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万見
- PDB-4iy1: Structure of a 37-fold mutant of halohydrin dehalogenase (HheC) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iy1
タイトルStructure of a 37-fold mutant of halohydrin dehalogenase (HheC) with chloride bound
要素Halohydrin dehalogenase
キーワードLYASE / thermostability / synergistic mutations / coupled mutations / proline-induced / backbone changes / enantioselectivity changes / directed evolution / protein engineering / short-chain dehydrogenase/reductase enzyme superfamily / Cyanolysis / dehalogenase / Atorvastatin synthesis
機能・相同性: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Halohydrin dehalogenase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Floor, R.J. / Schallmey, M. / Hauer, B. / Breuer, M. / Jekel, P.A. / Wijma, H.J. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Biocatalytic and structural properties of a highly engineered halohydrin dehalogenase.
著者: Schallmey, M. / Floor, R.J. / Hauer, B. / Breuer, M. / Jekel, P.A. / Wijma, H.J. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7895
ポリマ－55,6832
非ポリマー1063
水1,62190
1
A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子

A: Halohydrin dehalogenase
B: Halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,57810
ポリマ－111,3664
非ポリマー2136
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area18240 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.682, 104.682, 121.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Halohydrin dehalogenase


分子量: 27841.406 Da / 分子数: 2 / 断片: Halohydrin dehalogenase HheC
変異: Q37H, K38Q, K52I, A60V, Y70L, Q72H, V75I, F82A, A83P, P84V, F86W, Q87R, G99D, A100M, R107K, V112A, K121R, T134A, P135S, T146A, C153S, T154A, Y166H, G174A, Y177G, L178V, H179D, E181G, F186Y, ...変異: Q37H, K38Q, K52I, A60V, Y70L, Q72H, V75I, F82A, A83P, P84V, F86W, Q87R, G99D, A100M, R107K, V112A, K121R, T134A, P135S, T146A, C153S, T154A, Y166H, G174A, Y177G, L178V, H179D, E181G, F186Y, T189S, N195S, V201W, K203R, V205Y, A222T, M245V, I246V
由来タイプ: 組換発現
詳細: This enzyme is a result of a directed evolution study. It contains 37 mutations, compared to its parent
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: hheC / プラスミド: pBAD-HheC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q93D82, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-ハロゲン化物リアーゼ類; -
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% (w/v) PEG 8000,0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月13日
放射モノクロメーター: single-bounce silicon crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.4 Å / Num. obs: 39469 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1PWZ

1pwz


解像度: 2.1→39.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.076 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25861 1996 5.1 %RANDOM
Rwork0.20441 ---
all0.26 37428 --
obs0.20709 37427 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 3 90 3949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9455399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0625497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.98724.07172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.64615612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.681518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0213050
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 136 -
Rwork0.28 2466 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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