PDB-4j11: The crystal structure of a secreted protein ESXB (wild-type, in P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j11

タイトル

The crystal structure of a secreted protein ESXB (wild-type, in P21 space group) from Bacillus anthracis str. sterne

要素

SECRETED PROTEIN ESXB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein / ESAT-6-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Secreted Protein Esxb (Wild-Type, in P21 Space Group) from Bacillus Anthracis Str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年2月13日	ID: 4IOG
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j11.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j11.ent.gz	130.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j11_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j11_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	4j11_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4j11_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/4j11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ioe PDB 未公開エントリS 4iyh 4iyi 4j10 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1y66-d 3b7b-1 6efb-d 3zcj-6 4j7j-d 6lh8-d 3b95-1 3t7i-3 6csv-1 5f7t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102106

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SECRETED PROTEIN ESXB

B: SECRETED PROTEIN ESXB

C: SECRETED PROTEIN ESXB

D: SECRETED PROTEIN ESXB

41.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SECRETED PROTEIN ESXB

B: SECRETED PROTEIN ESXB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SECRETED PROTEIN ESXB

D: SECRETED PROTEIN ESXB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	31.686, 132.846, 38.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SECRETED PROTEIN ESXB 分子量: 10372.526 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: STERNE / 遺伝子: BACILLUS ANTHRACIS, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SECRETED PROTEIN ESXB

分子量: 10372.526 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: STERNE / 遺伝子: BACILLUS ANTHRACIS, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS:HCL, 30% (W/V) PEG3000, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→31.3 Å / Num. all: 55739 / Num. obs: 55739 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 35.2
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 2344 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 4IOE

4ioe
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.44→31.3 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	2818	5.06 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.17	55667	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→31.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2802	0	0	477	3279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	4051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.818	1191
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4378-1.4626	0.2657	111	0.2056	1862	X-RAY DIFFRACTION	71
1.4626-1.4892	0.2026	116	0.1898	2604	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4892-1.5178	0.2375	152	0.1847	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5178-1.5488	0.2013	142	0.1779	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5488-1.5825	0.2313	133	0.1657	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5825-1.6193	0.1962	135	0.1619	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6193-1.6598	0.211	121	0.1656	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.7047	0.2329	156	0.1717	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7047-1.7548	0.2543	137	0.1777	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7548-1.8114	0.1855	144	0.1778	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8114-1.8762	0.2116	148	0.1711	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8762-1.9513	0.2	146	0.173	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9513-2.0401	0.1985	156	0.1724	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0401-2.1476	0.171	131	0.1569	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1476-2.2821	0.1736	142	0.1548	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2821-2.4583	0.1957	163	0.1579	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4583-2.7055	0.1868	142	0.1683	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7055-3.0967	0.2079	154	0.1727	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0967-3.9004	0.184	148	0.1575	2635	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9004-31.3524	0.2084	141	0.1834	2511	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5221	-0.9274	-2.9988	4.206	0.7559	8.9568	0.083	-0.1959	-0.033	0.1924	0.1254	0.6731	0.0232	-0.6668	-0.1819	0.1126	0.0097	0.0093	0.1822	0.0009	0.1546	-2.5282	26.5843	32.1361
2	0.031	0.861	0.3444	8.0294	1.2272	0.3706	-0.002	0.0115	-0.0333	-0.038	0.0564	-0.346	-0.0058	0.0359	-0.0634	0.0662	-0.0055	0.0261	0.0929	-0.0117	0.0978	4.7987	-1.1996	19.8501
3	0.481	1.7052	0.3781	4.6733	0.8918	-0.0043	-0.0621	0.0026	0.0073	-0.642	0.0552	-0.0896	-0.0354	0.0056	-0.0011	0.1815	-0.0183	0.0046	0.0893	-0.0008	0.0951	1.1685	4.4832	13.1578
4	0.2096	-0.3888	0.1826	6.2613	-0.7481	0.2645	0.0096	0.0184	-0.0516	0.0401	0.0183	0.2933	-0.0357	-0.032	-0.0222	0.0337	-0.0026	0.0039	0.0887	0.0002	0.0707	-2.5395	-5.9426	24.2734
5	0.2806	-0.2226	0.1731	8.2493	-1.425	0.5186	0.0006	-0.0191	-0.023	-0.1598	0.0623	0.5889	0.0147	-0.0428	-0.0822	0.0574	-0.0029	-0.0198	0.1042	-0.0044	0.1205	-7.6996	-6.6333	19.8949
6	0.4278	0.4664	-0.2257	1.6167	-0.0523	1.2435	-0.0475	-0.0157	-0.0456	0.113	0.0676	0.134	0.2131	-0.0677	-0.0146	0.053	-0.0112	-0.0022	0.0929	0.0061	0.0624	7.4624	23.3972	2.6626
7	0.8073	1.3297	-0.0179	8.2776	0.0784	0.7845	-0.0276	0.0524	-0.0725	-0.2545	0.0625	-0.0939	0.1941	0.0134	-0.0338	0.0919	0.0022	0.0063	0.1082	-0.0077	0.0372	11.5654	20.4621	-4.9414
8	0.8177	0.1416	0.0539	1.9843	1.0285	1.0324	-0.0415	-0.043	0.0851	0.0753	0.0861	-0.0959	-0.0319	-0.0438	-0.0356	0.0223	0.0057	-0.0048	0.1248	-0.0089	0.066	12.44	35.8136	6.27
9	0.8624	-0.1225	-0.1206	5.9583	1.1304	1.1462	-0.0429	0.022	-0.0765	0.3428	0.1312	-0.5657	0.198	0.0917	-0.0669	0.038	0.0211	-0.0278	0.149	-0.0163	0.114	19.6008	29.3983	2.9033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 45 through 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 45 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 1 through 39 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 40 through 86 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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