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万見
- PDB-4j2c: GARP-SNARE Interaction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2c
タイトルGARP-SNARE Interaction
要素
  • Syntaxin-6
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Tethering complex
機能・相同性
機能・相同性情報


EARP complex / GARP complex / synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity ...EARP complex / GARP complex / synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / lipid transport / syntaxin binding / clathrin-coated vesicle / lysosomal transport / Golgi organization / endomembrane system / phagocytic vesicle / SNARE binding / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / autophagy / recycling endosome membrane / regulation of protein localization / protein transport / membrane => GO:0016020 / early endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 51 / Syntaxin 6, N-terminal / Syntaxin 6, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs ...Vacuolar protein sorting-associated protein 51 / Syntaxin 6, N-terminal / Syntaxin 6, N-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Syntaxin-6 / Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Abascal-Palacios, G. / Schindler, C. / Rojas, A.L. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the interaction of the Golgi-Associated Retrograde Protein Complex with the t-SNARE Syntaxin 6.
著者: Abascal-Palacios, G. / Schindler, C. / Rojas, A.L. / Bonifacino, J.S. / Hierro, A.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntaxin-6
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog
C: Syntaxin-6
D: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9824
ポリマ－28,9824
非ポリマー00
水9,134507
1
A: Syntaxin-6
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4912
ポリマ－14,4912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PISA
2
C: Syntaxin-6
D: Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4912
ポリマ－14,4912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.636, 45.660, 58.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Syntaxin-6


分子量: 12679.069 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43752
#2: タンパク質・ペプチド Vacuolar protein sorting-associated protein 51 homolog / Another new gene 2 protein / Protein fat-free homolog


分子量: 1812.053 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-49 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UID3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 18% PEG 3350, 100mM Ammonium Dihydrogen Phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.498
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19877 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.862.10.35818270.914191
1.86-1.942.60.26719720.941195.7
1.94-2.032.70.19219430.961197.2
2.03-2.132.80.12119971.033197.4
2.13-2.272.80.0919820.993197.8
2.27-2.442.80.07519901.007198.1
2.44-2.692.80.05620121.043198.2
2.69-3.082.80.0420210.949198.7
3.08-3.882.80.02820460.963198.8
3.88-502.70.02720871.046199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.801→41.636 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8527 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 1032 5.41 %
Rwork0.1531 --
obs0.1549 19085 93.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.997 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 37.94 Å2 / Biso mean: 20.7777 Å2 / Biso min: 11.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0125 Å2-0 Å20.5438 Å2
2---2.9039 Å20 Å2
3----1.1086 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→41.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 0 507 2437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8272654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.187738
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8021-1.89710.28091150.25282200231576
1.8971-2.01590.27281120.20752487259987
2.0159-2.17150.241330.19522608274189
2.1715-2.38990.22181610.16722592275390
2.3899-2.73540.20841380.16012692283092
2.7354-3.44530.17881590.13092719287893
3.4453-27.22190.15661720.11662780295293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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