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- PDB-4izz: Crystal Structure of Fischerella Transcription Factor HetR comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izz
タイトルCrystal Structure of Fischerella Transcription Factor HetR complexed with 21mer DNA target
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
  • Transcription Factor HetR
キーワードTranscription/DNA / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-turn-helix / DNA-binding domain / transcription factor / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heterocyst development / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase S48, DNA-binding transcriptional activator HetR / HetR, C-terminal Hood domain / HetR, flap domain / HetR, N-terminal DNA-binding domain / Peptidase family S48 / Heterocyst differentiation regulator C-terminal Hood domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heterocyst differentiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fischerella thermalis (バクテリア)
Anabaena (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of complexes comprised of Fischerella transcription factor HetR with Anabaena DNA targets.
著者: Kim, Y. / Ye, Z. / Joachimiak, G. / Videau, P. / Young, J. / Hurd, K. / Callahan, S.M. / Gornicki, P. / Zhao, J. / Haselkorn, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription Factor HetR
B: Transcription Factor HetR
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7769
ポリマ－83,3634
非ポリマー4125
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20190 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area32770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.425, 92.425, 96.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細As in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Transcription Factor HetR


分子量: 35233.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella thermalis (バクテリア)
株: PCC 7521 / 遺伝子: hetR / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q2ACK9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*C)-3')


分子量: 6448.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the DNA sequence occurs in Anabaena / 由来: (合成) Anabaena (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24 % Polyvinylpyrrolidone, 50 mM Hepes pH 8.0, 100 mM sodium chloride, 10 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 31681 / Num. obs: 31681 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1563 / Rsym value: 0.744 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QOD

3qod


解像度: 2.502→30.786 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1595 5.04 %random
Rwork0.182 ---
all0.185 31655 --
obs0.185 31655 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→30.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4828 856 23 159 5866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6868282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1982367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003921
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.502-2.58270.32711520.26682707285999
2.5827-2.67490.26511340.245727382872100
2.6749-2.7820.2581410.233727692910100
2.782-2.90850.33251320.238227362868100
2.9085-3.06170.30971410.228427502891100
3.0617-3.25330.2781430.230527202853100
3.2533-3.50420.24541420.200327732915100
3.5042-3.85620.20271440.175227322875100
3.8562-4.41280.18881580.153326992857100
4.4128-5.55440.19481700.148427242894100
5.5544-30.78870.20331380.16292712285098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9307-0.01321.14992.4122-0.44752.3970.04450.16240.1139-0.0322-0.0313-0.21020.260.24040.00310.47760.02690.06830.3798-0.04480.369248.1368-3.7946-1.1082
22.209-0.92790.2314.4466-1.6234.14190.04480.0184-0.093-0.25540.17160.24380.0333-0.2177-0.2110.5002-0.08060.10090.3586-0.04520.416928.8654-1.4276-28.5299
32.6234-0.0685-0.24822.7842-0.47162.26810.16540.05680.01960.0004-0.4033-0.0419-0.04640.0340.23180.4081-0.0561-0.1140.42430.03050.412846.59724.5025-2.2138
42.1052-0.71591.13292.6202-0.29484.43440.12120.18850.4486-0.15820.0611-0.59550.35310.471-0.16690.41090.01940.09060.4525-0.03410.525652.07722.4815-0.7204
52.4665-0.30190.77511.91590.86591.9102-0.0052-0.4315-0.04750.2099-0.16160.19570.2763-0.58040.16780.4806-0.06010.08070.4125-0.01780.371829.1155-4.56641.4948
61.2733-0.3352-0.18962.32760.21453.30140.2926-0.138-0.51840.36140.17990.1270.0494-0.4393-0.24650.50760.068-0.00030.40830.14480.494652.42970.354932.919
74.2254-0.1962-1.56945.3471-3.53255.9559-0.0595-0.25070.28210.3677-0.3485-0.944-0.23080.6848-0.02430.64990.0839-0.07650.66930.04610.684869.758-4.019140.0931
81.64120.77830.81952.97661.11223.92140.20570.0435-0.12730.304-0.14190.23220.6204-0.4808-0.03910.52110.02880.01610.35860.0790.476750.0212-7.841124.1742
91.6635-1.28553.23561.0972-2.27824.24790.19270.1493-0.4836-0.08030.11270.35130.14460.2234-0.2580.46560.0539-0.06850.428-0.02610.490852.64846.057916.2242
103.87240.5833-0.32272.4074-0.42411.9580.0683-0.42120.3802-0.0048-0.22810.2035-0.13030.22820.17680.4594-0.0654-0.12460.4102-0.00370.388546.889728.6110.1306
112.4354-1.00240.46071.76071.10981.3660.2805-0.1859-0.64430.40740.11740.7283-0.02580.0717-0.25870.7028-0.17930.06170.75170.02430.739916.3881-15.3886-9.1429
124.51430.40421.66677.6810.3126.3131-0.8520.0545-0.00060.2381.15560.0101-0.2387-0.2726-0.46560.8738-0.0737-0.07370.52740.02420.615931.3473-26.0966-6.9483
133.74080.18722.20663.3618-0.98397.63720.42460.2641-0.85960.13941.1031-0.08710.0430.2066-1.43870.7962-0.0376-0.07920.50210.0450.675745.7685-18.38673.5049
149.7412-0.2896-1.57491.1382-0.31310.9041-1.5648-0.2201-1.84960.12010.2703-0.54230.59871.50580.86191.29140.3853-0.03161.11920.05171.488559.7111-27.808413.8753
152.3156-1.4911-1.70861.04090.47636.1145-1.29510.2165-1.5274-0.04930.319-0.50531.09591.45261.05951.43890.3676-0.03641.5259-0.26851.973472.8317-25.242311.9054
163.27320.463-1.0152.1141-1.53761.2554-0.134-0.1156-0.50290.1956-0.0263-0.4518-0.1311-1.19250.20650.91330.2612-0.09630.8593-0.17361.06964.2517-20.93029.1359
173.3368-1.34771.81862.44390.19923.5453-0.34410.1831-1.05170.17341.446-0.15360.19040.8284-0.34881.05330.1614-0.05640.6162-0.12670.998747.176-27.82086.6135
183.9534-0.1638-0.15672.08551.32741.1915-0.1708-0.1483-0.70470.26980.25390.18240.2201-0.504-0.17020.6353-0.08220.03450.52880.09760.640225.3513-19.7186-9.0084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 100 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 220 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 298 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 34 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 35 through 100 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 101 through 123 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 124 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 140 through 192 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 193 through 242 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 243 through 298 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid -10 through -6 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid -5 through -1 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 0 through 4 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 5 through 9 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 10 through 10 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid -10 through -6 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid -5 through -1 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 0 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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