PDB-4izn: Structure of pcDronpa-A69T mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4izn

タイトル

Structure of pcDronpa-A69T mutant

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / Dronpa

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

De Zitter, E. / Nguyen Bich, N. / Van Meervelt, L. / Moeyaert, B.

引用

ジャーナル: ACS Nano / 年: 2014
タイトル: Green-to-red photoconvertible Dronpa mutant for multimodal super-resolution fluorescence microscopy
著者: Moeyaert, B. / Nguyen Bich, N. / De Zitter, E. / Rocha, S. / Clays, K. / Mizuno, H. / van Meervelt, L. / Hofkens, J. / Dedecker, P.

履歴

登録	2013年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4izn.cif.gz	567.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4izn.ent.gz	466.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4izn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4izn_validation.pdf.gz	564.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4izn_full_validation.pdf.gz	600.3 KB	表示
XML形式データ	4izn_validation.xml.gz	110.4 KB	表示
CIF形式データ	4izn_validation.cif.gz	150.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/4izn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/4izn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hq8C 4hq9C 4hqcC 2ie2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lsa-d 2ie2-2 6nql-1 6nqv-1 4hq9-1 2h8q-1 4hq9-2 3ls3-d 1zux-d 2z6x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

I: Fluorescent protein Dronpa

J: Fluorescent protein Dronpa

K: Fluorescent protein Dronpa

L: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

351 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Fluorescent protein Dronpa

J: Fluorescent protein Dronpa

K: Fluorescent protein Dronpa

L: Fluorescent protein Dronpa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.700, 180.930, 113.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 29180.912 Da / 分子数: 12 / 変異: V60A, C62H, A69T, N94S, N102I, E218G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Echinophyllia (無脊椎動物) / 株: SC22 / 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	RESIDUE CYS 62 MUTATED TO HIS 62. HIS 62, TYR 63 AND GLY 64 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE, CR8.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES, 32%(v/v) PEP 426, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月28日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→34.803 Å / Num. all: 161957 / Num. obs: 161957 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / B_iso Wilson estimate: 35.32 Å²
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 23611 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PXIII	program	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IE2

2ie2

解像度: 2.15→34.803 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.78 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	8087	5 %	random
R_work	0.1922	-	-	-
all	0.1949	161957	-	-
obs	0.1949	161738	99.65 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.38 Å² / B_iso mean: 31.2809 Å² / B_iso min: 5.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20965	0	12	1481	22458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	21895
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	29698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	3015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3885
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.791	8172

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	L	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	B	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	4	C	491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
1	5	D	493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	6	E	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	7	F	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	8	G	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	9	H	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	10	I	492	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	11	J	490	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	12	K	491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
2	1	L	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	A	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
2	3	B	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	4	C	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	5	D	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
2	6	E	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	7	F	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
2	8	G	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	9	H	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
2	10	I	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
2	11	J	226	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	12	K	221	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
3	1	L	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	A	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
3	3	B	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
3	4	C	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
3	5	D	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
3	6	E	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
3	7	F	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
3	8	G	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
3	9	H	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
3	10	I	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
3	11	J	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
3	12	K	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.1744	0.3563	284	0.2949	5128	5412	99
2.1744-2.2	0.3279	242	0.2957	5132	5374	99
2.2-2.2268	0.335	256	0.2989	5043	5299	100
2.2268-2.255	0.3678	246	0.2954	5165	5411	100
2.255-2.2847	0.3942	288	0.2976	5053	5341	100
2.2847-2.316	0.3445	268	0.2856	5121	5389	100
2.316-2.3491	0.319	276	0.2662	5133	5409	100
2.3491-2.3841	0.3285	270	0.2665	5085	5355	100
2.3841-2.4214	0.3176	273	0.2589	5141	5414	100
2.4214-2.461	0.315	283	0.2504	5110	5393	100
2.461-2.5035	0.3083	269	0.2564	5109	5378	100
2.5035-2.549	0.3336	284	0.2619	5103	5387	100
2.549-2.598	0.3192	269	0.2448	5100	5369	100
2.598-2.651	0.2974	269	0.2299	5094	5363	100
2.651-2.7086	0.2861	258	0.2292	5153	5411	100
2.7086-2.7716	0.3019	268	0.223	5135	5403	100
2.7716-2.8409	0.3	268	0.225	5129	5397	100
2.8409-2.9177	0.2946	266	0.2236	5141	5407	100
2.9177-3.0035	0.2751	302	0.2079	5073	5375	99
3.0035-3.1004	0.2728	249	0.2174	5117	5366	100
3.1004-3.2111	0.2459	277	0.2134	5120	5397	100
3.2111-3.3396	0.2816	286	0.2082	5098	5384	100
3.3396-3.4914	0.2367	249	0.1949	5122	5371	99
3.4914-3.6753	0.2404	290	0.1785	5081	5371	99
3.6753-3.9053	0.2089	271	0.168	5130	5401	100
3.9053-4.2063	0.2031	242	0.1515	5142	5384	100
4.2063-4.6288	0.1579	235	0.124	5174	5409	100
4.6288-5.2965	0.1694	286	0.1177	5138	5424	100
5.2965-6.6654	0.1768	284	0.1343	5171	5455	100
6.6654-34.8075	0.176	279	0.157	5210	5489	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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