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万見
- PDB-4j2u: Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase from Rhodobacter spha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2u
タイトルCrystal structure of an enoyl-CoA hydratase from Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / PSI-BIOLOGY / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium / alpha/beta fold / Hydratase / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase / 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / L-valine catabolic process / enoyl-CoA hydratase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Al Obaidi, N. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase from Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4842
ポリマ－79,4842
非ポリマー00
水3,549197
1
A: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7421
ポリマ－39,7421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Enoyl-CoA hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7421
ポリマ－39,7421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.336, 54.318, 103.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 39741.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: ATCC BAA-808, RHOS4_17590, RSP_0155 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3J1K7, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium sulfate,2% Ethylene glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 46416 / Num. obs: 46416 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2769 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.22 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24423 2329 5 %RANDOM
Rwork0.18843 ---
obs0.19117 44084 95.3 %-
all-44084 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å2-0.31 Å2
2--2.14 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 0 197 5333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9061.9847126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.931311657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6175679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16922.241232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03115778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021198
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 137 -
Rwork0.232 2282 -
obs--67.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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