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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iws | ||||||
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タイトル | Putative Aromatic Acid Decarboxylase | ||||||
要素 | PA0254 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / UbiD like split beta-barrel domain / 3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase hudA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ピロール-2-カルボン酸デカルボキシラーゼ / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ubiquinone biosynthetic process / : / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Jacewicz, A. / Izumi, A. / Brunner, K. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Structural Insights into the UbiD Protein Family from the Crystal Structure of PA0254 from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Jacewicz, A. / Izumi, A. / Brunner, K. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4iws.cif.gz | 746.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4iws.ent.gz | 618.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4iws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iws | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57123.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA0254 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9I6N5, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 1% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.6 Å / Num. all: 102239 / Num. obs: 101115 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 4.1 / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4IP2 解像度: 2.3→49.212 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 4.1 / σ(I): 4.1 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.346 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.212 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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