[日本語] English
万見
- PDB-4ivw: Crystal Structure of the Estrogen Receptor alpha Ligand-binding D... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ivw
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor alpha Ligand-binding Domain in Complex with Constrained WAY-derivative, 6b
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear hormone receptor / Transcription factor / Ligand-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / response to progesterone / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1GJ / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Nwachukwu, J.C. / Srinivasan, S. / Parent, A.A. / Cavett, V. / Nowak, J. / Hughes, T.S. / Kojetin, D.J. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Ligand binding dynamics rewire cellular signaling via Estrogen Receptor-alpha
著者: Srinivasan, S. / Nwachukwu, J.C. / Parent, A.A. / Cavett, V. / Nowak, J. / Hughes, T.S. / Kojetin, D.J. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
B: Estrogen receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7006
ポリマ－58,9324
非ポリマー7692
水2,486138
1
A: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8503
ポリマ－29,4662
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8503
ポリマ－29,4662
非ポリマー3841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.480, 81.400, 58.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28189.229 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding Domain, UNP residues 303-549 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1276.530 Da / 分子数: 2 / 断片: Receptor-interacting peptide, UNP residues 687-696 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-1GJ / 4-[2-benzyl-7-(trifluoromethyl)-2H-indazol-3-yl]benzene-1,3-diol


分子量: 384.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15F3N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 15% PEG 3350, 0.05M magnesium chloride, 0.067M sodium chloride, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. all: 29295 / Num. obs: 29295 / % possible obs: 97.16 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 37.59 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 90.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→46.141 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1906 6.81 %Random
Rwork0.1846 ---
all0.1876 27983 --
obs0.1876 27983 92.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.233 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2459 Å20 Å23.0084 Å2
2--3.6704 Å2-0 Å2
3----2.4245 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→46.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 56 138 4037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7875467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5051502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.10420.36261090.25711528X-RAY DIFFRACTION76
2.1042-2.16110.26171270.21891698X-RAY DIFFRACTION86
2.1611-2.22470.25891280.20351720X-RAY DIFFRACTION86
2.2247-2.29650.23791290.19871843X-RAY DIFFRACTION93
2.2965-2.37860.25871340.20611885X-RAY DIFFRACTION93
2.3786-2.47380.24531420.20311875X-RAY DIFFRACTION94
2.4738-2.58640.28981480.20551902X-RAY DIFFRACTION96
2.5864-2.72270.26581400.21131919X-RAY DIFFRACTION95
2.7227-2.89330.24881350.2131879X-RAY DIFFRACTION94
2.8933-3.11660.23791450.19971964X-RAY DIFFRACTION98
3.1166-3.43020.27491420.1941972X-RAY DIFFRACTION98
3.4302-3.92630.21821430.16581943X-RAY DIFFRACTION97
3.9263-4.94580.17411360.14431941X-RAY DIFFRACTION95
4.9458-46.1410.20521480.18292008X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56932.1902-0.69221.8982.01577.9034-0.9351-0.49760.04010.4177-0.055-0.3273-1.55340.87031.20970.74770.0546-0.09210.51220.04320.87673.619827.81480.6623
25.4838-4.5068-1.92454.05951.58681.07280.79051.11150.9883-0.9738-0.775-0.4071-0.286-0.3771-0.00120.42380.0474-0.03810.48880.0660.34133.90214.1829-6.564
38.2117-2.9181-1.76997.22821.25815.9789-0.0031.6733-0.6832-1.129-0.9514-0.29580.99510.78290.26610.81050.17570.16290.599-0.05260.340221.0551-4.1016-9.9843
49.1810.1995-0.21014.93963.49883.33372.13091.4537-0.1747-0.1920.8963-0.42470.3928-0.5894-2.46590.88410.14630.01630.63060.03520.980724.9606-15.1274-1.4967
59.542-6.67853.93766.7353-3.4146.0045-0.05790.137-0.2907-0.56440.21780.26490.01020.4628-0.21960.25580.0267-0.00240.38980.02210.35524.4474-2.3565-0.0613
64.7697-0.725-1.00187.04591.72493.96180.20470.78860.8826-0.8477-0.2028-0.3836-0.4573-0.00840.03660.3569-0.02390.01360.2950.07190.489615.376117.41540.1083
72.8472-0.3642-0.1934.11560.45022.3476-0.04630.1483-0.27530.112-0.01870.00640.3079-0.07180.07630.31090.0087-0.01550.30040.00590.273113.8516-1.54252.3633
82.4881-2.88771.47394.55140.03155.77040.00760.1363-1.01720.21680.07850.10120.86140.2692-0.0560.4730.01660.0230.20150.04480.381410.3494-9.20597.8516
95.1354-0.0801-0.44445.7591.40363.04610.16470.3645-0.18960.1695-0.01390.0623-0.0557-0.2841-0.1380.24220.0267-0.01520.32310.0260.25653.79717.21822.7206
105.41121.66084.54441.56840.13825.4109-0.686-1.62280.88240.51720.75271.7538-1.29620.3620.5510.71330.01860.25550.7435-0.03910.77237.58220.129813.0931
117.83741.67181.26155.6451.90133.60540.11720.18470.1051-0.1076-0.29550.62550.1319-0.27320.17870.29250.0876-0.04660.3569-0.04970.365-7.282511.71693.2697
126.0301-1.97412.69231.1126-0.56611.29960.02680.14520.2833-0.1027-0.1650.00420.2066-0.03920.11270.3558-0.00880.02490.3378-0.02430.32.73982.332611.1815
134.1260.7712-2.4123.4397-2.77125.80110.0219-1.8813-0.99870.735-0.2766-0.88140.39690.80250.17970.5717-0.0057-0.0620.58480.04790.407621.9123-1.130115.03
141.74320.4264-2.01935.76622.49223.91620.6829-0.0553-0.6119-0.6106-0.4195-0.34711.66042.4659-0.42750.8880.3419-0.20810.81520.04230.813131.7794-3.882711.7713
152.2908-1.8037-1.84478.61741.51546.8801-0.446-0.2721-0.2352-0.05230.4719-1.20070.7760.684-0.05710.30730.0125-0.02170.41810.02420.526727.98116.10428.7487
163.81045.72061.67149.47843.46922.56930.18890.5596-0.28710.82020.31081.01950.4143-0.0759-0.65160.7337-0.2852-0.02691.0358-0.04440.798-17.4785-5.741321.9476
178.0081-1.4845.66272.6519-1.13469.53840.2729-0.6126-0.38740.24790.47960.38280.4881-0.648-0.55410.3771-0.00510.03270.55740.05980.5784-13.62994.410629.4662
183.43574.28593.47266.84612.45176.21190.2958-1.5913-0.65830.0524-0.0436-1.0878-0.7050.12320.06980.59110.0502-0.04820.7981-0.07450.496110.245911.00646.8453
192.78171.2649-0.70696.56792.37058.17040.2249-1.24240.09920.75650.067-0.640.150.6549-0.23020.46330.0883-0.02620.5038-0.04810.414511.74843.952140.2537
202.2592-0.5834-0.12184.74951.57545.0585-0.0922-0.0845-0.41920.0222-0.13420.47650.4566-0.19330.22020.3679-0.02550.01160.35220.04030.3277-0.0085-1.763128.6712
214.04430.8874-2.77048.3079-1.24422.1352-0.1324-0.7450.61360.16140.36770.2641-0.78430.5052-0.35710.5145-0.0132-0.03710.6026-0.08480.38367.400916.685337.1277
223.7221-0.9622-3.23514.04671.20143.4806-0.1799-0.53190.76490.17740.5437-1.1657-1.04821.1264-0.39460.5729-0.19090.0020.4798-0.13810.521814.068315.295128.2592
232.63260.53361.2476.6449-0.98025.24940.1204-0.23290.3149-0.4254-0.0253-0.3667-0.2203-0.343-0.04740.279-0.0315-0.0060.3203-0.03240.2508-3.27938.129623.4783
240.8423-0.22070.04450.1411-0.51173.36060.41590.53140.8644-0.55850.34350.4459-0.5655-0.36240.9261.54530.33581.51941.24330.84180.79361.7771-11.574315.0104
258.71170.7439-4.85162.2409-0.45212.9156-0.93170.4203-1.2267-0.70970.38130.90181.9687-0.46070.40830.88-0.20840.12070.70270.02380.6978-6.96-9.557814.9627
263.52710.9859-0.60013.7212-0.85122.98520.00440.21350.09030.05230.04410.4026-0.2902-0.8730.04890.25010.0326-0.01080.4099-0.02920.2799-9.877111.730215.0431
278.1799-1.82370.45896.0364-0.88115.2047-0.4745-0.32880.0234-0.02540.1099-0.75670.06940.32190.1550.3368-0.02050.06840.3311-0.03270.383612.90734.453522.9729
281.27721.06781.60013.4179-0.59343.4533-0.3827-1.89820.6754-0.3762-0.01280.6421.15551.0916-0.52080.60360.3502-0.14851.5705-0.18791.071123.9219-2.116734.8594
295.69784.6317-5.23175.1201-3.9294.87540.8032-1.8846-0.79331.6173-0.3422-2.18891.07591.1803-0.62530.59060.099-0.17770.76180.05770.767114.5131-5.81537.4112
306.59434.98425.86993.80174.63156.5577-0.1730.9608-1.48380.7112-0.1824-0.01590.63571.720.06620.6190.07750.06880.55090.10420.851613.5208-7.20527.6634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 303:309)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 310:325)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 326:331)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 332:339)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 340:354)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 355:373)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 374:415)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 416:437)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 438:457)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 458:476)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 477:501)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 502:518)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 519:527)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 528:533)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 534:548)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 304:310)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 311:324)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 325:336)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 337:356)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 357:396)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 397:410)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 411:435)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 436:458)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 459:468)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 469:477)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 478:509)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 510:527)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 528:533)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 534:542)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 543:548)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る