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Yorodumi- PDB-4ix1: Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodoco... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ix1 | ||||||
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Title | Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205 | ||||||
Components | hypothetical protein | ||||||
Keywords | Structural Genomics / Unknown Function / PROTEINSTRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Hypothetical protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodococcus opacus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of hypothetical protein OPAG_01669 from Rhodococcus Opacus PD630, Target 016205 Authors: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...Authors: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ix1.cif.gz | 693.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ix1.ent.gz | 600.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ix1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ix1_validation.pdf.gz | 504.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ix1_full_validation.pdf.gz | 541.4 KB | Display | |
Data in XML | 4ix1_validation.xml.gz | 67 KB | Display | |
Data in CIF | 4ix1_validation.cif.gz | 89.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ix1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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-Assembly
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Unit cell |
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Details | dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 28142.090 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus opacus (bacteria) / Strain: PD630 / Gene: OPAG_01669 / Plasmid: BC-PSGX3(BC) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CODON+RIL / References: UniProt: M1E1G7*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M ammonium phosphate, 0.1 M Tris:HCl, pH 8.5, 50% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.979 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SAD / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3 % / Av σ(I) over netI: 17.88 / Number: 328595 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.85 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 108628 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.852 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.8→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2224 / WRfactor Rwork: 0.1709 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8268 / SU B: 27.618 / SU ML: 0.247 / SU R Cruickshank DPI: 0.2707 / SU Rfree: 0.3456 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.321 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 259.37 Å2 / Biso mean: 95.6415 Å2 / Biso min: 45.69 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→19.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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