PDB-4iwh: Crystal structure of a 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iwh

タイトル

Crystal structure of a 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei

要素

3-isopropylmalate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / glyceraldehyde-3-phosphate / aconitase / GAPDH

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a 3-isopropylmalate dehydrogenase from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2013年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iwh.cif.gz	290.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iwh.ent.gz	232.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iwh_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iwh_full_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示
XML形式データ	4iwh_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	4iwh_validation.cif.gz	52.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/4iwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a05S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r8w-1 3uw6-3 3r8w-2 3nu7-d 5u1z-2 5u1z-1 1o7x-2 5j34-2 5grh-d 3vml-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ButhA.00092.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.600, 60.100, 103.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-661- HOH
2	1	A-795- HOH

#1: タンパク質	3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH 分子量: 39315.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_II0674, leuB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2T7H6, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ButhA.00092.a.B1 PS01671 at 23.6 mg/mL against MCSG1 screen condition d3, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 30% PEG 400, crystal tracking ID 240482d3, unique puck ID quk9-15, VAPOR ...詳細: ButhA.00092.a.B1 PS01671 at 23.6 mg/mL against MCSG1 screen condition d3, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 30% PEG 400, crystal tracking ID 240482d3, unique puck ID quk9-15, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ButhA.00092.a.B1 PS01671 at 23.6 mg/mL against MCSG1 screen condition d3, 0.2 M MgCl2, 0.1 M TrisHCl pH 8.5, 30% PEG 400, crystal tracking ID 240482d3, unique puck ID quk9-15, VAPOR ...

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.283574 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.283574 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 79884 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 29.078 Å² / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.75-1.8		0.26	4.64	25700	5682	95.8
1.8-1.84		0.214	5.95	27973	5775	99.8
1.84-1.9		0.194	6.67	27256	5599	99
1.9-1.96		0.15	10.31	23377	5354	98
1.96-2.02		0.113	12	25714	5288	99.3
2.02-2.09		0.081	16.04	25043	5116	99.6
2.09-2.17		0.067	19.06	24260	4951	99.8
2.17-2.26		0.065	21.02	20852	4689	98
2.26-2.36		0.057	23.04	20819	4492	98.2
2.36-2.47		0.043	28.36	21440	4384	99.9
2.47-2.61		0.038	31.92	20367	4186	99.8
2.61-2.77		0.035	35.11	19169	3938	99.7
2.77-2.96		0.032	39.03	17951	3717	99.5
2.96-3.2		0.029	42.15	16524	3448	99.8
3.2-3.5		0.028	45.83	15063	3184	99.6
3.5-3.91		0.029	46.9	13036	2865	99.1
3.91-4.52		0.025	50.43	11869	2571	99.1
4.52-5.53		0.023	52.48	10573	2174	99.6
5.53-7.83		0.023	51.51	8221	1684	99.4
	7.83	0.021	50.24	3450	787	80.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.62 Å
Translation	3 Å	19.62 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A05

1a05

解像度: 1.75→19.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.1966 / WR_factor R_work: 0.1637 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8633 / SU B: 4.056 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1045 / SU R_free: 0.1027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	4014	5 %	RANDOM
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.1693	79883	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.9 Å² / B_iso mean: 23.4711 Å² / B_iso min: 10.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	0.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5339	0	2	799	6140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.98	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	3	12268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.413	24.421	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.157	15	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.973	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.023	1.625	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.02	1.625	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.551	2.434	3610

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	256	-
R_work	0.217	5418	-
all	-	5674	-
obs	-	-	95.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5222	-0.1665	0.1671	0.0648	-0.0251	0.2055	0.0069	0.0777	-0.0246	-0.026	-0.0053	0.0105	-0.0502	0.0911	-0.0016	0.0492	-0.0386	-0.0084	0.053	0.0105	0.022	3.4926	0.7639	27.7038
2	0.3195	0.1896	0.0583	0.2137	-0.0484	0.3435	0.0214	-0.0124	-0.0233	0.0708	-0.0139	0.009	-0.0532	-0.0491	-0.0075	0.0498	0.0009	0.0146	0.0119	-0.002	0.0201	-30.0283	0.651	21.8721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 355
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401

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