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万見
- PDB-4iy4: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iy4
タイトルStructural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
要素Metal transporter CNNM2
キーワードMETAL TRANSPORT / CBS domain / Bateman domain / Magnesium transport / magnesium sensor / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. ...Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
C: Metal transporter CNNM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7532
ポリマ－35,7532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.346, 103.346, 99.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / Cyclin-M2


分子量: 17876.420 Da / 分子数: 2 / 断片: CBS domain, UNP residues 429-584 / 変異: T568I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2 / プラスミド: pET101D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 2.8M AMMONIUM CHLORIDE, 4mM MANGANESE (II) CHLORIDE, 100mM SODIUM ACETATE , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月18日
放射モノクロメーター: ID14-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.218 Å / Num. all: 12501 / Num. obs: 12501 / % possible obs: 99.93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 59.59 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46.218 Å / FOM work R set: 0.8066 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 617 4.94 %
Rwork0.2323 11882 -
obs0.2349 12499 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.094 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 156.53 Å2 / Biso mean: 61.18 Å2 / Biso min: 6.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0459 Å20 Å2-0 Å2
2--3.0459 Å2-0 Å2
3----6.0917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2431 0 0 0 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7223342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.222932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9001-3.19190.35231560.319528983054
3.1919-3.65360.3351510.2729093060
3.6536-4.60250.28871610.212329533114
4.6025-46.22360.2431490.205131223271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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