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- PDB-4iys: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iys
タイトルStructural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
要素Metal transporter CNNM2
キーワードMETAL TRANSPORT / CBS DOMAIN / BATEMAN domain / Magnesium transporter / Magnesium sensor / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / glutamatergic synapse / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Metal transporter CNNM4-like, immunoglobulin-like domain / Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain ...Metal transporter CNNM4-like, immunoglobulin-like domain / Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. ...Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2013年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8661
ポリマ－17,8661
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Metal transporter CNNM2

A: Metal transporter CNNM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7332
ポリマ－35,7332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.754, 64.453, 53.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / Cyclin-M2


分子量: 17866.381 Da / 分子数: 1 / 断片: CBS domain, UNP residues 430-584 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2 / プラスミド: pET101D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 60mM NaH2PO4, 1.34M K2HPO4, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月27日
放射モノクロメーター: ID23-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54 Å / Num. all: 18265 / Num. obs: 18265 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→27.667 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 1719 5.1 %RANDOM
Rwork0.2178 ---
obs0.22 18265 96.91 %-
all-18265 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.214 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 98.37 Å2 / Biso mean: 38.1368 Å2 / Biso min: 10.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1321 Å2-0 Å20 Å2
2---6.085 Å20 Å2
3---6.2172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 0 135 1375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2971740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.357486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8530.471560.42822663281998
1.853-1.91270.41861350.40312698283398
1.9127-1.98110.38441670.33052698286598
1.9811-2.06040.30621700.2852686285698
2.0604-2.15410.31241580.26842711286998
2.1541-2.26760.26641390.24412625276498
2.2676-2.40960.28451310.2332742287398
2.4096-2.59560.28051690.22832675284498
2.5956-2.85650.23281460.20282669281597
2.8565-3.26930.2483940.19142686278096
3.2693-4.11680.22391250.16932607273295
4.1168-27.67010.21061290.18372547267692
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.5967 Å / Origin y: 0.9071 Å / Origin z: -20.2802 Å
111213212223313233
T0.1385 Å2-0.0045 Å2-0.0061 Å2-0.1357 Å2-0.0246 Å2--0.2365 Å2
L1.3941 °2-0.5847 °20.5704 °2-2.4515 °2-1.0302 °2--5.1464 °2
S-0.0042 Å °-0.0316 Å °-0.0242 Å °-0.0312 Å °-0.015 Å °0.177 Å °-0.1163 Å °-0.0526 Å °0.0407 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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