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万見
- PDB-4iy0: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iy0
タイトルStructural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
要素Metal transporter CNNM2
キーワードMETAL TRANSPORT / CBS / Bateman domain / Magnesium Transporter / magnesium sensor / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Ancient conserved domain protein family / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Metal transporter CNNM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. ...Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5286
ポリマ－17,8641
非ポリマー6635
水2,090116
1
A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子

A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,05512
ポリマ－35,7292
非ポリマー1,32710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_554-y+1/2,-x+1/2,-z-1/21
Buried area5260 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.599, 104.599, 100.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-782-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / Cyclin-M2


分子量: 17864.365 Da / 分子数: 1 / 断片: CBS domain, UNP residues 429-584 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2 / プラスミド: pET101D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 10mM magnesium chloride, 3M ammonium acetate, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月4日
放射モノクロメーター: ESRF ID29 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→73.96 Å / Num. all: 22264 / Num. obs: 22264 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.09
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.609 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1138 5.1 %RANDOM
Rwork0.20514 ---
obs0.20634 21125 99.97 %-
all-22264 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1215 0 31 116 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0221272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4642.0071727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4075153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41925.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.49515231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.914155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2620.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9781.5760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.37121243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.513512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1034.5483
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 90 -
Rwork0.303 1527 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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