PDB-4j42: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant Y65F) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j42

タイトル

The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant Y65F) from Bacillus anthracis str. Sterne

要素

secreted protein EsxB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant Y65F) from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j42.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j42.ent.gz	60.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j42_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j42_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	4j42_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	4j42_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iyiS 4iyh 4j10 4j11 4j41 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iyh-2 1ez3-2 4iyi-1 4j41-3 4iyh-1 4iyi-2 3g9r-1 4j41-2 3ehq-1 5m2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: secreted protein EsxB

B: secreted protein EsxB

ヘテロ分子

21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.221, 76.221, 71.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	secreted protein EsxB 分子量: 10356.526 Da / 分子数: 2 / 変異: Y65F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 2M di-ammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→34 Å / Num. all: 61931 / Num. obs: 61931 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 40.7
反射シェル	解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3054 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IYI

4iyi

解像度: 1.28→33.619 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1739	3139	5.07 %	random
R_work	0.1625	-	-	-
obs	0.1631	61898	99.8 %	-
all	-	61898	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→33.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1287	0	22	139	1448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	1823
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.815	530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	193
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.3	0.2496	129	0.2546	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.3213	0.218	138	0.2176	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3213-1.3441	0.2361	154	0.197	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3441-1.3685	0.2346	123	0.1922	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3685-1.3949	0.1798	135	0.1867	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3949-1.4233	0.1757	141	0.1778	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4233-1.4543	0.1909	152	0.1739	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4543-1.4881	0.1826	136	0.168	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4881-1.5253	0.1818	140	0.1526	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5253-1.5666	0.1717	141	0.1538	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5666-1.6127	0.1735	137	0.1519	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6127-1.6647	0.154	152	0.152	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7242	0.1811	146	0.1557	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7242-1.7933	0.1631	136	0.1608	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7933-1.8749	0.1665	148	0.1555	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8749-1.9737	0.1719	141	0.159	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9737-2.0973	0.1513	150	0.15	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.2592	0.1597	145	0.1479	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2592-2.4865	0.1781	151	0.1586	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.8462	0.1727	147	0.1607	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8462-3.5852	0.1748	144	0.1556	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5852-33.6304	0.1713	153	0.1711	2754	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4531	0.142	0.4471	0.3153	-0.1872	5.2923	0.0321	-0.04	0.0047	0.0363	-0.0304	0.0467	-0.1357	0.0072	-0.0004	0.1485	0.0308	-0.0004	0.0666	-0.007	0.1308	-41.4835	13.6877	-10.1674
2	1.0922	-0.0941	-0.0343	1.6137	0.5306	2.0971	0.0639	-0.0001	0.0334	0.083	-0.0343	-0.0546	-0.0919	0.131	-0.0515	0.0849	-0.0147	-0.0004	0.0277	0.0036	0.1163	-33.5847	7.3207	-7.6235
3	0.831	0.0091	0.8254	1.1938	-0.7196	3.8923	0.0412	0.0572	0.0147	0.0125	-0.1004	-0.0537	0.0686	0.1272	0.0764	0.0903	0.0083	0.0082	0.0502	-0.0011	0.1101	-34.2746	14.1743	-16.9835
4	1.0006	-0.0066	0.3829	1.9233	-0.1058	4.9045	0.0577	-0.0412	0.0635	-0.0023	-0.039	0.0592	-0.2075	-0.4591	-0.0476	0.0908	0.0333	-0.0087	0.0504	-0.0016	0.1218	-42.5725	6.5037	-14.0218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 5 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 48 through 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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