PDB-4ix1: Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ix1

タイトル

Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205

要素

hypothetical protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PROTEINSTRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / : / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2013年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ix1.cif.gz	699 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ix1.ent.gz	587.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ix1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ix1_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ix1_full_validation.pdf.gz	526.1 KB	表示
XML形式データ	4ix1_validation.xml.gz	75.8 KB	表示
CIF形式データ	4ix1_validation.cif.gz	96.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2c1d-1 2z6f-d 3cb5-1 2c1d-4 6rb4-d 1m0s-d 1h32-d 2xzt-2 6xt6-d 4gq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-016205

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: NYSGRC-016205

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

E: hypothetical protein

F: hypothetical protein

G: hypothetical protein

H: hypothetical protein

ヘテロ分子

225 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

E: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein

F: hypothetical protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: hypothetical protein

G: hypothetical protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: hypothetical protein

H: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.824, 117.902, 166.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

dimer

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 28142.090 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: PD630 / 遺伝子: OPAG_01669 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: M1E1G7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris:HCl, pH 8.5, 50% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月15日

放射

プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3 % / Av σ(I) over netI: 17.88 / 数: 328595 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.85 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.59	50	89.5	1	0.031	1.902	3
6.03	7.59	95.3	1	0.055	2.583	3
5.27	6.03	96.5	1	0.068	2.942	2.9
4.79	5.27	97.1	1	0.065	2.96	2.9
4.44	4.79	97.3	1	0.064	2.714	3
4.18	4.44	98.1	1	0.069	2.441	3
3.97	4.18	98.3	1	0.086	2.171	3.1
3.8	3.97	98.6	1	0.1	2.007	3.1
3.65	3.8	98.8	1	0.116	1.877	3.1
3.53	3.65	99	1	0.13	1.816	3.1
3.42	3.53	99.1	1	0.167	1.704	3.1
3.32	3.42	99.3	1	0.203	1.626	3.1
3.23	3.32	99.5	1	0.247	1.519	3.1
3.15	3.23	99.6	1	0.289	1.407	3.1
3.08	3.15	99.7	1	0.374	1.379	3.1
3.02	3.08	99.7	1	0.495	1.31	3
2.96	3.02	99.8	1	0.68	1.294	3
2.9	2.96	99.8	1	0.782	1.244	3
2.85	2.9	99.8	1	0.912	1.258	3
2.8	2.85	99.7	1	0.966	1.245	3

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.852 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.85	3	0.966	5454	1.245	1	99.7
2.85-2.9	3	0.912	5510	1.258	1	99.8
2.9-2.96	3	0.782	5586	1.244	1	99.8
2.96-3.02	3	0.68	5500	1.294	1	99.8
3.02-3.08	3	0.495	5525	1.31	1	99.7
3.08-3.15	3.1	0.374	5489	1.379	1	99.7
3.15-3.23	3.1	0.289	5485	1.407	1	99.6
3.23-3.32	3.1	0.247	5540	1.519	1	99.5
3.32-3.42	3.1	0.203	5449	1.626	1	99.3
3.42-3.53	3.1	0.167	5503	1.704	1	99.1
3.53-3.65	3.1	0.13	5489	1.816	1	99
3.65-3.8	3.1	0.116	5496	1.877	1	98.8
3.8-3.97	3.1	0.1	5433	2.007	1	98.6
3.97-4.18	3.1	0.086	5422	2.171	1	98.3
4.18-4.44	3	0.069	5424	2.441	1	98.1
4.44-4.79	3	0.064	5358	2.714	1	97.3
4.79-5.27	2.9	0.065	5378	2.96	1	97.1
5.27-6.03	2.9	0.068	5342	2.942	1	96.5
6.03-7.59	3	0.055	5304	2.583	1	95.3
7.59-50	3	0.031	4941	1.902	1	89.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.2224 / WR_factor R_work: 0.1709 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8268 / SU B: 27.618 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.2707 / SU R_free: 0.3456 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2195	2883	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1925	-	-	-
obs	0.1939	56804	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 259.37 Å² / B_iso mean: 95.6415 Å² / B_iso min: 45.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13981	0	10	79	14070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.972	19393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.974	5	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.328	23.835	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.787	15	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.744	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	10660

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	211	-
R_work	0.322	3965	-
all	-	4176	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0376	0.0114	-0.5254	0.59	-0.2695	0.7693	0.0185	0.0552	0.1088	-0.0631	-0.0114	0.0301	-0.1235	-0.0866	-0.0071	0.0978	0.0421	-0.0402	0.0712	0.0211	0.2711	15.8146	61.9957	123.3993
2	1.1329	0.3672	0.504	0.3742	0.1659	0.6332	-0.0184	0.1123	-0.1821	-0.0378	0.0285	-0.1616	0.0193	0.012	-0.0101	0.0761	0.0161	0.0149	0.1032	-0.0677	0.2772	41.2889	-0.255	115.6501
3	0.1225	-0.148	0.1953	0.5926	0.1719	1.1245	-0.0149	-0.0318	-0.0858	0.0706	-0.0043	0.0245	0.0906	-0.0005	0.0191	0.1035	-0.0343	0.0049	0.1422	0.0854	0.2219	26.8792	9.4673	157.0546
4	1.13	0.3362	-0.3819	0.5413	-0.1508	0.9498	-0.0622	0.2017	0.0586	-0.2082	0.0656	0.1146	-0.0853	-0.1619	-0.0034	0.1965	-0.0133	-0.1073	0.1731	-0.0089	0.1354	10.9503	27.8149	98.6441
5	0.3971	-0.2476	-0.1235	1.3583	-0.3027	0.3469	-0.0354	-0.0763	0.022	0.0808	0.0457	0.0901	-0.016	-0.0877	-0.0103	0.0122	0.0174	-0.0121	0.1997	0.0073	0.2187	-3.2753	37.6426	140.0554
6	0.5133	-0.1795	-0.0102	1.3381	0.6105	0.8216	0.0679	-0.0858	-0.1092	0.0643	-0.0707	-0.2965	-0.0033	0.067	0.0028	0.0193	-0.0196	-0.0444	0.1555	0.0733	0.3247	61.9564	20.0581	135.4384
7	0.4986	-0.2014	-0.0085	0.859	-0.6933	1.2217	-0.0571	-0.0809	0.0349	0.1742	0.04	-0.0144	-0.1699	-0.0819	0.0172	0.1307	-0.0149	-0.0675	0.1491	0.0048	0.1631	33.36	43.6933	160.4489
8	1.4347	0.3464	0.3282	0.5194	-0.1894	0.929	-0.0931	0.1845	0.0499	-0.264	0.042	-0.155	0.1332	0.0947	0.0511	0.2013	0.0156	0.1061	0.1376	0.045	0.1602	44.5527	38.2513	98.4549

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 259
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	8 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	8 - 259
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	8 - 259

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)