ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | REFMAC | 5.6.0117精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | SBC-Collect | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | SHELXD | | 位相決定 | | MLPHARE | | 位相決定 | | 直接法 | | 位相決定 | | SOLVE | | 位相決定 | | RESOLVE | | 位相決定 | | HKL-3000 | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→32.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / SU B: 1.299 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1556 | 2890 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1281 | - | - | - |
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all | 0.1295 | 56966 | - | - |
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obs | 0.1295 | 56966 | 97.55 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 79.07 Å2 / Biso mean: 17.1247 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.99 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.61 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.38 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1891 | 0 | 25 | 338 | 2254 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.013 | 0.02 | 2137 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 1425 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.638 | 1.979 | 2953 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.965 | 3 | 3487 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.749 | 5 | 302 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg32.431 | 23.402 | 97 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.764 | 15 | 320 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.962 | 15 | 21 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.091 | 0.2 | 334 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.021 | 2495 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 438 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr3.098 | 3 | 3562 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free31.622 | 5 | 91 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded10.253 | 5 | 3749 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.254 | 147 | - |
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Rwork | 0.233 | 2991 | - |
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all | - | 3138 | - |
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obs | - | 3138 | 76.7 % |
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