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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iy0 | ||||||
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タイトル | Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4 | ||||||
要素 | Metal transporter CNNM2 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / CBS / Bateman domain (CBSドメイン) / Magnesium Transporter / magnesium sensor / Cytosol (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. ...Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4 著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Terashima, H. / Accardi, A. / Diercks, T. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iy0.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iy0.ent.gz | 34.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17864.365 Da / 分子数: 1 / 断片: CBS domain, UNP residues 429-584 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2 / プラスミド: pET101D/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 10mM magnesium chloride, 3M ammonium acetate, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月4日 |
放射 | モノクロメーター: ESRF ID29 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→73.96 Å / Num. all: 22264 / Num. obs: 22264 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.09 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.9 Å / % possible all: 99.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.609 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.805 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
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