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- PDB-4ix8: Crystal structure of Tyrosine aminotransferase from Leishmania in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ix8
タイトルCrystal structure of Tyrosine aminotransferase from Leishmania infantum
要素Tyrosine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Tyrosine aminotransferase / pyridoxal phosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine transaminase / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-tyrosine catabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine/nicotianamine aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Tyrosine/nicotianamine aminotransferase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of tyrosine aminotransferase from Leishmania infantum.
著者: Moreno, M.A. / Abramov, A. / Abendroth, J. / Alonso, A. / Zhang, S. / Alcolea, P.J. / Edwards, T. / Lorimer, D. / Myler, P.J. / Larraga, V.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine aminotransferase
B: Tyrosine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9684
ポリマ－99,8972
非ポリマー712
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area26860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.960, 98.960, 199.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-725-

HOH

21B-622-

HOH

31B-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine aminotransferase


分子量: 49948.609 Da / 分子数: 2 / 断片: LeinA.00674.a.BV2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: LINJ_36_2490, TAT / プラスミド: LeinA.00674.a.BV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4IDL0, tyrosine transaminase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular dimersions Morpheus screen b11: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 100mM Bicine/Tris pH 8.5; LeinA.00674.a.BV2.PC00092 at 21.3mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Molecular dimersions Morpheus screen b11: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM NaI, 100mM Bicine/Tris pH 8.5; LeinA.00674.a.BV2.PC00092 at 21.3mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 47821 / Num. obs: 47821 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 51.197 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.81
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.35-2.410.5632.55163183479199.9
2.41-2.480.4653.121607534201100
2.48-2.550.3613.991545732821100
2.55-2.630.2914.93150163203199.9
2.63-2.710.2216.18147433128199.9
2.71-2.810.1847.481418130261100
2.81-2.910.1548.691374929331100
2.91-3.030.11910.97130782783199.9
3.03-3.170.09513.32127402729199.9
3.17-3.320.07915.911209225871100
3.32-3.50.06518.941151324721100
3.5-3.720.05621.661086023401100
3.72-3.970.05223.691025922271100
3.97-4.290.04726.1293802055199.9
4.29-4.70.04528.0286511907199.8
4.7-5.250.04528.0177671718199.5
5.25-6.070.04527.569421545199.8
6.07-7.430.04128.7858961333199.9
7.43-10.510.03830.97444210511100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.93 Å
Translation3.5 Å19.93 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1bw0, modified with CCP4 program chainsaw

1bw0


解像度: 2.35→36.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 2416 5.06 %random
Rwork0.1732 ---
all0.1748 47821 --
obs0.1748 47749 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.89 Å2 / Biso mean: 60.3464 Å2 / Biso min: 20.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→36.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5845 0 2 274 6121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.347
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38950.36830.17461.4269-0.61971.9755-0.24840.4280.0589-0.24240.20150.0874-0.14430.0002-0.02150.427-0.1633-0.08060.27320.08070.283862.252111.82979.6432
21.4499-0.08240.35621.7035-0.82011.5856-0.4925-0.31420.44110.6639-0.0746-0.5463-0.93460.97780.03320.7664-0.5119-0.36940.60790.18090.54588.001723.96527.6198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A40 - 448
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B40 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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