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万見
- PDB-4j0u: Crystal structure of IFIT5/ISG58 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0u
タイトルCrystal structure of IFIT5/ISG58
要素Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / IFIT5 structure / helix / antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA cap binding / poly(U) RNA binding / negative regulation of viral genome replication / ruffle membrane / Interferon alpha/beta signaling / actin cytoskeleton / apical part of cell / double-stranded DNA binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus ...RNA cap binding / poly(U) RNA binding / negative regulation of viral genome replication / ruffle membrane / Interferon alpha/beta signaling / actin cytoskeleton / apical part of cell / double-stranded DNA binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / tRNA binding / single-stranded RNA binding / innate immune response / RNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Liu, Y. / Liang, H. / Feng, F. / Yuan, L. / Wang, Y.E. / Crowley, C. / Lv, Z. / Li, J. / Zeng, S. / Cheng, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of IFIT5
著者: Liu, Y. / Liang, H. / Feng, F. / Yuan, L. / Wang, Y.E. / Crowley, C. / Lv, Z. / Li, J. / Zeng, S. / Cheng, G.
履歴
登録2013年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9341
ポリマ－55,9341
非ポリマー00
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.722, 71.529, 115.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5 / IFIT-5 / Interferon-induced 58 kDa protein / Retinoic acid- and interferon-inducible 58 kDa protein / P58


分子量: 55933.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13325
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 100mM HEPES, 150mM NaCl, 8% PEG3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9798
シンクロトロンDiamond I0420.9798
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2011年11月15日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年3月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DCMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DCMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.969→50 Å / Num. all: 37989 / Num. obs: 37930 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 4.8 / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.97-21,2100
2-2.041,2100
2.04-2.081,2100
2.08-2.121,2100
2.12-2.171,2100
2.17-2.221,2100
2.22-2.271,2100
2.34-2.41,2100
2.4-2.481,2100
2.48-2.571,2100
2.57-2.671,2100
2.67-2.81,2100
2.8-2.941,2100
2.94-3.131,2100
3.13-3.371,2100
3.37-3.711,2100
3.71-4.241,2100
5.35-501,298.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.969→36.725 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.835 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1918 5.27 %5
Rwork0.1933 ---
all0.1956 37989 --
obs0.1956 37930 95.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.666 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 172.84 Å2 / Biso mean: 39.7091 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5012 Å2-0 Å20 Å2
2---4.422 Å2-0 Å2
3---11.9232 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.969→36.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 0 0 380 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0385271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0561476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9694-2.01870.30371190.2342138225785
2.0187-2.07330.25591350.22562390252594
2.0733-2.13430.25411330.21762429256295
2.1343-2.20310.27691340.21582384251894
2.2031-2.28190.3361210.26322138225984
2.2819-2.37320.22941220.21112367248993
2.3732-2.48120.23791410.20442472261397
2.4812-2.6120.25091390.2062511265098
2.612-2.77560.241430.21992554269799
2.7756-2.98980.26281430.20242542268599
2.9898-3.29050.25121430.1952567271099
3.2905-3.76620.21051460.17125982744100
3.7662-4.74350.20861460.163726362782100
4.7435-36.73160.21871530.18382740289399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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