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万見
- PDB-4iwx: Rimk structure at 2.85A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iwx
タイトルRimk structure at 2.85A
要素Ribosomal protein S6 modification protein
キーワードLIGASE / ATP-grasp fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal S6-glutamic acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / SOS response / protein modification process / translation / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6--L-glutamate ligase RimK / RimK, PreATP-grasp domain / RimK PreATP-grasp domain / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 ...Ribosomal protein S6--L-glutamate ligase RimK / RimK, PreATP-grasp domain / RimK PreATP-grasp domain / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GLUTAMIC ACID / Ribosomal protein bS6--L-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.854 Å
データ登録者Shi, D. / Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structure and function of Escherichia coli RimK, an ATP-grasp fold, l-glutamyl ligase enzyme.
著者: Zhao, G. / Jin, Z. / Wang, Y. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 modification protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7068
ポリマ－34,6511
非ポリマー1,0557
水181
1
A: Ribosomal protein S6 modification protein
ヘテロ分子

A: Ribosomal protein S6 modification protein
ヘテロ分子

A: Ribosomal protein S6 modification protein
ヘテロ分子

A: Ribosomal protein S6 modification protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,82232
ポリマ－138,6034
非ポリマー4,21928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+2/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+2/31
Buried area19590 Å2
ΔGint-409 kcal/mol
Surface area43100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.802, 129.802, 171.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 modification protein


分子量: 34650.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0852, JW0836, rimK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C0U4
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, and 1.8 M ammonium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 30431 / Num. obs: 20166 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.85-2.98.40.639188.7
2.9-2.959.50.596191.6
2.95-3.0111.20.565196.6
3.01-3.0713.20.502197.8
3.07-3.1415.30.4971100
3.14-3.2116.80.4431100
3.21-3.2917.50.361100
3.29-3.3817.70.2891100
3.38-3.4817.60.2731100
3.48-3.5917.60.212199.9
3.59-3.7217.50.1921100
3.72-3.8717.50.1441100
3.87-4.0417.40.1271100
4.04-4.2617.40.0941100
4.26-4.5217.20.0891100
4.52-4.87170.0891100
4.87-5.3616.90.081100
5.36-6.1416.80.0751100
6.14-7.7316.30.061199.9
7.73-5014.40.053199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IWY

4iwy


解像度: 2.854→46.986 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 999 4.98 %
Rwork0.2162 --
obs0.2181 20062 98.11 %
all-20448 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.2325 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.854→46.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 62 1 2292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4753180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.386886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.854-3.00440.40191280.32152429X-RAY DIFFRACTION90
3.0044-3.19260.34441380.28752671X-RAY DIFFRACTION99
3.1926-3.43910.32531420.25732726X-RAY DIFFRACTION100
3.4391-3.7850.26681420.22062716X-RAY DIFFRACTION99
3.785-4.33240.26361450.18672756X-RAY DIFFRACTION100
4.3324-5.4570.17651480.17432799X-RAY DIFFRACTION100
5.457-46.99260.25411560.22252966X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6669-2.55020.1573.3692-1.27613.1749-0.1093-0.22170.00260.09910.18460.0201-0.25130.1826-0.09480.3849-0.0588-0.02790.4364-0.04730.4084-18.838874.245573.7926
22.9464-2.26571.84674.8873-1.20413.39640.1806-0.21760.4494-0.7466-0.1907-0.0973-0.37150.23940.06440.5876-0.02-0.00280.4319-0.03820.4838-3.535556.109459.8183
32.81392.8434-0.03943.77440.41324.20490.13310.1776-0.4416-0.61840.25370.12680.02840.147-0.32110.47120.0317-0.04880.3833-0.02340.5164-15.167242.849254.8023
40.6218-0.8247-0.31692.51620.60924.20760.0293-0.0645-0.31660.0055-0.00390.18330.4418-0.175-0.08880.4513-0.0271-0.07550.6990.01190.5699-6.375551.528775.1133
56.99520.0995-1.30352.145-1.45296.1593-0.288-0.11440.00250.95950.7121-1.5364-0.83720.5831-0.59170.5404-0.0055-0.04540.6513-0.16170.5982-6.096872.276981.9804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:99)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 100:115)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 116:180)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 181:276)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 277:292)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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