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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ix1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205 | ||||||
要素 | hypothetical protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown Function / PROTEINSTRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
機能・相同性 | Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Hypothetical protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus opacus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205 著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ix1.cif.gz | 693.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ix1.ent.gz | 600.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ix1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ix1_validation.pdf.gz | 504.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ix1_full_validation.pdf.gz | 541.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ix1_validation.xml.gz | 67 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ix1_validation.cif.gz | 89.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28142.090 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: PD630 / 遺伝子: OPAG_01669 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: M1E1G7*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris:HCl, pH 8.5, 50% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 3 % / Av σ(I) over netI: 17.88 / 数: 328595 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.85 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.852 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2224 / WRfactor Rwork: 0.1709 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8268 / SU B: 27.618 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.2707 / SU Rfree: 0.3456 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 259.37 Å2 / Biso mean: 95.6415 Å2 / Biso min: 45.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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