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- PDB-4ixm: Crystal structure of Zn(II)-bound YjiA GTPase from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ixm
タイトルCrystal structure of Zn(II)-bound YjiA GTPase from E. coli
要素Uncharacterized GTP-binding protein YjiA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / P-loop GTPase / G-protein (Gタンパク質) / metal homeostasis (生物無機化学)
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Yjia; Chain: A;domain 2 / CobW-like, C-terminal domain / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Hypothetical Protein Yjia; Chain: A;domain 2 / CobW-like, C-terminal domain / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc chaperone YjiA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Jost, M. / Ryan, K.S. / Turo, K.E. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Metal binding properties of Escherichia coli YjiA, a member of the metal homeostasis-associated COG0523 family of GTPases.
著者: Sydor, A.M. / Jost, M. / Ryan, K.S. / Turo, K.E. / Douglas, C.D. / Drennan, C.L. / Zamble, D.B.
履歴
登録2013年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 1.42013年7月24日Group: Database references
改定 1.52014年1月1日Group: Database references
改定 1.62014年3月5日Group: Database references
改定 1.72023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized GTP-binding protein YjiA
B: Uncharacterized GTP-binding protein YjiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9129
ポリマ－71,3932
非ポリマー5197
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized GTP-binding protein YjiA
ヘテロ分子

B: Uncharacterized GTP-binding protein YjiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9129
ポリマ－71,3932
非ポリマー5197
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area26910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.295, 68.869, 77.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CRYSTAL STRUCTURE LIKELY CONTAINS A DIMER, BUT ZN(II)-BOUND PROTEIN OLIGOMERIZES IN SOLUTION, AS INDICATED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized GTP-binding protein YjiA


分子量: 35696.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b4352, JW5790, yjiA / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24203
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.5 uL of 13.2 mg/mL YjiA in 0.1 M NaCl, 25 mM HEPES, pH 7.6, mixed with 0.3 uL 0.1 M CaCl2 and 1.5 uL 1.55 M ammonium sulfate, 0.1 M , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1808 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月21日
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→30 Å / Num. all: 35529 / Num. obs: 35529 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1535 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NIJ

1nij


解像度: 2.57→29.126 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: pseudo-translational symmetry. anomalous differences used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 940 5.13 %random
Rwork0.2199 ---
obs0.2221 35283 97.46 %-
all-35283 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→29.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 15 43 4879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.566684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.791752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039789
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.63950.37481760.31422619X-RAY DIFFRACTION100
2.6395-2.71710.30021520.27962614X-RAY DIFFRACTION100
2.7171-2.80470.32381280.26892674X-RAY DIFFRACTION100
2.8047-2.90490.31341030.27482639X-RAY DIFFRACTION100
2.9049-3.02110.29711290.26262670X-RAY DIFFRACTION100
3.0211-3.15840.32991240.2632659X-RAY DIFFRACTION100
3.1584-3.32470.31111380.24562613X-RAY DIFFRACTION100
3.3247-3.53270.22191550.23292638X-RAY DIFFRACTION100
3.5327-3.80490.30451060.24371836X-RAY DIFFRACTION70
3.8049-4.18680.26081580.20082603X-RAY DIFFRACTION100
4.1868-4.79030.22521290.16062656X-RAY DIFFRACTION100
4.7903-6.02650.2281750.19662619X-RAY DIFFRACTION100
6.0265-29.1280.2221310.19562544X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5381-0.07970.09754.9885-1.09617.1765-0.0526-0.7947-0.39770.41640.03490.06290.5118-0.4562-0.00230.5622-0.0422-0.05850.6050.06240.566223.13117.290828.3948
22.3068-0.3440.30192.11330.40193.8992-0.01130.03670.1854-0.16520.0340.0133-0.001-0.2514-0.02930.37990.0014-0.01840.33530.02820.490823.340821.97476.1057
34.20420.6877-1.49053.56190.90265.9511-0.10040.413-0.2666-0.1313-0.0165-0.03320.36940.35170.12770.51490.0738-0.05850.5265-0.03820.522550.73746.27029.5549
41.65590.5899-0.04772.41440.696.2327-0.0270.02130.15280.39670.034-0.02520.31230.2385-0.01560.4449-0.0084-0.0370.4215-0.01170.522251.359921.420631.5234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resseq 1:123)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resseq 124:318)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resseq 2:123)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resseq 124:318)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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