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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4iwj
タイトル
Crystal structure of iron soaked (45 min) ferritin from Pseudo-nitzschia multiseries
要素
Ferritin
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / ferritin / 4 helix bundle / iron storage / acetamido-cysteines
機能・相同性
機能・相同性情報
ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 129748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
1.95-2.02
7
0.528
12804
1.032
1
100
2.02-2.1
7.8
0.364
12911
1.195
1
100
2.1-2.2
8.9
0.25
12912
1.104
1
100
2.2-2.31
10.3
0.186
12901
1.143
1
100
2.31-2.46
11.7
0.143
12910
1.077
1
100
2.46-2.65
12.9
0.109
12971
1.143
1
100
2.65-2.91
13.8
0.077
12951
1.113
1
100
2.91-3.33
14.3
0.066
13005
1.032
1
100
3.33-4.2
14.3
0.056
13077
0.945
1
100
4.2-50
14.3
0.027
13306
1.131
1
99.6
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度
最低解像度
Rotation
1.95 Å
41.33 Å
Translation
1.95 Å
41.33 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MOLREP
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→41.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2058 / WRfactor Rwork: 0.1697 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8539 / SU B: 2.775 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / SU Rfree: 0.1293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2133
6480
5 %
RANDOM
Rwork
0.1729
-
-
-
obs
0.1749
128778
99.17 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK