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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j01
タイトルCrystal Structure of Fischerella Transcription Factor HetR complexed with 29mer DNA target
要素
  • DNA (29-MER)
  • Transcription Factor HetR
キーワードTranscription/DNA / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-turn-helix / DNA-binding domain / transcription factor / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heterocyst development / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase S48, DNA-binding transcriptional activator HetR / HetR, C-terminal Hood domain / HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase family S48 / Heterocyst differentiation regulator C-terminal Hood domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heterocyst differentiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis (バクテリア)
Anabaena (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.246 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of complexes comprised of Fischerella transcription factor HetR with Anabaena DNA targets.
著者: Kim, Y. / Ye, Z. / Joachimiak, G. / Videau, P. / Young, J. / Hurd, K. / Callahan, S.M. / Gornicki, P. / Zhao, J. / Haselkorn, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription Factor HetR
B: Transcription Factor HetR
C: DNA (29-MER)
D: DNA (29-MER)
E: Transcription Factor HetR
F: Transcription Factor HetR
G: DNA (29-MER)
H: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,6859
ポリマ－176,5898
非ポリマー961
水1448
1
A: Transcription Factor HetR
B: Transcription Factor HetR
C: DNA (29-MER)
D: DNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2944
ポリマ－88,2944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19360 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area40010 Å2
手法PISA
2
E: Transcription Factor HetR
F: Transcription Factor HetR
G: DNA (29-MER)
H: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3915
ポリマ－88,2944
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20080 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.157, 182.182, 78.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細As in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Transcription Factor HetR


分子量: 35233.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella thermalis (バクテリア)
株: PCC 7521 / 遺伝子: hetR / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q2ACK9*PLUS
#2: DNA鎖
DNA (29-MER)


分子量: 8913.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the DNA sequence occurs in Anabaena / 由来: (合成) Anabaena (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % PEG 2000MME, 100 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.246→50 Å / Num. all: 33964 / Num. obs: 33964 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 79.4 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.246→3.31 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1542 / Rsym value: 0.779 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
REFMAC精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4IZZ

4izz


解像度: 3.246→35.904 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1739 5.15 %random
Rwork0.241 ---
all0.235 33750 --
obs0.235 33750 97.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 138.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.246→35.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9656 2364 5 8 12033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83317438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5554980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041840
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.2461-3.34160.36581300.3242381251183
3.3416-3.44930.33821390.31712602274190
3.4493-3.57250.35271260.31732681280793
3.5725-3.71540.32361610.31222712287394
3.7154-3.88430.30231390.30312716285595
3.8843-4.08880.33971430.29012721286495
4.0888-4.34460.2921350.26612752288795
4.3446-4.67940.27161400.24882682282294
4.6794-5.14910.28281490.23882703285294
5.1491-5.89130.26091400.22522730287094
5.8913-7.41170.27431490.22992690283993
7.4117-35.90660.20811560.142672282891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82180.0725-0.39483.31130.76041.2642-0.3553-0.14020.2603-0.7926-0.11420.46820.1735-0.1215-01.3821-0.1321-0.09121.22710.05370.67727.0185.36039.5682
20.1648-0.14440.12610.274-0.38651.0106-0.30590.47950.2979-0.37870.7970.0393-0.4632-0.305901.8281-0.21770.06631.39010.07451.24522.9371-1.9567-0.4414
31.3852-0.2851-0.33690.3924-0.18930.2622-0.2495-0.5151-0.29810.8613-0.0018-0.2191-1.10912.3702.1405-0.31770.09991.42920.00711.930228.247-15.91139.5421
41.5467-0.46231.19662.3085-0.83862.0525-0.66220.33851.1102-1.05390.2872-0.16141.4899-0.28013.2031.683-0.20770.30992.3572-0.8227-0.661930.070712.996426.8937
50.3284-0.47630.08131.8760.15140.98660.18660.7298-1.23980.5119-0.80240.32230.3650.0919-0.03272.0361-0.21320.11041.8974-0.15990.983833.014312.396242.3399
60.99960.41690.84881.91780.06380.9527-0.2568-0.34090.069-0.66670.09780.236-0.0573-0.0236-01.3661-0.0568-0.06741.1333-0.03760.977144.085419.527211.5692
72.7918-0.12830.95610.9514-1.3642.49320.25420.0951-0.1408-1.49490.0317-1.289-0.84130.02240.00341.7926-0.20070.06491.2096-0.06091.121351.179544.25689.1371
81.92980.9373-0.26020.74820.82981.6920.2779-0.5558-0.02090.2981-0.4687-0.22820.0777-0.2637-01.53310.0765-0.17181.6826-0.17390.573337.705723.651432.9843
90.19790.0262-0.06890.04280.03820.16330.77830.7839-0.4993-0.5892-1.03810.1273-0.4157-0.849302.7095-0.17790.51461.192-0.25562.189541.8389-20.9956-7.4282
100.4310.10920.509-0.00780.02740.3261-0.562-0.6554-0.1923-1.14470.02740.9646-0.88040.838101.9063-0.08330.06431.2282-0.15441.341846.8358-3.8976-9.478
112.0014-2.3728-0.17291.92320.15170.0733-0.15921.82740.158-1.52010.28620.0556-1.1577-0.1395-0.72593.2509-0.5807-0.2631.01580.15381.212835.477710.7949-13.7229
120.247-0.19490.05770.1158-0.07160.3239-0.0665-0.29191.37860.98670.0520.0582-0.997-0.1134-02.0974-0.2298-0.28531.0404-0.11181.103839.229427.0072-4.576
131.0692-0.05640.0359-0.0268-0.0172-0.0304-0.18450.55181.99040.22930.8706-0.37050.1527-0.4267-02.7107-0.36190.02431.15250.28242.342930.379949.5211-4.0155
140.3177-0.0244-0.37690.00080.08890.15170.13031.70072.044-1.05181.02780.55381.0351-0.51970.02062.6502-0.1165-0.65051.64040.34981.61131.659246.821-3.8275
150.40130.234-0.38440.1663-0.16450.4529-0.4631-0.54040.6146-1.55560.0980.25291.66140.011302.6361-0.48730.03841.1526-0.29871.840940.473724.515-11.7318
160.12790.0476-0.01480.0303-0.00930.1050.9392-0.3656-0.7522-1.3486-0.55820.7251-0.132-0.1585-01.4162-0.1099-0.21871.0535-0.04062.197835.85557.3027-6.0283
170.03310.05290.08790.05940.10010.2121-0.83611.3611-0.2184-0.78030.39950.30040.10770.5639-02.3597-0.3171-0.16531.3164-0.52731.76144.0073-9.5641-14.6029
180.01210.0193-0.01450.0331-0.04080.0821.3254-1.4082-0.09060.2936-1.5084-0.64281.0061.319502.25690.23230.02481.3111-0.09111.885847.4356-20.4194-1.6269
194.6326-0.21690.05144.4043-0.95593.24210.16340.3324-0.156-0.51590.01070.31220.09240.2311-00.59730.1203-0.17891.0237-0.11160.93019.1582-35.082432.1078
200.09050.18770.22070.18990.32250.53130.90711.04332.21040.4484-0.21250.3039-1.08950.5072-0.00021.60430.12580.34921.8930.56231.89789.444-1.460717.14
210.03450.0144-0.1350.2395-0.22510.31750.95740.73490.6015-0.873-0.2293-0.9964-1.85291.357401.8877-0.14590.46041.6298-0.15552.47968.335711.575324.3641
220.955-0.50270.32420.8259-0.12150.13060.15371.2211-0.1705-0.13550.05880.50490.839-0.351101.1967-0.1907-0.06721.60770.1471.3586-0.4093-12.63622.2801
231.73352.92641.43175.3371.19733.91622.66620.12410.0803-0.08291.87310.4076-0.51880.86628.33040.462-1.55421.169-0.01090.95963.0169.56260.351829.164
240.9323-1.0263-0.24343.381-2.23760.95670.20270.2688-0.35860.262-0.7851-0.22310.50090.788-00.90830.00810.03541.77440.13161.471336.6385-28.286333.0543
253.55850.0944-0.17817.2299-1.65542.9788-0.22360.48840.16430.7759-0.27680.67680.00140.2011-0.00560.50190.02010.18571.2017-0.01180.60658.9682-27.37440.8924
261.15020.46610.20180.5616-0.40121.03040.0182-0.10451.60461.47370.0008-0.19110.80180.4615-01.52470.0831-0.24941.2093-0.08450.47214.4875-67.28354.4384
270.74870.7867-0.61961.6229-0.35561.6010.0218-0.15090.66330.41410.32870.462-0.83970.095201.1948-0.0511-0.06881.1761-0.00521.25187.4128-54.084750.2592
280.8661-0.45750.7430.47830.28861.7776-0.5273-0.912-0.6188-2.6132-1.15460.44420.0940.415601.18110.1773-0.20861.18950.0471.424114.208-63.345144.7739
291.1578-2.3738-0.89298.02952.48080.69240.23570.53660.3638-0.7820.0679-2.46-0.3614-0.69510.77320.6682-0.2754-0.25431.98670.28021.272832.6608-28.449535.4127
300.7608-1.59120.56642.1055-0.83790.24180.88750.91760.4401-0.5909-0.8202-1.9612-0.23181.2707-0.00530.9327-0.1107-0.03281.95860.48221.946443.5508-31.323338.8309
310.0292-0.00060.06480.067-0.10540.1758-0.28291.1443-0.4105-0.20470.5817-0.0433-0.988-0.4506-02.4802-0.147-0.11621.5973-0.2762.8929-8.19825.807541.7927
320.6024-0.41-0.37550.3732-0.1210.69950.5289-0.60420.18710.2149-0.01990.42250.2075-0.9318-01.1923-0.07740.18081.4617-0.1191.9027-12.2991-18.520240.8708
330.0753-0.2501-0.27160.99740.89450.81191.35890.753-0.3487-1.9349-0.3028-0.65080.3704-0.69010.01610.8910.12170.01841.67820.15692.2905-5.0584-42.239738.7364
34-0.0060.0283-0.04970.00280.20490.32430.1207-0.72680.0134-0.90751.3311.25621.25881.362801.8762-0.2098-0.35242.0699-0.28722.5993-4.825-64.525429.4211
350.00630.01660.0585-0.00510.02830.2310.8111-0.46940.55360.59091.49660.56550.98540.8525-02.5062-0.0183-0.64451.3132-0.12153.2216-2.3843-69.89834.982
360.18010.0555-0.1580.0444-0.02470.05370.65970.75511.24070.02551.50961.28660.7204-0.23901.7792-0.0359-0.43951.39590.28842.1523-7.2414-54.06628.0207
370.51410.2583-0.06570.1531-0.21830.2583-0.1752-0.61990.40760.011-0.15782.58840.3884-0.9937-0.00041.3623-0.0528-0.17831.3940.11711.8764-10.1594-31.466237.989
380.3467-0.3184-0.16040.52650.07190.2633-0.30090.1187-0.32942.00950.2547-0.2471-1.1492-0.41880.00292.14240.21040.02631.16140.24512.5087-9.6374-1.120145.713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 192 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 220 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 221 through 242 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 243 through 298 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 123 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 124 through 193 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 194 through 298 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 5 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 11 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 20 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 21 through 29 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 10 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 11 through 15 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 16 through 20 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 21 through 25 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 26 through 29 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 5 through 100 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 101 through 123 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 124 through 151 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 152 through 192 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 193 through 220 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 221 through 298 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 5 through 100 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 101 through 138 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 139 through 192 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 193 through 220 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 221 through 262 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 263 through 298 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 1 through 5 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 6 through 15 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 16 through 20 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 21 through 29 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 1 through 5 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 6 through 10 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 11 through 20 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 21 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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