.8296-1.8582	0.2388	136	0.2276	1357	1493
1.8582-1.8886	0.2566	145	0.2324	1398	1543
1.8886-1.9212	0.3386	173	0.2787	1345	1518
1.9212-1.9561	0.2988	159	0.2515	1363	1522
1.9561-1.9938	0.2605	153	0.223	1392	1545
1.9938-2.0345	0.2403	140	0.2147	1353	1493
2.0345-2.0787	0.2615	137	0.2115	1407	1544
2.0787-2.1271	0.233	155	0.207	1370	1525
2.1271-2.1803	0.2564	156	0.2168	1374	1530
2.1803-2.2392	0.2552	167	0.2202	1358	1525
2.2392-2.3051	0.271	150	0.2136	1393	1543
2.3051-2.3795	0.2565	156	0.1961	1372	1528
2.3795-2.4645	0.2481	162	0.2025	1412	1574
2.4645-2.5632	0.2859	148	0.2142	1361	1509
2.5632-2.6798	0.2536	164	0.2061	1386	1550
2.6798-2.8211	0.253	136	0.2152	1410	1546
2.8211-2.9978	0.2812	146	0.2089	1429	1575
2.9978-3.2292	0.2461	151	0.2152	1406	1557
3.2292-3.5541	0.2559	159	0.2019	1411	1570
3.5541-4.0681	0.2248	161	0.1866	1414	1575
4.0681-5.1244	0.188	149	0.1819	1457	1606
5.1244-46.3067	0.3153	180	0.2356	1526	1706

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8426	-4.5512	-4.0546	8.1771	3.005	2.8299	0.0499	0.3447	-0.2086	0.2901	-0.517	0.8159	0.2907	-0.469	0.3505	0.2674	-0.0628	0.1106	0.2187	-0.0861	0.3738	34.0524	159.3159	243.9235
2	6.7898	-1.3916	-0.3948	2.7809	0.956	6.4147	0.2674	-0.8792	0.02	0.9448	-0.3497	0.8853	0.168	-0.5413	0.0985	0.3113	-0.0889	0.1174	0.2861	-0.0502	0.3567	34.4106	151.6418	240.6234
3	9.9316	4.7511	-0.2469	2.7969	1.3586	4.2487	-0.0629	0.2425	-0.3419	0.2996	-0.1661	0.5905	0.5321	-0.1273	0.013	0.238	-0.0665	0.0171	0.2308	-0.0508	0.3484	36.0648	145.2119	235.5314
4	4.2769	-1.1982	4.7265	5.6327	-5.6905	8.8196	0.5645	0.9443	-0.5728	-0.1993	-0.4201	-0.186	0.0249	0.9486	0.2169	0.482	0.0031	-0.1234	0.3249	-0.1165	0.5225	37.3275	137.446	233.3536
5	1.7503	2.57	1.8594	4.1667	1.4107	7.9936	-0.8791	-0.2829	0.5367	0.8446	0.3237	0.0934	-0.83	0.3902	0.4573	0.6987	-0.0619	-0.1192	0.3676	-0.0021	0.4351	32.9689	128.7316	227.2066
6	3.1565	0.635	0.857	2.0345	-0.7135	1.0721	0.0166	-0.111	0.127	-0.0035	-0.191	-0.0019	-0.025	0.0417	0.2235	0.2175	0.0025	0.0067	0.2136	-0.0124	0.1609	40.0487	164.6293	235.4994
7	4.4411	-0.0944	1.299	6.9407	0.5385	4.4909	0.155	0.2507	-0.2567	0.2067	-0.3	0.9297	0.0695	-1.036	0.1862	0.224	-0.0166	0.0396	0.2852	-0.0417	0.2377	36.1178	158.6985	232.2122
8	9.0457	3.1636	4.7322	3.9706	-2.4152	8.7846	0.4934	0.3674	-0.7371	-0.3261	-0.1392	0.2273	0.7162	-0.0004	0.0375	0.2636	0.0081	0.0131	0.3219	-0.1275	0.3753	34.7661	151.531	228.0053
9	3.886	-1.129	3.6893	2.4289	-0.9882	3.5161	0.2494	0.3803	-0.4177	-0.8745	0.5295	-0.2901	0.4603	-0.3154	0.0173	0.401	-0.0643	-0.0933	0.5477	-0.1962	0.4765	31.0074	143.9714	224.8067
10	1.2898	-1.1442	-1.061	1.1113	0.6392	1.9275	-0.1446	0.1685	-0.3117	-0.5635	0.6044	-0.7681	0.2557	0.2828	1.6499	0.5941	-0.0693	0.0305	0.3293	-0.3858	0.8462	30.3293	138.3849	225.9546
11	7.2139	3.292	4.1561	5.8313	1.7239	3.6801	-0.0157	-0.1593	0.2629	0.2615	0.0784	0.1589	-0.0198	-0.0295	-0.0291	0.1946	0.0278	0.0387	0.2372	0.0167	0.2074	45.601	157.9259	243.5267
12	4.0763	-0.2765	0.9804	2.6235	3.7403	7.7995	0.1681	0.1683	-0.1476	-0.4755	0.0279	-0.4336	0.0269	0.0249	-0.0477	0.2293	-0.0085	0.0448	0.1654	0.0105	0.2142	45.4694	152.0196	235.2398
13	2.8337	-0.3695	-3.0046	1.7642	1.8303	8.3753	-0.0241	-0.3415	-1.1717	-0.4121	-0.4725	-0.4062	0.5693	-0.0149	0.2814	0.4227	-0.0292	0.0972	0.347	-0.0717	0.4085	43.3035	143.9409	227.3173
14	1.873	0.8855	0.4702	9.3797	3.8788	8.7053	0.2206	-0.7609	-1.2181	0.8593	-0.4164	-0.363	0.8505	0.1181	0.1118	0.2976	0.0185	-0.0364	0.293	0.0493	0.3596	56.6645	167.1535	254.0058
15	6.2461	0.7541	0.3614	6.6769	-4.9793	7.9749	0.2004	0.4462	-0.3686	-0.6968	-0.0927	-0.1183	0.5403	0.1114	-0.2031	0.23	0.0143	-0.0362	0.2698	-0.0652	0.2291	57.6076	172.3997	247.7
16	6.3588	2.8721	-1.1382	5.0419	-4.6371	4.7435	0.2835	-0.2798	0.4123	-0.5025	-0.2122	0.9957	-0.2666	0.2108	-0.1435	0.2773	0.0117	-0.0332	0.2949	-0.0323	0.265	60.431	179.1056	243.3912
17	5.8989	0.1062	0.6796	7.5341	-2.5205	5.9961	-0.0182	0.0866	-0.156	-0.4476	0.0369	-0.5258	0.7121	-0.4569	0.0774	0.3176	0.0091	0.0054	0.2457	-0.0313	0.1818	62.8356	183.4733	236.6755
18	2.5337	0.0099	-3.0234	0.6051	0.2635	4.5984	0.0897	-0.0885	0.0433	-0.0502	0.1678	0.1312	-0.2402	-0.0007	-0.1153	0.3264	0.0026	0.012	0.2099	0.0173	0.2742	65.9433	189.9731	232.0411
19	2.3217	2.2064	0.4298	2.1561	0.2051	0.8485	-0.3836	0.7573	-1.0408	-0.6963	0.6625	0.5753	-0.1334	-0.4848	-0.1686	0.4252	-0.0038	0.0153	0.6256	-0.1383	0.4979	62.1343	172.236	261.8352
20	0.6622	-1.2439	0.7051	8.5641	2.6571	4.9862	0.7358	-0.8471	0.1695	1.4886	-0.0373	0.2761	0.0617	0.3193	-0.5254	0.4954	-0.0351	0.0106	0.4053	-0.0616	0.226	60.1962	178.4555	257.5718
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52	6.9752	2.0974	-5.1912	0.761	-1.7563	6.2649	-0.3227	0.7472	-0.37	0.1782	-0.382	0.3379	0.8452	0.0497	0.3155	0.7902	0.07	0.2594	0.4796	-0.0006	0.5193	57.4508	158.0565	217.9037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain J and resid -1:4)	J	-1 - 4
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4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain J and resid 16:20)	J	16 - 20
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain J and resid 21:25)	J	21 - 25
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10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain K and resid 21:23)	K	21 - 23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain L and resid -1:4)	L	-1 - 4
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain L and resid 5:13)	L	5 - 13
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain L and resid 14:19)	L	14 - 19
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 11:15)	A	11 - 15
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 16:20)	A	16 - 20
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 21:25)	A	21 - 25
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 1:4)	B	1 - 4
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 5:9)	B	5 - 9
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 10:15)	B	10 - 15
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 16:20)	B	16 - 20
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 21:25)	B	21 - 25
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 1:5)	C	1 - 5
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 6:10)	C	6 - 10
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 11:15)	C	11 - 15
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 16:20)	C	16 - 20
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 21:25)	C	21 - 25
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain D and resid -1:7)	D	-1 - 7
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain D and resid 8:13)	D	8 - 13
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain D and resid 14:20)	D	14 - 20
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain D and resid 21:25)	D	21 - 25
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain E and resid -1:4)	E	-1 - 4
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain E and resid 13:18)	E	13 - 18
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain E and resid 19:22)	E	19 - 22
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain F and resid -1:4)	F	-1 - 4
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain F and resid 5:9)	F	5 - 9
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain F and resid 17:21)	F	17 - 21
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain G and resid 3:7)	G	3 - 7
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain G and resid 8:12)	G	8 - 12
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain G and resid 13:19)	G	13 - 19
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain G and resid 20:25)	G	20 - 25
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain H and resid 0:7)	H	0 - 7
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain H and resid 8:13)	H	8 - 13
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain H and resid 14:18)	H	14 - 18
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain H and resid 19:21)	H	19 - 21
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain I and resid 1:4)	I	1 - 4
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain I and resid 5:11)	I	5 - 11
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain I and resid 12:17)	I	12 - 17
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain I and resid 18:22)	I	18 - 22

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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