PDB-4j3z: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j3z

タイトル

Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Jannaschia sp. CCS1

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Jannaschia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Jannaschia sp. CCS1
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2013年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j3z.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j3z.ent.gz	901.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/4j3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rcyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rcy-d 3t4w-1 4jn8-1 4jn7-1 3sqs-1 3sn4-1 3p93-d 2oo6-1 3thu-1 3go2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-200855

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

372 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.909, 126.626, 126.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

octameric

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme 分子量: 46471.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jannaschia sp. (バクテリア) / 株: CCS1 / 遺伝子: 3934113, Jann_1665 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q28RT0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.0 M Ammonium phosphate, 0.1 M citrate, pH 5.5, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日

放射

プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.747
1	1	h,-k,-l	2	0.091
1	1	-H, -L, -K	3	0.083
1	1	-H, L, K	4	0.079

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 140837 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.176 / Χ²: 1.318 / Net I/σ(I): 4.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	2.4	0.984	7148	1.245	1	96.9
2.54-2.59	2.4	0.879	7016	1.264	1	97.1
2.59-2.64	2.4	0.874	7039	1.266	1	96.5
2.64-2.69	2.4	0.785	7130	1.253	1	97.1
2.69-2.75	2.4	0.601	6997	1.238	1	96.7
2.75-2.82	2.4	0.622	7128	1.259	1	97.2
2.82-2.89	2.5	0.492	7022	1.233	1	96.9
2.89-2.96	2.5	0.451	7133	1.235	1	97
2.96-3.05	2.5	0.378	7088	1.236	1	97
3.05-3.15	2.5	0.309	7127	1.236	1	97.3
3.15-3.26	2.5	0.261	7058	1.238	1	97.1
3.26-3.39	2.5	0.209	7176	1.264	1	97.5
3.39-3.55	2.5	0.185	7094	1.284	1	97.1
3.55-3.73	2.4	0.136	6675	1.417	1	91
3.73-3.97	2.4	0.103	6517	1.496	1	89.9
3.97-4.27	2.5	0.096	6914	1.447	1	93.6
4.27-4.7	2.6	0.079	7070	1.393	1	96.6
4.7-5.38	2.5	0.083	7149	1.375	1	97.1
5.38-6.78	2.6	0.09	7186	1.31	1	96.8
6.78-50	2.6	0.052	7170	1.654	1	96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 47.24 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.88 Å
Translation	2.5 Å	44.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RCY

3rcy

解像度: 2.5→44.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.838 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.794 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.131 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2451	6920	5 %	RANDOM
R_work	0.2112	-	-	-
obs	0.213	137531	99.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.76 Å² / B_iso mean: 29.8057 Å² / B_iso min: 11.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.73 Å²	-0 Å²	3.5 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23476	0	0	1201	24677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	24207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.185	1.949	33097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.895	5	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.733	22.755	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.62	15	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.875	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	19018

LS精密化シェル

解像度: 2.496→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.156	465	-
R_work	0.118	9022	-
all	-	9487	-
obs	-	-	93.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0932	0.0239	-0.0077	0.0763	-0.0149	0.007	0.0139	0.003	-0.0063	0.0096	-0.011	-0.0046	0.003	0.0051	-0.0029	0.0096	0.0046	-0.006	0.0205	0.0008	0.005	47.1399	0.7454	42.5209
2	0.0852	-0.0031	0.0533	0.0395	0.0142	0.0722	0.0172	0.0017	-0.0057	-0.0116	-0.0036	-0.0059	0.0088	0.0007	-0.0136	0.0078	0.0054	-0.0003	0.016	-0.0009	0.0032	47.1617	19.7542	1.8769
3	0.0767	-0.0232	0.0258	0.0299	-0.0416	0.0674	0.0059	-0.0095	-0.0063	-0.0043	0.0004	0.0023	0.0075	-0.0072	-0.0063	0.0029	-0.006	-0.0004	0.0162	0.0016	0.0023	18.5386	14.1749	58.8087
4	0.1	0.0118	-0.0034	0.0368	0.0349	0.0394	0.0032	0.0038	-0.0039	-0.0042	-0.0026	0.0033	0.0002	-0.0041	-0.0006	0.0069	-0.003	-0.0056	0.0188	-0.0015	0.0054	18.5764	3.5852	15.1648
5	0.1221	0.0048	-0.0365	0.0053	0.0074	0.0545	0.0166	-0.0053	0.0028	0.0047	-0.0037	-0.0051	-0.0102	0.0096	-0.0129	0.0109	-0.0078	-0.003	0.016	-0.0011	0.0068	47.0312	41.2017	61.5594
6	0.0898	-0.0346	0.0117	0.0627	-0.008	0.0301	0.0169	0.0056	0.006	-0.0105	-0.0133	-0.0006	-0.0062	0.0074	-0.0036	0.0063	-0.0014	0.002	0.0201	0.0018	0.0016	47.1526	60.2558	20.9719
7	0.1134	0.018	0.0272	0.044	0.0389	0.0516	0.0028	-0.0074	0.0044	0.0071	-0.0014	0.0032	0.0009	-0.0055	-0.0014	0.0037	0.0035	0.0018	0.0173	-0.0013	0.0019	18.5522	57.5598	47.9993
8	0.0875	0.0057	-0.0054	0.0202	-0.0404	0.0924	0.0122	0.006	-0.0008	0.0041	-0.001	0.0043	-0.0127	-0.0112	-0.0111	0.0056	0.0071	0.0005	0.0162	0.002	0.0032	18.6675	46.7957	4.5506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 389
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 387
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 387
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 393
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 388
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 387
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 387
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 388

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)